Manual de uso de WIPO Sequence

La finalidad de este documento es proporcionar instrucciones sobre cómo realizar operaciones básicas con la aplicación de escritorio WIPO Sequence. Normalmente, la herramienta está destinada a solicitantes de patente (o sus representantes) que desean presentar una solicitud de patente con una lista de secuencias.

El presente manual de uso corresponde a la versión 3.0.0 o superior.

1. Resumen de funciones

En el cuadro que figura a continuación se resumen todas las funciones que incorpora la herramienta en su versión actual, con enlaces a las secciones correspondientes:

Añadir un título de invención y su correspondiente código de idioma a un proyecto
Añadir información de la solicitud (ya sea la solicitud en curso o la previa) a un proyecto
Añadir información de una característica a una secuencia
Añadir información de los calificadores a una característica
Añadir datos de información general de la lista de secuencias a un proyecto
Cambiar el orden de las secuencias en la lista de secuencias generada
Crear una secuencia e insertarla en otra posición en la lista
Crear un calificador “translation” para una característica “CDS” seleccionada y su secuencia traducida asociada
Eliminar una secuencia
Exportar todos los datos almacenados en un proyecto para que se puedan importar posteriormente a la misma instancia o a una instancia diferente del sistema
Exportar la lista de secuencias generada en formato legible por personas (.html & .txt)
Generar una lista de secuencias
Importar todos los datos almacenados en un archivo de proyecto
Importar datos de un archivo FASTA a un proyecto existente
Importar un archivo en formato de varias secuencias a un proyecto
Imprimir datos del proyecto o de la lista de secuencias generada en formato ST.26
Traducir una secuencia de ácidos nucleicos de acuerdo con la tabla de código genético especificada
Verificar un archivo de listas de secuencias en formato ST.26 y enumerar los problemas en un informe de verificación que contenga mensajes de advertencia y error
Verificar los datos almacenados en un proyecto y enumerar los problemas en un informe de verificación que contenga mensajes de advertencia y error
Edición masiva de anotaciones de secuencias, incluido el calificador "mol_type”
Edición o adición masiva de características de secuencia
Eliminación masiva de secuencias
Omisión masiva de secuencias

2. Funciones de la herramienta

2.1 Vista inicial de proyectos

En esta sección se describen las distintas opciones disponibles en la vista inicial de proyectos.

Un proyecto es la estructura de objetos que la herramienta utiliza para almacenar los datos necesarios en la generación de una lista de secuencias. Una vez que se ha verificado que los datos almacenados en el proyecto se ajustan a la Norma ST.26 de la OMPI, la herramienta los utiliza como valores en la lista de secuencias generada.

En la vista inicial de proyectos se muestra la lista de los proyectos creados, y se da la opción de ordenarlos o de utilizar la función de búsqueda para filtrarlos por el nombre del proyecto, la referencia del expediente del solicitante, el nombre del solicitante, el título de la invención, el estado o la fecha de creación.

Nota: La herramienta puede mostrar un máximo de 1 000 proyectos. Si un proyecto no se muestra en la vista inicial de proyectos, se deberá utilizar la función de búsqueda para encontrar el proyecto por su nombre, dado que estará almacenado localmente aunque no aparezca en la vista inicial.


Crear proyecto

Para crear un proyecto, en primer lugar, hay que acceder a la vista inicial de proyectos que se muestra a continuación.

Hacer clic en el enlace "NEW PROJECT" en la vista inicial de proyectos

1) Habrá que hacer clic en el enlace "NEW PROJECT" en la parte superior de la vista. Como se muestra, la herramienta solicitará un nombre (obligatorio) y una descripción (opcional).

Introducir un nombre de proyecto y, opcionalmente, una descripción.

2) Cuando se introduzca un valor en el campo del nombre, se activará el botón "Save" para que se pueda guardar el proyecto nuevo. Ese proyecto creado aparecerá en la lista de proyectos en la vista inicial de proyectos.

