ВОИС отличается от других учреждений системы ООН тем, что является почти полностью самофинансируемой организацией. Согласно оценкам, содержащимся в Программе и бюджете на 2020–2021 гг., общий объем доходов за указанный двухлетний период превысит 880 млн шв. франков, а расходы составят порядка 768 млн шв. франков. Почти 95 процентов от общего объема доходов приходится на поступления в виде пошлин и сборов за услуги, предлагаемые Организацией пользователям в рамках созданных ею международных систем, таких как система PCT и Мадридская и Гаагская системы.