                         SEQUENCE LISTING

<110>  Biofidelity Ltd
 
<120>  Polynucleotide Detection

<130>  P33949WO1

<150>  GB 2102178.7
<151>  2021-02-16

<160>  56    

<170>  PatentIn version 3.5

<210>  1
<211>  27
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer mix 1 - FWD 1


<220>
<221>  phosphorothioate_bond
<222>  (1)..(4)
<223>  Phosphorothioate bonds between residues 1&2, 2&3, 3&4

<400>  1
cccaaccaag ctctcttgag gatcttg                                           27


<210>  2
<211>  26
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer mix 1 - REV 1


<220>
<221>  5Phos
<222>  (1)..(1)
<223>  5' end phosphate

<400>  2
gggaccttac cttatacacc gtgccg                                            26


<210>  3
<211>  45
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer mix 1 - FWD 2


<220>
<221>  *
<222>  (1)..(4)
<223>  Phosphorothioate bonds between residues 1&2, 2&3, 3&4

<400>  3
gcctccctcg cgccatcaga aggtgagaaa gttaaaattc ccgtc                       45


<210>  4
<211>  43
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer mix 1 - REV 2


<220>
<221>  5Phos
<222>  (1)..(1)
<223>  5' end phosphorylation

<400>  4
gccttgccag cccgctcaga cagcaaagca gaaactcaca tcg                         43


<210>  5
<211>  39
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer mix 1 - FWD 3


<220>
<221>  *
<222>  (1)..(4)
<223>  Phosphorothioate bonds between residues 1&2, 2&3, 3&4

<400>  5
gcctccctcg cgccatcagc atctgcctca cctccaccg                              39


<210>  6
<211>  42
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer mix 1 - REV 3


<220>
<221>  5Phos
<222>  (1)..(1)
<223>  5' end phosphorylation

<400>  6
gccttgccag cccgctcaga tattgtcttt gtgttcccgg ac                          42


<210>  7
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer mix 1 - FWD 4


<220>
<221>  *
<222>  (1)..(4)
<223>  Phosphorothioate bonds between residues 1&2, 2&3, 3&4

<400>  7
gaagccacac tgacgtgcct ctc                                               23


<210>  8
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer mix 1 - REV 4


<220>
<221>  5Phos
<222>  (1)..(1)
<223>  5' end phosphorylation

<400>  8
aggcagatgc ccagcaggcg gca                                               23


<210>  9
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer mix 1 - FWD 5


<220>
<221>  *
<222>  (1)..(4)
<223>  Phosphorothioate bonds between residues 1&2, 2&3, 3&4

<400>  9
acgtactggt gaaaacaccg cag                                               23


<210>  10
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer mix 1 - REV 5


<220>
<221>  5Phos
<222>  (1)..(1)
<223>  5' end phosphorylation

<400>  10
gcctccttct gcatggtatt cttt                                              24


<210>  11
<211>  51
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer mix 1 - FWD 6


<220>
<221>  *
<222>  (1)..(4)
<223>  Phosphorothioate bonds between residues 1&2, 2&3, 3&4

<400>  11
gcctccctcg cgccatcaga atgactgaat ataaacttgt ggtagttgga g                51


<210>  12
<211>  48
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer mix 1 - REV 6


<220>
<221>  5Phos
<222>  (1)..(1)
<223>  5' end phosphorylation

<400>  12
gccttgccag cccgctcagg aattagctgt atcgtcaagg cactcttg                    48


<210>  13
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer mix 1 - FWD 7


<220>
<221>  *
<222>  (1)..(4)
<223>  Phosphorothioate bonds between residues 1&2, 2&3, 3&4

<400>  13
ctggtccctc attgcactgt actcc                                             25


<210>  14
<211>  30
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer mix 1 - REV 7


<220>
<221>  5Phos
<222>  (1)..(1)
<223>  5' end phosphorylation

<400>  14
agaaacctgt ctcttggata ttctcgacac                                        30


<210>  15
<211>  49
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer mix 1 - FWD 8


<220>
<221>  5Phos
<222>  (1)..(1)
<223>  5' end phosphorylation

<400>  15
gcctccctcg cgccatcagc cacaaaatgg atccagacaa ctgttcaaa                   49