Importar proyecto

Esta función permite importar a la herramienta un proyecto previamente exportado. Para importar un archivo de proyecto, se deberá acceder a la vista inicial de proyectos.

Hay que hacer clic en el enlace “IMPORT PROJECT” situado en la parte superior de la vista y seguir los pasos que se muestran en el siguiente vídeo:

Vídeo que muestra la importación de un proyecto existente en un proyecto nuevo



Si la casilla de verificación de “Select Range Sequences” no se marca, se importarán todas las secuencias. Para seleccionar las secuencias que se desean importar al proyecto, se deberá marcar la casilla de verificación de “Select Range Sequences” e introducir los identificadores de dichas secuencias en el campo correspondiente. Se puede indicar una sola secuencia, una lista de secuencias mediante sus respectivos identificadores separados por comas o un intervalo de secuencias utilizando el formato x-y para introducir sus identificadores. Por defecto, el número total de secuencias del proyecto importado se mostrará como un intervalo, es decir, 1–número total de secuencias.

Ejemplo: “1, 3, 7, 13-20, 30-50”.

Si el proyecto se importa correctamente, aparecerá el siguiente mensaje sobre fondo azul en la parte superior de la vista.

Nota: Es necesario verificar que el proyecto importado en formato zip se corresponda con la base de datos actual. Si el proyecto se exportó en una versión anterior a la 3.0.0, no funcionará correctamente; el proyecto importado debe utilizar la misma base de datos. Esto se debe a la nueva implementación de la base de datos de la versión 3.0.0 en adelante.

Importar lista de secuencias

Desde la vista inicial de proyectos, se puede importar información de secuencias exclusivamente desde una lista de secuencias generada con arreglo a la Norma ST.26 o ST.25. Los archivos tendrán la extensión xml para el formato de la Norma ST.26 y txt para el de la Norma ST.25. En el vídeo que figura a continuación se puede obtener más información sobre los pasos que hay que seguir.

Vídeo que muestra la importación de una lista de secuencias para crear un proyecto

Nota: Cuando se importa una lista de secuencias, las características y los calificadores distinguen entre mayúsculas y minúsculas y deben ajustarse a los valores que figuran en el Anexo I de la Norma ST.26 de la OMPI.

También es importante tener en cuenta que las listas de secuencias conformes con la Norma ST.25 deben ser válidas; de lo contrario, no se puede garantizar que WIPO Sequence realice adecuadamente la importación.

El cuadro de informe de importación solo se mostrará cuando se producen errores en la importación de un archivo e incluirá los siguientes datos distribuidos en columnas:

  • Tipo de nota: “INDIVIDUAL” si el mensaje se refiere a una secuencia concreta o “GLOBAL” si se trata de un mensaje genérico que se refiere a una o varias secuencias.
  • Código de elemento de datos: del archivo de origen, para las listas de secuencias en el formato de la Norma ST.25.
  • Mensaje: mensaje con información detallada sobre el problema identificado y los cambios hechos para solucionarlo (de haberse realizado alguno).
  • Secuencia afectada: identificador de la secuencia importada a la que se refiere el mensaje (cuando el tipo de nota es “INDIVIDUAL”; de lo contrario este campo aparece en blanco).

Informe de importación generado tras realizarse correctamente la importación

Si el archivo tenía formato ST.25, la vista de informe de importación incluirá en primer lugar un informe de importación, así como un informe de datos modificados. En el informe de datos modificados se muestran los datos que han sido objeto de transformación o modificación durante el proceso de importación. En un cuadro resumen se presentan los siguientes datos:

  • Etiqueta de origen: código de elemento de datos que indica el tipo de elemento, cuando se importan listas de secuencias generadas con arreglo a la Norma ST.25 de la OMPI
  • Nombre del elemento de origen: nombre correspondiente al tipo de elemento
  • Valor del elemento de origen: valor correspondiente al elemento de origen en el archivo de origen
  • Nombre del elemento final: nombre equivalente del elemento en el formato de la Norma ST.26 en el que se almacenará la información en el proyecto
  • Valor del elemento final: valor que se establecerá para el nombre del elemento final en el proyecto
  • Transformación: descripción de las modificaciones o transformaciones realizadas en el elemento
  • Identificador de secuencia: identificador de la secuencia correspondiente del elemento transformado en el proyecto

Ejemplo de informe de datos modificados

Se puede volver a la vista inicial de proyectos o descargar un informe de las modificaciones en formato PDF. Para obtener instrucciones sobre cómo descargar el archivo PDF, véase la sección Visualizar la lista de secuencias.

