                         SEQUENCE LISTING

<110>  New York University
 
<120>  Big-IN: A VERSATILE PLATFORM FOR LOCUS-SCALE GENOME REWRITING AND
        VERIFICATION

<130>  058636.00389

<150>  US 63/091,508
<151>  2020-10-14

<160>  139   

<170>  PatentIn version 3.5

<210>  1
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  synthetic tracrRNA/crRNA

<400>  1
ttgcgcacgg ttatgtggac                                                   20


<210>  2
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  oJML0053 primer

<400>  2
tttccatagg ctccgccccc ctgac                                             25


<210>  3
<211>  30
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  oJML0056 primer

<400>  3
gagagcaatc ccgcaatctt cagtggtgtg                                        30


<210>  4
<211>  30
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  oJML0057 primer

<400>  4
cacaccactg aagattgcgg gattgctctc                                        30


<210>  5
<211>  60
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  oJML0058 primer

<400>  5
tgattactat taataactag tcaataatca atgtcaacgc ggtatttcac accgcataga       60


<210>  6
<211>  40
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  oJML0067 primer

<400>  6
gcaatgatac cgcgagatcc acgctcaccg gctccagatt                             40


<210>  7
<211>  40
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  oJML0068 primer

<400>  7
aatctggagc cggtgagcgt ggatctcgcg gtatcattgc                             40


<210>  8
<211>  55
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  oJML0069 primer

<400>  8
ttatttttat agcacgtgat gaaaaggacc aacacagtcc tttcccgcaa ttttc            55


<210>  9
<211>  60
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  oJML0070 primer

<400>  9
aaaaagaaaa ttgcgggaaa ggactgtgtt ggtccttttc atcacgtgct ataaaaataa       60


<210>  10
<211>  38
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  oJML0126 primer

<400>  10
gtggtggaag actcgagcat gaccgagtac aagcccac                               38


<210>  11
<211>  38
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  oJML0129 primer

<400>  11
gttggtggcg ccgctgccgt tagcctcccc catctccc                               38


<210>  12
<211>  60
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  oJML0130 primer

<400>  12
tgaagcaggc cggcgacgtg gaggagaacc ccggccccat ggccaattta ctgaccgtac       60


<210>  13
<211>  31
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  oJML0131 primer

<400>  13
ggagcgccag acgaggccaa tcatcaggat c                                      31


<210>  14
<211>  31
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  oJML0132 primer

<400>  14
gatcctgatg attggcctcg tctggcgctc c                                      31


<210>  15
<211>  60
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  oJML0133 primer

<400>  15
tgcgatgaag tagagcccgc agtggccaag tggctttggt ccgtttcctc cacggatgcc       60


<210>  16
<211>  60
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  oJML0134 primer

<400>  16
gaaaccctct gcctcccccg tgatgtaata cttttgcaag gaatgcgatg aagtagagcc       60


<210>  17
<211>  60
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  oJML0135 primer

<400>  17
gggaggcaga gggtttccct gccacagctt gatgaagatg aggccaacct tctatcagag       60


<210>  18
<211>  49
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  oJML0136 primer

<400>  18
gtggtggaag actctgaatg tctcaaaaaa caaacgaaca aaaaaccag                   49


<210>  19
<211>  40
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  oJML0137 primer

<400>  19
catgacccgc aagcccggtg ccatgcccac gctactgcgg                             40


<210>  20
<211>  60
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  oJML0138 primer

<400>  20
ggggttctcc tccacgtcgc cggcctgctt cagcaggctg aagttggtgg cgccgctgcc       60


<210>  21
<211>  60
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  oJML0139 primer

<400>  21
ggcgccacca acttcagcct gctgaagcag gccggcgacg tggaggagaa ccccggcccc       60


<210>  22
<211>  40
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  oJML0144 primer

<400>  22
aaacccgcag tagcgtgggc atggcaccgg gcttgcgggt                             40


<210>  23
<211>  37
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  oJML0145 primer

<400>  23
gtggtgcgtc tcttcggggc tccggtgccc gtcagtg                                37