<210>  16
<211>  52
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer mix 1 - REV 8


<220>
<221>  *
<222>  (1)..(4)
<223>  Phosphorothioate bonds between residues 1&2, 2&3, 3&4

<400>  16
gccttgccag cccgctcagt cttcatgaag acctcacagt aaaaataggt ga               52


<210>  17
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer mix 1 - FWD 9


<220>
<221>  5Phos
<222>  (1)..(1)
<223>  5' end phosphorylation

<400>  17
cccccagccc tctgacgtcc                                                   20


<210>  18
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer mix 1 - REV 9


<220>
<221>  *
<222>  (1)..(4)
<223>  Phosphorothioate bonds between residues 1&2, 2&3, 3&4

<400>  18
atcttctgct gccgtcgctt ga                                                22


<210>  19
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer mix 1 - FWD 10


<220>
<221>  *
<222>  (1)..(4)
<223>  Phosphorothioate bonds between residues 1&2, 2&3, 3&4

<400>  19
tacccttgtc cccaggaagc ata                                               23


<210>  20
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer mix 1 - REV 10


<220>
<221>  5Phos
<222>  (1)..(1)
<223>  5' end phosphorylation

<400>  20
atgcccagaa ggcgggagac at                                                22


<210>  21
<211>  118
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Mutant Oligonucleotide

<400>  21
ctgtcatagg gactctggat cccagaaggt gagaaagtta aaattcccgt cgctatcaag       60

gttccgaaag ccaacaagga aatcctcgat gtgagtttct gctttgctgt gtgggggt        118


<210>  22
<211>  46
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Blocking Oligonucleotide


<220>
<221>  5Phos
<222>  (1)..(1)
<223>  5' end phosphorylation

<220>
<221>  3InvdT
<222>  (46)..(46)
<223>  3' end inverted dT

<400>  22
ctatcaagga attaagagaa gcaacatctc cgaaagccaa caaggt                      46


<210>  23
<211>  71
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Probe


<220>
<221>  *
<222>  (1)..(4)
<223>  Phosphorothioate bonds between bases 1&2, 2&3, 3&4

<220>
<221>  5Phos
<222>  (1)..(1)
<223>  5' end phosphorylation

<400>  23
atgttcgatg agctttgaca atacttgatc gatgcagata taggatgttg cgagctttcg       60

gaaccttgat a                                                            71


<210>  24
<211>  36
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Splint oligonucleotide

<400>  24
tgtcaaagct catcgaacat ttccgaaagc catcgg                                 36


<210>  25
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer mix 2 FWD


<220>
<221>  *
<222>  (1)..(3)
<223>  Phosphorothioate bonds between bases 1&2, 2&3

<400>  25
tcgcaacatc ctatatctgc                                                   20


<210>  26
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer mix 2 REV


<220>
<221>  *
<222>  (1)..(3)
<223>  Phosphorothioate bonds between bases 1&2, 2&3

<400>  26
tgagctttga caatacttga                                                   20


<210>  27
<211>  90
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Mutant oligonucleotide

<400>  27
catctgcctc acctccaccg tgcagctcat catgcagctc atgcccttcg gctgcctcct       60

ggactatgtc cgggaacaca aagacaatat                                        90


<210>  28
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Blocking oligonucleotide


<220>
<221>  *
<222>  (1)..(2)
<223>  Phosphorothioate bond between bases 1&2

<220>
<221>  *
<222>  (17)..(20)
<223>  Phosphorothioate bonds between bases 17&18, 18&19, 19&20

<400>  28
atgagctgcg tgatgaggaa                                                   20


<210>  29
<211>  73
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Probe


<220>
<221>  5Phos
<222>  (1)..(1)
<223>  5' end phosphorylation

<220>
<221>  *
<222>  (1)..(4)
<223>  Phosphorothioate bonds between bases 1&2, 2&3, 3&4

<400>  29
atgttcgatg agctttgaca atacttgagc acggcagata taggatgttg cgaagggcat       60

gagctgcatg atg                                                          73


<210>  30
<211>  33
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Splint oligonucleotide