El proceso de importación puede fallar si hay errores en el archivo de la lista de secuencias. En ese caso, tras el intento de importación, aparecerá un mensaje sobre fondo rojo para indicar que se ha producido un error durante la importación.

Mensaje sobre fondo rojo que indica que la importación no se ha realizado correctamente

Nota: La herramienta funciona de manera óptima con un máximo de 100 000 secuencias. En el caso de listas de secuencias de gran tamaño, se puede recurrir a la siguiente solución: dividir el proceso de importación en una serie de etapas en las que se seleccione un intervalo específico de secuencias para su importación e importar las secuencias de cada uno de esos intervalos a un proyecto. Por ejemplo, una lista de 100 000 secuencias se puede dividir en 10 series de 10 000 secuencias, y cada serie se puede importar por separado. Las primeras 10 000 secuencias se utilizarían para crear el proyecto.


Validar lista de secuencias

Se puede validar un archivo de lista de secuencias en formato ST.26 haciendo clic en el enlace “VALIDATE SEQUENCE LISTING” que aparece en la parte superior derecha de la vista de proyectos.

Validar una lista de secuencias haciendo clic en el botón de la parte superior derecha

Si la lista de secuencias pasa la validación, aparecerá el siguiente mensaje sobre fondo azul:

Mensaje sobre fondo azul para indicar que la lista de secuencias es válida

Si la lista de secuencias no supera la validación, se abrirá un informe de verificación en el navegador que incluirá un cuadro con los errores de validación, como se muestra en el ejemplo del vídeo. La ubicación del archivo HTML se mostrará junto con el informe de verificación en formato XML, lo que permite acceder a los archivos y copiarlos en una ubicación diferente.

Si se utiliza el navegador Internet Explorer, para que las secuencias se carguen correctamente en el formato de visualización predeterminado, debe permitirse la ejecución de un archivo de órdenes interno en la computadora. De lo contrario, las secuencias no se visualizarán adecuadamente.

Conviene tener en cuenta que, para poder validar una lista de secuencias, el archivo en formato ST.26 ha de cumplir los siguientes requisitos:

  • Deberá estar codificado en formato UTF-8 y contener caracteres válidos de acuerdo con la especificación XML 1.0.

  • Deberá contener una línea de declaración de tipo de documento (DOCTYPE) como la siguiente:

<!DOCTYPE  ST26SequenceListing  PUBLIC  "-//WIPO//DTD    Sequence Listing   1.3//EN" "ST26SequenceListing_V1_3.dtd">

El archivo deberá ser compatible con el archivo de definición de tipo de documento ST26SequenceListing_V1_3.dtd.

Eliminar proyecto

Para eliminar un proyecto, habrá que acceder a la vista inicial de proyectos.

Hacer clic en el icono de la papelera para eliminar

Se deberá hacer clic en el botón con el icono de la papelera de la fila del cuadro de la vista de proyectos correspondiente al proyecto que se desea eliminar.

En la ventana emergente, habrá que hacer clic en “Delete” para confirmar que se desea eliminar el proyecto seleccionado.