<210>  24
<211>  38
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  oJML0146 primer

<400>  24
caccaccgtc tcggctctca cgacacctga aatggaag                               38


<210>  25
<211>  34
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  oRB_036 primer

<400>  25
atcggcggcc gctggaatta taacttcgta tagc                                   34


<210>  26
<211>  29
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  oRB_037 primer

<400>  26
ggccatcgat ttacttgtac agctcgtcc                                         29


<210>  27
<211>  70
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  oRB_061 primer

<400>  27
gattattagg gataacaggg taatataact tcgtatagga tactttatac gaagttatgg       60

ctccggtgcc                                                              70


<210>  28
<211>  39
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  oRB_062 primer

<400>  28
gcatggacga gctgtacaag ggcagtggag agggcagag                              39


<210>  29
<211>  33
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  oRB_063 primer

<400>  29
cctctgccct ctccactgcc cttgtacagc tcg                                    33


<210>  30
<211>  78
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  oRB_064 primer

<400>  30
cctaaaatta ccctgttatc cctaataact tcgtataatg tatgctatac gaagttattc       60

cccagcatgc ctgctatt                                                     78


<210>  31
<211>  60
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Left HA forward primer

<400>  31
tgtgtggtct caccctttca tacccatgta aggttgaggt gaagagactg aggtccagag       60


<210>  32
<211>  35
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Left HA reverse primer

<400>  32
gtggtgggtc tcacgttggc gcgcgttgct tcatg                                  35


<210>  33
<211>  40
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Right HA forward primer

<400>  33
gtggtgggtc tcgtatgttg aggtagatgt taccacatgt                             40


<210>  34
<211>  60
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Right HA reverse primer

<400>  34
gtggtgggtc tcaggatatg aagcaacgcg cgccggtagg tctggacctg cacttcttca       60


<210>  35
<211>  38
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Left HA forward primer

<400>  35
gtgtgtggtc tcacccttga agagactgag gtccagag                               38


<210>  36
<211>  35
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Left HA reverse primer

<400>  36
gtggtgggtc tcacgttggc gcgcgttgct tcatg                                  35


<210>  37
<211>  40
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Right HA forward primer

<400>  37
gtggtgggtc tcgtatgttg aggtagatgt taccacatgt                             40


<210>  38
<211>  37
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Right HA reverse primer

<400>  38
gtggtgggtc tcaggattct ggacctgcac ttcttca                                37


<210>  39
<211>  41
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Left HA forward primer

<400>  39
gtgtggtctc accctgtaca aaactacaga gcagttaagt g                           41


<210>  40
<211>  35
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Left HA reverse primer

<400>  40
gtggtgggtc tcacgttggc gcgcgttgct tcatg                                  35


<210>  41
<211>  40
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Right HA forward primer

<400>  41
gtggtgggtc tcgtatgttg aggtagatgt taccacatgt                             40


<210>  42
<211>  36
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Right HA reverse primer

<400>  42
ggtgggtctc aggatgttat acgacgccaa actgcc                                 36


<210>  43
<211>  35
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Left HA forward primer

<400>  43
gtgtggtctc accctaaggt cttgggaatg ggacg                                  35


<210>  44
<211>  35
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Left HA reverse primer

<400>  44
gtggtgggtc tcacgttggc gcgcgttgct tcatg                                  35


<210>  45
<211>  40
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Right HA forward primer

<400>  45
gtggtgggtc tcgtatgttg aggtagatgt taccacatgt                             40


<210>  46
<211>  34
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Right HA reverse primer

<400>  46
ggtgggtctc aggatgaggg tagccaagtg gacc                                   34


<210>  47
<211>  58
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Left HA forward primer

<400>  47
gtgtggtctc accctcaagt ctgaagtagt tcaggagggt ttgaggccag gaagggat         58


<210>  48
<211>  37
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Left HA reverse primer

<400>  48
gtggtgggtc tcacgttgaa ctacttcaga cttgggc                                37


<210>  49
<211>  43
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Right HA forward primer

