               SEQUENCE LISTING

<110> ISTITUTO ROMAGNOLO PER LO STUDIO DEI TUMORI "DINO AMADORI" - IRST IRCCS

<120> METHOD TO IDENTIFY DISEASE LINKED GENETIC FUSIONS

<130> 147835PCT

<150> EP20179583.8
<151> 2020-06-11

<160> 62

<170> BiSSAP 1.3.6

<210> 1
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer RUNX1 ex3F

<400> 1
ggaaaagctt cactctgacc a                                              21


<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer RCAN1 ex2R

<400> 2
ggagaagggg ttgctgaagt                                                20


<210> 3
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer PAG1 ex2F

<400> 3
ttttctccta tttcagcagt tgg                                            23


<210> 4
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer PLAG1 ex3R

<400> 4
actttgatct tagccagtcc ca                                             22


<210> 5
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer PAG1 ex1F

<400> 5
cggagtttgc agagg                                                     15


<210> 6
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer PLAG1 ex3R

<400> 6
actttgatct tagccagtcc ca                                             22


<210> 7
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer PPP3CC ex3

<400> 7
ggatcaccta gtaacacacg c                                              21


<210> 8
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer CCAR2 ex2R

<400> 8
ctgagaagtt gcgtcccc                                                  18


<210> 9
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer MARCH8 ex1UTR

<400> 9
ggaagctcgg actagtgatc c                                              21


<210> 10
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer NCOA4 ex4R

<400> 10
aagacattcc aggtgacgg                                                 19


<210> 11
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer NUMA1 ex26F

<400> 11
cctcaacaca cccaagaagc                                                20


<210> 12
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer CSF1R ex12R

<400> 12
tgccctcata gctctcgatg                                                20


<210> 13
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer IKZF1 ex7F

<400> 13
acagtgaaat ggcagaagac c                                              21


<210> 14
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer IGKV5-2 ex2R

<400> 14
cgctgacatg aatgctggag                                                20


<210> 15
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer CYFIP2 ex5F

<400> 15
gcttgccccg acatgagtat                                                20


<210> 16
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer EBF1 ex7R

<400> 16
ccgcatgtca cgtgggtt                                                  18


<210> 17
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer UBXN4 ex1F

<400> 17
gagactacac accgagcgag                                                20


<210> 18
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer CXCR4 ex2R

<400> 18
tcttcacgga aacagggttc                                                20


<210> 19
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer ZFPM1 ex1F

<400> 19
cgcgggttcc attgagaaaa                                                20


<210> 20
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer SLC7A5 ex3R

<400> 20
aatgccagca caatgttccc                                                20


<210> 21
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer CBFA2T3 ex1F

<400> 21
atgccggctt caagactga                                                 19


<210> 22
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer SLC7A5 ex3R

<400> 22
aatgccagca caatgttccc                                                20


<210> 23
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer NCOR2 ex1F

<400> 23
gagtctttga ggacacagcc                                                20


<210> 24
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer BCL7A ex3R

<400> 24
atcaaccttg ggctccgtc                                                 19


<210> 25
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer NCOR2 ex17F

<400> 25
tccatggagc tgaatgagag t                                              21


<210> 26
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer BCL7A ex3R

<400> 26
atcaaccttg ggctccgtc                                                 19


<210> 27
<211> 27
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer TAF15_ex6F2

<400> 27
agagcacctt cctatgacca gccagac                                        27


<210> 28
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer ZNF384_ex4R3

<400> 28
gccagaccac agcccttctc tggca                                          25


<210> 29
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer PAX5 ex9F

<400> 29
ggagtcccta cagccaccct c                                              21


<210> 30
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer ZCCHC7e5R2

<400> 30
gggggctgga caggaataca ggaga                                          25


<210> 31
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer ZEB2 ex2F

<400> 31
tcttatcaat gaagcagccg atc                                            23


<210> 32
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer CXCR4 ex2R

<400> 32
gagtagatgg tgggcaggaa                                                20


<210> 33
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer ZEB2 ex1UTRF

<400> 33
agctgtttct tcgcttccac                                                20


<210> 34
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer CXCR4 ex2R

<400> 34
gagtagatgg tgggcaggaa                                                20


<210> 35
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer IL7R_ex6F

<400> 35
tgcatggcta ctgaatgctc                                                20


<210> 36
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer IL7R_ex6R

<400> 36
ggacagcgtt tgcctaatgt                                                20


<210> 37
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer CRLF2_ex6F

<400> 37
cgcacgtcat gttgaaaact                                                20


<210> 38
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer CRLF2_ex6R

<400> 38
ccatcataag agtgggcatt g                                              21


<210> 39
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer JAK2_ex16F

<400> 39
ctcaatgcat gcctccaa                                                  18


<210> 40
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer JAK2_ex16R

<400> 40
acaacatgcc ctttacacc                                                 19


<210> 41
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer RAB3IP ex3 F

<400> 41
acgaagccca tctgttttgg                                                20


<210> 42
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer HMGA2 ex5 R

<400> 42
gtcctcttcg gcagactctt                                                20


<210> 43
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer MSI2 ex7-8 F

<400> 43
actaccaaca ggcacagagg                                                20


<210> 44
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer C17orf64 ex6 R

<400> 44
ctctggagtt tctggggctt                                                20


<210> 45
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer TCF3 ex16 F

<400> 45
cctcatgcac aaccacgc                                                  18


<210> 46
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer HLF ex4 R

<400> 46
ctccttcctc aagtcagcca                                                20


<210> 47
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer PLCL1 ex1 F

<400> 47
gatgagggac cgtcgcag                                                  18


<210> 48
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer CDK1 ex3 R

<400> 48
caactccata ggtaccttct cca                                            23


<210> 49
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer BANP ex6 F

<400> 49
ggactacctc ttccaccgc                                                 19


<210> 50
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer SLC7A5 ex3R

<400> 50
aatgccagca caatgttccc                                                20


<210> 51
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer ETV6 ex1 F

<400> 51
ccgggagaga tgctggaag                                                 19


<210> 52
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer RP11-434C1.2 ex2 R

<400> 52
agctagattg gttcctggtg a                                              21


<210> 53
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer ETV6 ex1 F

<400> 53
ccgggagaga tgctggaag                                                 19


<210> 54
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer CCND2 ex5 R

<400> 54
ttggtcctga cggtactgc                                                 19


<210> 55
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer CCND2 ex4 F

<400> 55
tgtacccacc gtcgatgatc                                                20


<210> 56
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer ETV6 ex2 R

<400> 56
gaacatgaag tggcgtcgag                                                20


<210> 57
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer BCR ex1 F

<400> 57
gaactcgcaa cagtccttcg                                                20


<210> 58
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer MAPK1 ex2 R

<400> 58
taggtctggt gctcaaaggg                                                20


<210> 59
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer CD74 ex6 F

<400> 59
gatgcaccat tggctcctg                                                 19


<210> 60
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer CAMK2A ex2 R

<400> 60
tgtgttgatg atcttggcag c                                              21


<210> 61
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer PAX5 ex6 F

<400> 61
cggggagact tgttcacaca                                                20


<210> 62
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence


<220> 
<223> Primer MLLT3/AF9 ex2 R

<400> 62
atgttactgt gctccggacc                                                20