Eliminar un proyecto



2.2 Vista de datos de proyecto

La vista de datos de proyecto incluye toda la información relativa a una solicitud de patente o a una lista de secuencias. Está dividida en dos secciones: información general y datos de la secuencia. En la parte superior se muestra un cuadro con información básica sobre el proyecto, que incluye:

  • El nombre del proyecto
  • La fecha y hora de creación del proyecto
  • La fecha y hora de las últimas modificaciones realizadas en el proyecto
  • El estado del proyecto (valores posibles: "nuevo", "modificado", "generado", "no válido", "válido", "advertencias"): este campo no se puede editar
  • La descripción del proyecto: opcional
  • El nombre del archivo importado (en caso de que el proyecto se haya importado)
  • El código de idioma de texto libre de origen
  • El número de secuencias (en el campo "Sequences")
  • Un campo que indica si está activada la adición automática de un calificador "translation" cuando se crea una característica "CDS" (función a nivel de proyecto)
  • El código de idioma de texto libre distinto del inglés

Consultar los metadatos del proyecto en la parte superior

Hay dos niveles de menús, el primero corresponde a la vista de datos de proyecto (en amarillo) y el segundo es un menú de navegación para acceder a otras vistas relacionadas con el proyecto (en azul). Se puede salir del proyecto haciendo clic en “Return to project home”.

A través del menú de navegación de la página de datos de proyecto se puede acceder a las siguientes seis vistas:

  1. La vista de datos de proyecto, mediante el enlace que utiliza el nombre del proyecto
  2. La vista de informe de verificación, en la que se puede acceder al informe de verificación
  3. La vista de calificadores dependientes del idioma, en la que se puede acceder a los calificadores de texto libre dependientes del idioma y exportarlos o importarlos
  4. La vista de informe de importación, que permite acceder al informe de importación
  5. La vista de visualización de lista de secuencias, que permite acceder a los formatos legibles por personas de las listas de secuencias generadas con arreglo a la Norma ST.26
  6. El menú de ayuda, que incluye referencias al manual de uso y a la base de conocimientos de WIPO Sequence y la Norma ST.26
  7. La vista de preferencias, que en la presente versión de WIPO Sequence se aplica a todos los proyectos

Se puede imprimir un proyecto específico accediendo a la correspondiente vista de datos de proyecto y haciendo clic en el botón “Print” situado en la parte superior de dicha vista.

A continuación, aparecerán dos casillas de verificación para seleccionar la información que se desea imprimir del proyecto: información general o datos de la secuencia.

Consultar los metadatos del proyecto en la parte superior

Si se selecciona “Print Sequences”, se podrá especificar qué secuencias se desean imprimir indicando el intervalo de identificadores en el campo “Sequence IDs”, o simplemente imprimirlas todas si se deja ese campo en blanco.

Por defecto, aparecerá el intervalo correspondiente al número total de secuencias del proyecto.

Exportar proyecto

Se podrá exportar cualquier proyecto a un archivo .zip para tener una copia de seguridad de los datos del proyecto o, si se desea, para importarlo en otra instancia de WIPO Sequence instalada en otra computadora. Simplemente hay que hacer clic en el botón “Export” y seleccionar una ubicación para guardar el archivo .zip. Si la exportación se realiza correctamente, aparecerá el siguiente mensaje sobre fondo azul:

Mensaje sobre fondo azul que indica que el proyecto se ha exportado correctamente

Importar un proyecto a otro

Se podrá copiar en el proyecto que esté abierto información de otros proyectos almacenados en la herramienta. La información importada podrá proceder de la sección Información general, la sección Secuencias, o de ambas. La información general importada reemplazará la información general del proyecto abierto, mientras que las secuencias importadas se añadirán a la lista de secuencias del proyecto.

Visualización de la importación de los datos de otro proyecto en el proyecto en curso

Primero hay que seleccionar en el menú desplegable el proyecto del que se desea importar información. Se puede marcar la casilla de verificación para incluir datos de la sección Información general del proyecto y también introducir un intervalo de identificadores de secuencia para especificar las secuencias que se importarán al proyecto en curso. Por defecto, aparecerá el intervalo correspondiente al número total de secuencias del proyecto.

Si se marca la casilla de verificación de información general, aparecerá un cuadro con toda la información general de ambos proyectos: el proyecto seleccionado (proyecto de destino) y el proyecto importado (proyecto de origen). A continuación, habrá que seleccionar los datos de información general que serán reemplazados por los correspondientes del proyecto importado.