<400>  49
gtggtgggtc tcgtatggtt cggggacggt gttaatattc ttc                         43


<210>  50
<211>  58
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Right HA reverse primer

<400>  50
ggtgggtctc aggatgagct gcaaaggctc ccgttaggaa tgaatgcgga tgccttgc         58


<210>  51
<211>  58
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Left HA forward primer

<400>  51
ggtgggtctc accctcatcg tgcccatagc aatgatgggc ccaggtgaag agtcaacc         58


<210>  52
<211>  35
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Left HA reverse primer

<400>  52
ggtgggtctc acgttttgct atgggcacga tgctg                                  35


<210>  53
<211>  35
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Right HA forward primer

<400>  53
ggtgggtctc gtatgagagc tgggataatc tcttt                                  35


<210>  54
<211>  59
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Right HA reverse primer

<400>  54
ggtgggtctc aggatgagat tatcccagct ctgggaggag ctattttaga aggactccc        59


<210>  55
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  hPIGA-g1

<400>  55
gttatacttt ggccagcatg                                                   20


<210>  56
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  hPIGA-g2

<400>  56
aacatctagc cacatccatt                                                   20


<210>  57
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  HPRT1-g1

<400>  57
atgaagcaac gcgcgccggt                                                   20


<210>  58
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  HPRT1-g2

<400>  58
ttcataccca tgtaaggttg                                                   20


<210>  59
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  mPiga-g1

<400>  59
ggcatgcttt gtggtcgttc                                                   20


<210>  60
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  mPiga-g2

<400>  60
cccgcgggca gcctatataa                                                   20


<210>  61
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Sox2-g1

<400>  61
caagtctgaa gtagttcagg                                                   20


<210>  62
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Sox2-g2

<400>  62
gagctgcaaa ggctcccgtt                                                   20


<210>  63
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Sox2-g3

<400>  63
cattggcagt gttgtatagg                                                   20


<210>  64
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Igf2/H19-g1

<400>  64
catcgtgccc atagcaatga                                                   20


<210>  65
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Igf2/H19-g2

<400>  65
gagattatcc cagctctggg                                                   20


<210>  66
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  forward primer for LP-TK at HPRT1 L Jx

<400>  66
caggatattt ctctgttgcc ca                                                22


<210>  67
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  reverse primer for LP-TK at HPRT1 L Jx

<400>  67
gggactgtgg gcgatgtg                                                     18


<210>  68
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  forward primer for LP-TK at HPRT1 R Jx

<400>  68
acccacagct tctcaacgg                                                    19


<210>  69
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  reverse primer for LP-TK at HPRT1 R Jx

<400>  69
ggtggaatac aactgcctgg                                                   20


<210>  70
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  forward primer for LP-PIGA at Sox2 L Jx

<400>  70
gactggggct tctcagagtt c                                                 21


<210>  71
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  reverse primer for LP-PIGA at Sox2 L Jx

<400>  71
gggactgtgg gcgatgtg                                                     18


<210>  72
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  forward primer for LP-PIGA at Sox2 R Jx

<400>  72
acccacagct tctcaacgg                                                    19


<210>  73
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  reverse primer for LP-PIGA at Sox2 R Jx

<400>  73
agtgactgca gcagacttgg                                                   20


<210>  74
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  forward primer for Ori

<400>  74
tttccatagg ctccgccccc ctgac                                             25


<210>  75
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  reverse primer for Ori

<400>  75
gttaccggat aaggcgcagc                                                   20


<210>  76
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  forward primer for Sox2[Bl6]-5'

<400>  76
gactggggct tctcagagtt c                                                 21


<210>  77
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  reverse primer for Sox2[Bl6]-5'

<400>  77
gatctctggt gtaccagtgt gtcc                                              24


<210>  78
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  forward primer for PL1 at HPRT1

<400>  78
cctgatctgg gtgactctag g                                                 21


<210>  79
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  reverse primer for PL1 at HPRT1

<400>  79
agaggttcag cagtgggaag                                                   20


<210>  80
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  forward primer for PL1 at Sox2 R Jx