<220>
<221>  3InvdT
<222>  (33)..(33)
<223>  3' end inverted dT

<400>  30
caaagctcat cgaacatatg cccttcgcaa ctt                                    33


<210>  31
<211>  26
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Blocking oligonucleotide


<220>
<221>  *
<222>  (1)..(2)
<223>  Phosphorothioate bond between bases 1&2

<400>  31
agccgaagag catgagctgc atgatg                                            26


<210>  32
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer mix 1 FWD


<220>
<221>  *
<222>  (1)..(4)
<223>  Phosphorothioate bonds between bases 1&2, 2&3, 3&4

<400>  32
aagttaaaat tcccgtcgct a                                                 21


<210>  33
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer mix 1 REV


<220>
<221>  5Phos
<222>  (1)..(1)
<223>  5' end phosphorylation

<400>  33
agcaaagcag aaactcacat cg                                                22


<210>  34
<211>  40
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer mix 2 FWD


<220>
<221>  *
<222>  (1)..(4)
<223>  Phosphorothioate bonds between bases 1&2, 2&3, 3&4

<400>  34
gcctccctcg cgccatcaga agttaaaatt cccgtcgcta                             40


<210>  35
<211>  41
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer mix 2 REV


<220>
<221>  5Phos
<222>  (1)..(1)
<223>  5' end phosphorylation

<400>  35
gccttgccag cccgctcaga gcaaagcaga aactcacatc g                           41


<210>  36
<211>  122
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Mutant oligonucleotide 1

<400>  36
ctgtcatagg gactctggat cccagaaggt gagaaagtta aaattcccgt cgctatcaag       60

acatctccga aagccaacaa ggaaatcctc gatgtgagtt tctgctttgc tgtgtggggg      120

tc                                                                     122


<210>  37
<211>  128
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Mutant oligonucleotide 2

<400>  37
ctgtcatagg gactctggat cccagaaggt gagaaagtta aaattcccgt cgctatcaag       60

gaagcaacat ctccgaaagc caacaaggaa atcctcgatg tgagtttctg ctttgctgtg      120

tgggggtc                                                               128


<210>  38
<211>  71
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Probe oligonucleotide 1


<220>
<221>  *
<222>  (1)..(4)
<223>  Phosphorothioate bonds between bases 1&2, 2&3, 3&4

<220>
<221>  5Phos
<222>  (1)..(1)
<223>  5' end phosphorylation

<400>  38
atgttcgatg agctttgaca atacttgatc gatgcagata taggatgttg cgatcggaga       60

tgtcttgata g                                                            71


<210>  39
<211>  36
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Splint oligonucleotide 1

<400>  39
tgtcaaagct catcgaacat acatctccga aatcgg                                 36


<210>  40
<211>  73
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Probe oligonucleotide 2


<220>
<221>  *
<222>  (1)..(4)
<223>  Phosphorothioate bonds between bases 1&2, 2&3, 3&4

<220>
<221>  5Phos
<222>  (1)..(1)
<223>  5' end phosphorylation

<400>  40
atgttcgatg agctttgaca atacttgatc gatgcagata taggatgttg cgacggagat       60

gttgcttcct tga                                                          73


<210>  41
<211>  36
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Splint oligonucleotide 2

<400>  41
tgtcaaagct catcgaacat caacatctct cgcaag                                 36


<210>  42
<211>  73
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  T790M Probe


<220>
<221>  *
<222>  (1)..(4)
<223>  Phosphorothioate bonds between bases 1&2, 2&3, 3&4

<220>
<221>  5Phos
<222>  (1)..(1)
<223>  5' end phosphorylation

<400>  42
atgttcgatg agctttgaca atacttgagc acggcagata taggatgttg cgaagggcat       60

gagctgcatg atg                                                          73


<210>  43
<211>  33
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  T790M Splint oligonucleotide


<220>
<221>  3InvdT
<222>  (33)..(33)
<223>  3' end inverted dT

<400>  43
caaagctcat cgaacatatg cccttcgcaa ctt                                    33


<210>  44
<211>  77
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  G719X_6239 Probe