Por último, una vez que se han seleccionado los datos de información general y las secuencias que se desean importar al proyecto, se deberá hacer clic en el botón azul “Import Project”. Aparecerá un mensaje sobre fondo azul para indicar que la importación se ha realizado correctamente.

Validar proyecto

Antes de generar la lista de secuencias en un archivo XML con arreglo a la Norma ST.26, el proyecto se someterá a una prueba de validación. Este paso se realiza siempre antes de generar la lista de secuencias, pero también puede realizarse en cualquier otro momento.

Para validar un proyecto, hay que hacer clic en el botón “Validate” situado en la parte superior de la vista de datos de proyecto.

Botón para validar un proyecto

Una vez finalizada la validación, se accederá a la vista de informe de verificación en la que se mostrarán los errores o advertencias de verificación que se hayan podido producir. Aparecerá un mensaje sobre fondo azul si el resultado de la validación es satisfactorio.

Si durante el proceso de validación se producen errores o advertencias, se generará un informe de verificación que incluirá un cuadro con las normas y directrices de verificación que se han incumplido. En cada fila del cuadro se indica si se trata de un error, que deberá resolverse, o de una advertencia, que podrá ser ignorada.

Ejemplo de informe de verificación

Generar una lista de secuencias

Una última acción, y quizás la más importante, que se puede realizar para un proyecto concreto consiste en generar la lista de secuencias. Para ello, se deberá hacer clic en el botón azul “Generate Sequence Listing”, situado en la parte superior de la vista de datos de proyecto. Automáticamente se iniciará el proceso de validación del proyecto, que se realizará antes de generar la lista.

Si el proyecto pasa la validación, se abrirá un cuadro de diálogo para seleccionar la ubicación en la que se desea guardar el archivo XML de la lista de secuencias generada de conformidad con la Norma ST.26.

Generar protocolo de lista de secuencias

Si el proyecto no supera la validación, se mostrará la vista de informe de verificación junto con un mensaje sobre fondo rojo. Un mensaje sobre fondo azul indicará que el proyecto ha pasado la validación.

Ejemplo de una lista de secuencias generada

Visualización de lista de secuencias

WIPO Sequence permite generar la lista de secuencias en un formato más fácil de leer para las personas que el formato XML. Una vez generada la lista de secuencias, el archivo XML puede visualizarse en formato HTML o exportarse como archivo de texto. Utilizando cualquier navegador de Internet, también se puede guardar la lista de secuencias mostrada en formato HTML como un archivo PDF. Se puede acceder a la función de exportación desde la vista de visualización de lista de secuencias.

Si para un proyecto determinado la lista de secuencias no se genera correctamente, en la vista de visualización de lista de secuencias se desactivarán los botones “Display Sequence Listing” y “Export Sequence Listing as .txt file" y se mostrará un mensaje de error.

Calificadores de texto libre dependientes del idioma

Los calificadores que permiten un valor de texto libre en un proyecto aparecen en la vista de calificadores dependientes del idioma de la página del proyecto. Cualquier calificador dependiente del idioma que se añada al proyecto en cuestión se mostrará también en esa vista.

Se puede modificar un valor de texto libre traducido asociado a un calificador haciendo clic en el valor del “Qualifier Name”, lo que abrirá una superposición con un panel de edición debajo del cuadro.

Es necesario proporcionar el código de idioma de origen y el código de idioma de destino para la exportación de archivos XLIFF con los calificadores de texto libre. Los traductores deberán suministrar los valores traducidos antes de reimportar el archivo XLIFF.

El valor del calificador traducido, que aparece en la columna “Non-English Qualifier Value", corresponde al idioma seleccionado especificado por el código de idioma de texto libre distinto del inglés.

Si se hace clic en el botón “IMPORT FREE-TEXT QUALIFIERS”, la herramienta abrirá el explorador de archivos y se podrá buscar y seleccionar el archivo XLIFF que se desea importar. La validación se realiza en varias etapas para garantizar las asociaciones adecuadas entre los valores en el idioma de origen y en el idioma de destino.

