من أهم ما تنص عليه المعاهدة أن الدولة المتعاقدة التي تسمح بإيداع كائنات دقيقة أو تشترط ذلك لأغراض الإجراءات الخاصة بالبراءات يجب أن تعترف، للأغراض نفسها، بإيداع كائن دقيق لدى أية "سلطة إيداع دولية"، سواءً كانت تلك السلطة داخل أراضي الدولة المذكورة أو خارجها.
والكشف عن الاختراع شرط من شروط منح البراءات. ويتم الكشف عن الاختراع عادة بوصفه كتابة. أما إذا تعلق الاختراع بكائن دقيق أو باستعمال ذلك الكائن، فإنه يستحيل الكشف عنه كتابة، ولا بد أن يتم ذلك عن طريق إيداع عينة من الكائن الدقيق لدى إحدى المؤسسات المتخصصة. وعلى أرض الواقع، يُفسّر مصطلح "كائن دقيق" بمفهومه العام على أنه يشمل المادة البيولوجية التي يكون إيداعها ضروريا لأغراض الكشف، ولا سيما ما يتعلق بالاختراعات المتصلة بمجالي الأغذية والمستحضرات الصيدلانية.
وتفاديا لضرورة الإيداع في كل بلد تُلتمس فيه الحماية، تنص المعاهدة على أن يكون إيداع الكائنات الدقيقة لدى أية "سلطة إيداع دولية" كافيا لأغراض الإجراءات الخاصة بالبراءات لدى المكاتب الوطنية للبراءات في كل الدول المتعاقدة ولدى أي مكتب إقليمي للبراءات (إذا أعلن ذلك المكتب الإقليمي أنه يعترف بآثار المعاهدة). وهذا ما أعلنه كل من المكتب الأوروبي للبراءات (EPO) والمنظمة الأوروبية الآسيوية للبراءات (EAPO) والمنظمة الأفريقية للملكية الفكرية (OAPI) والمنظمة الإقليمية الأفريقية للملكية الفكرية (ARIPO).
والسلطة التي تُسمى في المعاهدة "سلطة الإيداع الدولية" هي مؤسسة علمية - عادة ما تكون مؤسسة استنبات - قادرة على الاحتفاظ بالكائنات الدقيقة. وتكتسب المؤسسة وضع "سلطة الإيداع الدولية" إذا قدمت الدولة المتعاقدة التي توجد تلك المؤسسة في أراضيها إلى المدير العام للويبو ضمانات بأن المؤسسة تفي ببعض الشروط المنصوص عليها في المعاهدة وستواصل الوفاء بها.
وفي 26 يناير 2023، كانت هناك 49 مؤسسة من تلك المؤسسات: سبع مؤسسات في المملكة المتحدة، وأربع مؤسسات في جمهورية كوريا، وثلاث مؤسسات في كل من الصين والهند وإيطاليا وبولندا والولايات المتحدة الأمريكية، ومؤسستان في كل من أستراليا واليابان والاتحاد الروسي وإسبانيا، ومؤسسة واحدة في كل من بلجيكا وبلغاريا وكندا وشيلي والجمهورية التشيكية وفنلندا وفرنسا وألمانيا وهنغاريا ولاتفيا والمكسيك والمغرب وهولندا وسلوفاكيا وسويسرا.
وتشجع المعاهدة على الانتفاع بنظام البراءات المطبق في الدولة المتعاقدة لأنه يرجع بالفائدة أساسا على المودع إذا أراد الحصول على براءات في عدة دول متعاقدة؛ إذ إن إيداع الكائن الدقيق وفقا للإجراءات المنصوص عليها في المعاهدة يعفيه من بعض التكاليف ويوفر له جانبا كبيرا من الأمن. فهو يعفيه من التكاليف نظرا إلى أنه يكفيه إيداع الكائن الدقيق مرة واحدة لدى سلطة إيداع واحدة بدلا من إيداعه في كل دولة من الدول المتعاقدة التي يودع فيها طلب براءة يتعلق بذلك الكائن الدقيق. وتوفر المعاهدة للمودع جانبا كبيرا من الأمن نظرا إلى أنها تضع نظاما موحدا لإيداع عينات من الكائنات الدقيقة والاعتراف بها وتوفيرها.
ولا تنص المعاهدة على وضع ميزانية، ولكنها تنشئ اتحادا وجمعية يتكونان من الدول الأطراف في المعاهدة. وتتمثل المهمة الرئيسية التي تضطلع بها الجمعية في تعديل اللائحة التنفيذية الصادرة بناء على المعاهدة. ولا يمكن مطالبة أية دولة بتسديد اشتراكات إلى المكتب الدولي للويبو مقابل عضويتها في اتحاد بودابست أو إنشاء "سلطة إيداع دولية".
وقد أبرمت معاهدة بودابست في سنة 1977.
والمعاهدة متاحة للدول الأطراف في اتفاقية باريس لحماية الملكية الصناعية (لسنة 1883). ويجب إيداع وثائق التصديق أو الانضمام لدى المدير العام للويبو.