<400>  80
agaatagcag gcatgctggg                                                   20


<210>  81
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  reverse primer for PL1 at Sox2 R Jx

<400>  81
agtgactgca gcagacttgg                                                   20


<210>  82
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  forward primer for MC L Jx

<400>  82
gaggcagggc aatcagaagt                                                   20


<210>  83
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  reverse primer for MC L Jx

<400>  83
agaatagcag gcatgctggg                                                   20


<210>  84
<211>  17
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  forward primer for Sox246kb at Sox2 R Jx

<400>  84
gggagggggc cctgccg                                                      17


<210>  85
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  reverse primer for Sox246kb at Sox2 R Jx

<400>  85
agtgactgca gcagacttgg                                                   20


<210>  86
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  forward primer for Sox2143kb at Sox2 L Jx

<400>  86
gactggggct tctcagagtt c                                                 21


<210>  87
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  reverse primer for Sox2143kb at Sox2 L Jx

<400>  87
gggactgtgg gcgatgtg                                                     18


<210>  88
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  forward primer for Sox2143kb at Sox2 R Jx

<400>  88
agacttgttt tcctcctgcc t                                                 21


<210>  89
<211>  17
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  reverse primer for Sox2143kb at Sox2 R Jx

<400>  89
gccactgaga ccgaggt                                                      17


<210>  90
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  forward primer for LP-PIGA at Sox2 R Jx

<400>  90
acccacagct tctcaacgg                                                    19


<210>  91
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  reverse primer for LP-PIGA at Sox2 R Jx

<400>  91
agtgactgca gcagacttgg                                                   20


<210>  92
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  forward primer for WT PIGA

<400>  92
ttactatctg gcagggaagg c                                                 21


<210>  93
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  reverse primer for WT PIGA

<400>  93
ccatgcgtca cagctggtac                                                   20


<210>  94
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  forward primer for delta PIGA

<400>  94
ttactatctg gcagggaagg c                                                 21


<210>  95
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  reverse primer for delta PIGA

<400>  95
tgtgatgggc ataaaaggct act                                               23


<210>  96
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  forward primer for WT HPRT1

<400>  96
ttcccagcaa caaagtagga g                                                 21


<210>  97
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  reverse primer for WT HPRT1

<400>  97
acaaggccaa cagcagtctg                                                   20


<210>  98
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  forward primer for LP-PIGA at HPRT1 L Jx

<400>  98
tggtgcgatc tcagctcagt                                                   20


<210>  99
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  reverse primer for LP-PIGA at HPRT1 L Jx

<400>  99
ttacgtctgc tgcaggcgcg                                                   20


<210>  100
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  forward primer for LP-PIGA at HPRT1 R Jx

<400>  100
acccacagct tctcaacgg                                                    19


<210>  101
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  reverse primer for LP-PIGA at HPRT1 R Jx

<400>  101
acaaggccaa cagcagtctg                                                   20


<210>  102
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  forward primer for LP Jx

<400>  102
atgagaaccc ggaaagaggg                                                   20


<210>  103
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  reverse primer for LP Jx

<400>  103
ccaacttctc ggggactgtg                                                   20


<210>  104
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  forward primer for L Jx 1

<400>  104
atgagaaccc ggaaagaggg                                                   20


<210>  105
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  reverse primer for L Jx 1

<400>  105
agaatagcag gcatgctggg                                                   20


<210>  106
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  forward primer for L Jx 2

<400>  106
atgagaaccc ggaaagaggg                                                   20


<210>  107
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  reverse primer for L Jx 2

<400>  107
gatctctggt gtaccagtgt gtcc                                              24


<210>  108
<211>  17
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  forward primer for R Jx

<400>  108
gggagggggc cctgccg                                                      17


<210>  109
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  reverse primer for R Jx

<400>  109
gaggtctttg gaaggcatgg                                                   20


<210>  110
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  forward primer for duplication

<400>  110
ccactcctgc cacttcagag                                                   20


<210>  111
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  reverse primer for duplication