Importar calificadores de texto libre desde un archivo XLIFF

El archivo seleccionado debe estar en formato XLIFF y contener los siguientes elementos de datos:

  • Nombre del proyecto
  • El código de idioma de destino
  • El código de idioma de origen
  • Para cada elemento de la unidad XLIFF:
    • El identificador único del calificador (formato: un número precedido de la letra “q”)
    • El valor del calificador en la etiqueta del idioma de origen
    • El valor del calificador en la etiqueta del idioma de destino

Una vez que se haya confirmado el archivo seleccionado para su importación, la herramienta preguntará si se desea continuar con el proceso mediante la confirmación de una serie de etapas de verificación:

  • El sistema compara el nombre del proyecto contenido en el archivo de entrada con el nombre del proyecto seleccionado.
  • El sistema indicará si no se ha podido asociar algún calificador.
  • El sistema indicará las modificaciones relativas al idioma de origen y a los valores de los calificadores.
  • El sistema indicará las modificaciones relativas al idioma de destino y a los valores de los calificadores traducidos.

Una vez completadas esas etapas, aparecerá en la parte superior, sobre fondo azul, el mensaje “SUCCESS: THE FREE-TEXT QUALIFIER HAS BEEN IMPORTED SUCCESSFULLY”, así como un informe de importación con los valores previos y actuales importados para los calificadores de texto libre dependientes del idioma. Se puede regresar a la vista de calificadores de texto libre haciendo clic en “RETURN TO FREE TEXT QUALIFIERS”.

Exportar calificadores de texto libre en formato XLIFF

Si se hace clic en el botón “EXPORT FREE TEXT QUALIFIERS” en la parte superior de la vista y, a continuación, en el cuadro de diálogo se selecciona el nombre de archivo y la ubicación para guardar el archivo de texto de los calificadores, se exportarán todos los calificadores de texto libre del proyecto y se guardarán en un archivo con formato XLIFF.

El archivo incluirá:

  • El idioma de origen del proyecto
  • El idioma de destino del proyecto
  • Los calificadores de texto libre
  • Los valores traducidos de los calificadores de texto libre
  • La información del calificador y la característica asociados incluidos en el cuadro

Este archivo XLIFF puede visualizarse, editarse e importarse de nuevo en la herramienta una vez que se introduzcan los valores traducidos correspondientes.

Introducir datos de un proyecto

Un proyecto se divide en dos secciones, al igual que la lista de secuencias generada: información general y datos de la secuencia. Se pueden cortar y pegar datos en un proyecto o importar datos de otro proyecto o lista de secuencias. Por lo general, al hacer clic en el icono del lápiz se podrán editar los campos del proyecto. El asterisco (*) indica los campos que son obligatorios.

Información general

En la sección Información general se podrá introducir información relativa a la solicitud de patente, que se utilizará para asociar la lista de secuencias generada con dicha solicitud. La primera subsección, Identificación de la solicitud, está relacionada con el estado y la información de la solicitud de patente del proyecto seleccionado. A continuación se indica la información que debe facilitarse en cada subsección.

Subsección 1: Identificación de la solicitud

Para editar la información dentro de la subsección Identificación de la solicitud, hay que hacer clic en el icono del lápiz que aparece a la derecha del cuadro de la subsección. A continuación, se deberá proporcionar la información que se indica a continuación:

  1. Si ya se ha asignado un número de solicitud, se deberá seleccionar el código de la Oficina de propiedad intelectual (PI) en la que se presentó la solicitud. Se trata del código de la Norma ST.3 de la OMPI.
  2. Habrá que indicar, marcando el botón de opción correspondiente, si ya se ha recibido un número de solicitud o si se ha facilitado la referencia de expediente del solicitante.
  3. En caso de no disponer del número de solicitud, se DEBE proporcionar en este campo la referencia de expediente del solicitante.
  4. Deberá introducirse el número de solicitud, si ya se ha asignado uno.