<220>
<221>  *
<222>  (1)..(4)
<223>  Phosphorothioate bonds between bases 1&2, 2&3, 3&4

<220>
<221>  5Phos
<222>  (1)..(1)
<223>  5' end phosphorylation

<400>  44
atgttcgatg agctttgaca atacttgaca tgcgcagata taggatgttg cgaaacgcac       60

cggaggccag cactttg                                                      77


<210>  45
<211>  36
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  G719X_6239 Splint oligonucleotide

<400>  45
tgtcaaagct catcgaacat ccggtgcgtt cggcaa                                 36


<210>  46
<211>  77
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  G719X_6252 Probe


<220>
<221>  *
<222>  (1)..(2)
<223>  Phosphorothioate bond between bases 1&2

<220>
<221>  5Phos
<222>  (1)..(1)
<223>  5' end phosphorylation

<400>  46
ctgtccagtg agctttgaca atacttgaca tgccgagtaa tgagagtttc gcaaacgcac       60

cggagctcag cactttg                                                      77


<210>  47
<211>  36
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  G719X_6252 Splint oligonucleotide

<400>  47
tgtcaaagct cactggacag ccggtgcgtt cggcaa                                 36


<210>  48
<211>  77
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  G719X_6253 Probe


<220>
<221>  *
<222>  (1)..(2)
<223>  Phosphorothioate bond between bases 1&2

<220>
<221>  5Phos
<222>  (1)..(1)
<223>  5' end phosphorylation

<400>  48
acctgatctg agctttgaca atacttgaca tgcgagcaat taggtagtgt cgtaacgcac       60

cggagcacag cactttg                                                      77


<210>  49
<211>  36
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  G719X_6253 Splint oligonucleotide

<400>  49
tgtcaaagct cagatcaggt ccggtgcgtt cggcaa                                 36


<210>  50
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer 1


<220>
<221>  *
<222>  (1)..(3)
<223>  Phosphorothioate bonds between bases 1&2, 2&3

<400>  50
tgagctttga caatacttga                                                   20


<210>  51
<211>  61
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer 2


<220>
<221>  *
<222>  (1)..(2)
<223>  Phosphorothioate bond between bases 1&2

<220>
<221>  5Cy5
<222>  (1)..(1)
<223>  5' Cy5 dye

<400>  51
actgaccagc tccatgacaa tcgctgtcgc catgatcgat cgcaacatcc tatatctgcg       60

c                                                                       61


<210>  52
<211>  61
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer 3


<220>
<221>  *
<222>  (1)..(2)
<223>  Phosphorothioate bond between bases 1&2

<220>
<221>  5TEX615
<222>  (1)..(1)
<223>  5' TexasRed dye

<400>  52
actgaccagc tccatgacaa tcgctgtcgc catgatcgat gcgaaactct cattactcgg       60

c                                                                       61


<210>  53
<211>  61
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer 4


<220>
<221>  *
<222>  (1)..(2)
<223>  Phosphorothioate bond between bases 1&2

<220>
<221>  5HEX
<222>  (1)..(1)
<223>  5' Hex dye

<400>  53
tacgaccgac tcactcctta cagcagtccg cagtatgcta cgacactacc taattgctcg       60

c                                                                       61


<210>  54
<211>  59
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer 5


<220>
<221>  *
<222>  (1)..(2)
<223>  Phosphorothioate bond between bases 1&2

<220>
<221>  5ATTO488N
<222>  (1)..(1)
<223>  5' Atto488 dye

<400>  54
tacgaccgac tcactcctta cagcagtccg cagtatgctt cggtgatcag tcctcgatg        59


<210>  55
<211>  39
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer 6


<220>
<221>  3IAbRQSp
<222>  (39)..(39)
<223>  3' Iowa Black RQ quencher

<400>  55
tcgatcatgg cgacagcgat tgtcatggag ctggtcagt                              39


<210>  56
<211>  39
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer 7


<220>
<221>  3IABkFQ
<222>  (39)..(39)
<223>  3' Iowa Black FQ

<400>  56
agcatactgc ggactgctgt aaggagtgag tcggtcgta                              39