<400>  111
catccaaagg gtgcaaaggc                                                   20


<210>  112
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  forward primer for deletion

<400>  112
ggaaaggcgg caactgtttt                                                   20


<210>  113
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  reverse primer for deletion

<400>  113
cgacgtttga acgggtttcc                                                   20


<210>  114
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  forward primer for CreERT2 Fig. 6b)

<400>  114
cgattgattt acggcgctaa ggat                                              24


<210>  115
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  reverse primer for CreERT2 Fig. 6b)

<400>  115
gccatcttcc agcaggcgca c                                                 21


<210>  116
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  forward primer for CreERT2 (Fig. 9b)

<400>  116
aatggtttcc cgcagaacct gaaga                                             25


<210>  117
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  reverse primer for CreERT2 (Fig. 9b)

<400>  117
agcaatcccc agaaatgcca g                                                 21


<210>  118
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  forward primer for Human HPRT1

<400>  118
gaccagtcaa caggggacat                                                   20


<210>  119
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  reverse primer for Human HPRT1

<400>  119
cctgaccaag gaaagcaaag                                                   20


<210>  120
<211>  33
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  forward primer for Human mini PIGA (hmPIGA)

<400>  120
gcctgattga aagagggcat aaggttataa ttg                                    33


<210>  121
<211>  26
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  reverse primer for Human mini PIGA (hmPIGA)

<400>  121
gactggttgt acatgacttt cagagg                                            26


<210>  122
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  forward primer for Human total PIGA

<400>  122
tttgctgatg tcagctcggt                                                   20


<210>  123
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  reverse primer for Human total PIGA

<400>  123
ccaaaagacg caccctgtca                                                   20


<210>  124
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  forward primer for Mouse Hprt1

<400>  124
aagcctaaga tgagcgcaag                                                   20


<210>  125
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  reverse primer for Mouse Hprt1

<400>  125
ggacgcagca actgacatt                                                    19


<210>  126
<211>  14
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  forward primer for Mouse Sox2[BL6]

<400>  126
aaccgatgca ccgc                                                         14


<210>  127
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  reverse primer for Mouse Sox2[BL6]

<400>  127
gagcattatc agatttttcc                                                   20


<210>  128
<211>  14
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  forward primer for Mouse Sox2[Cast]

<400>  128
agccgatgca ccga                                                         14


<210>  129
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  reverse primer for Mouse Sox2[Cast]

<400>  129
tgagcattat cagatttttc t                                                 21


<210>  130
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  forward primer for BSD

<400>  130
tcgcgacgat acaagtcagg                                                   20


<210>  131
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  reverse primer for BSD

<400>  131
ggaccttgtg cagaactcgt                                                   20


<210>  132
<211>  31
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  HAL and surrounding genomic sequences, expected

<400>  132
attctcattt tttagatgaa gagactgagg t                                      31


<210>  133
<211>  31
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  HAL and surrounding genomic sequences, observed

<400>  133
attctcattt tttagatgaa gagactgagg t                                      31


<210>  134
<211>  31
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  HAL and surrounding genomic sequences and LP-TK, expected

<400>  134
aagcaacgcg cgccaacgat aacttcgtat a                                      31


<210>  135
<211>  31
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  HAL and surrounding genomic sequences and LP-TK, observed

<400>  135
aagcaacgcg cgccaacgat aacttcgtat a                                      31


<210>  136
<211>  31
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  HAR and surrounding genomic sequences and LP-TK, expected

<400>  136
ttatacgaag ttattatgtt gaggtagatg t                                      31


<210>  137
<211>  31
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  HAR and surrounding genomic sequences and LP-TK, observed

<400>  137
ttatacgaag ttattatgtt gaggtagatg t                                      31


<210>  138
<211>  30
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  HAR and surrounding genomic sequences, expected

<400>  138
agtgcaggtc cagagaggtc acataatttg                                        30


<210>  139
<211>  30
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  HAR and surrounding genomic sequences, observed

<400>  139
agtgcaggtc cagagaggtc acataatttg                                        30


