               SEQUENCE LISTING





<110> SKILLCELL


      CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE (CNRS)





<120> Method and Kit for the detection of SARS-Cov-2 virus in a sample based on reverse transcription loop-mediated isothermal amplification (RT-LAMP)





<130> SKI B005 PCT





<140> EP20166524


<141> 2020-03-27





<160> 99





<170> BiSSAP 1.3.6





<210> 1


<211> 569


<212> DNA


<213> SARS coronavirus 2








<400> 1


cttcaattgt cattacttca ggtgatggca caacaagtcc tatttctgaa catgactacc      60





agattggtgg ttatactgaa aaatgggaat ctggagtaaa agactgtgtt gtattacaca     120





gttacttcac ttcagactat taccagctgt actcaactca attgagtaca gacactggtg     180





ttgaacatgt taccttcttc atctacaata aaattgttga tgagcctgaa gaacatgtcc     240





aaattcacac aatcgacggt tcatccggag ttgttaatcc agtaatggaa ccaatttatg     300





atgaaccgac gacgactact agcgtgcctt tgtaagcaca agctgatgag tacgaactta     360





tgtactcatt cgtttcggaa gagacaggta cgttaatagt taatagcgta cttctttttc     420





ttgctttcgt ggtattcttg ctagttacac tagccatcct tactgcgctt cgattgtgtg     480





cgtactgctg caatattgtt aacgtgagtc ttgtaaaacc ttctttttac gtttactctc     540





gtgttaaaaa tctgaattct tctagagtt                                       569








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<212> DNA


<213> SARS coronavirus Tor2








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atgtctgata atggacccca atcaaaccaa cgtagtgccc cccgcattac atttggtgga      60





cccacagatt caactgacaa taaccagaat ggaggacgca atggggcaag gccaaaacag     120





cgccgacccc aaggtttacc caataatact gcgtcttggt tcacagctct cactcagcat     180





ggcaaggagg aacttagatt ccctcgaggc cagggcgttc caatcaacac caatagtggt     240





ccagatgacc aaattggcta ctaccgaaga gctacccgac gagttcgtgg tggtgacggc     300





aaaatgaaag agctcagccc cagatggtac ttctattacc taggaactgg cccagaagct     360





tcacttccct acggcgctaa caaagaaggc atcgtatggg ttgcaactga gggagccttg     420





aatacaccca aagaccacat tggcacccgc aatcctaata acaatgctgc caccgtgcta     480





caacttcctc aaggaacaac attgccaaaa ggcttctacg cagagggaag cagaggcggc     540





agtcaagcct cttctcgctc ctcatcacgt agtcgcggta attcaagaaa ttcaactcct     600





ggcagcagta ggggaaattc tcctgctcga atggctagcg gaggtggtga aactgccctc     660





gcgctattgc tgctagacag attgaaccag cttgagagca aagtttctgg taaaggccaa     720





caacaacaag gccaaactgt cactaagaaa tctgctgctg aggcatctaa aaagcctcgc     780





caaaaacgta ctgccacaaa acagtacaac gtcactcaag catttgggag acgtggtcca     840





gaacaaaccc aaggaaattt cggggaccaa gacctaatca gacaaggaac tgattacaaa     900





cattggccgc aaattgcaca atttgctcca agtgcctctg cattctttgg aatgtcacgc     960





attggcatgg aagtcacacc ttcgggaaca tggctgactt atcatggagc cattaaattg    1020





gatgacaaag atccacaatt caaagacaac gtcatactgc tgaacaagca cattgacgca    1080





tacaaaacat tcccaccaac agagcctaaa aaggacaaaa agaaaaagac tgatgaagct    1140





cagcctttgc cgcagagaca aaagaagcag cccactgtga ctcttcttcc tgcggctgac    1200





atggatgatt tctccagaca acttcaaaat tccatgagtg gagcttctgc tgattcaact    1260





caggcataa                                                            1269








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<212> DNA


<213> SARS coronavirus 2








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atgcctaaca tgcttagaat tatggcctca cttgttcttg ctcgcaaaca tacaacgtgt      60





tgtagcttgt cacaccgttt ctatagatta gctaatgagt gtgctcaagt attgagtgaa     120





atggtcatgt gtggcggttc actatatgtt aaaccaggtg gaacctcatc aggagatgcc     180





acaactgctt atgctaatag tgtttttaac atttgtcaag ctgtcacggc caatgttaat     240





gcacttttat ctactgatgg taacaaaatt gccgataagt atgtccgcaa tttacaacac     300





agactttatg agtgtctcta tagaaataga gatgttgaca cagactttgt gaatgagttt     360





tacgcatatt tgcgtaaaca tttctcaatg atgatactct ctgacgatgc tgttgtgtgt     420





ttcaatagca cttatgcatc tcaaggtcta gtggctagca taaagaactt taagtcagtt     480





ctt                                                                   483








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<213> SARS coronavirus 2








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cagtaaggat ggctagtgt                                                  19








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cacacaatcg acggttca                                                   18








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cgctagtagt cgtcgtcggt tttttccgga gttgttaatc cag                       43








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cagtaaggat ggctagtgt                                                  19








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tcattcgttt cggaagagac aggttttgca agaataccac gaaagc                    46








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accagctgta ctcaactc                                                   18








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ggacatgttc ttcaggctca tcattttttg agtacagaca ctggtg                    46








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gcttgtgctt acaaaggc                                                   18








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ttcacacaat cgacggttca tcctttttag tagtcgtcgt cggtt                     45








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aaaattgttg atgagcctga                                                 20








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cgtcggttca tcataaattg gttcctttta gaacatgtcc aaattcacac                50








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gcaagaaaaa gaagtacgct at                                              22








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gtgcctttgt aagcacaagc tgtttttaac gtacctgtct cttccg                    46








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tgtaagcaca agctgatga                                                  19








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cgaaagcaag aaaaagaagt acgctttttt atgtactcat tcgtttcgga                50








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agagtaaacg taaaaagaag gtt                                             23








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tggtattctt gctagttaca ctagctttta agactcacgt taacaatatt gc             52








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cacttcagac tattaccagc t                                               21








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gttcttcagg ctcatcaaca attttttttt actcaactca attgagtaca gac            53








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gcttgtgctt acaaaggc                                                   18








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ccaaattcac acaatcgacg gtttttttag tagtcgtcgt cggtt                     45








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ttcacacaat cgacggtt                                                   18








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ctagtagtcg tcgtcggttc attttcatcc ggagttgtta atcca                     45








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gcaagaaaaa gaagtacgct at                                              22








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gtgttgaaca tgttaccttc t                                               21








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ggatgaaccg tcgattgtgt gaatttttct acaataaaat tgttgatgag cc             52








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acgaatgagt acataagttc gta                                             23








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cttcaggtga tggcacaa                                                   18








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<213> SARS coronavirus 2








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cagtctttta ctccagattc ccattttttc aagtcctatt tctgaacatg ac             52








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tcttcaggct catcaacaa                                                  19








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ttcacttcag actattacca gctgtttttg taacatgttc aacaccagtg                50








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tggctactac cgaagagct                                                  19








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tctggcccag ttcctaggta gtttttgacg aattcgtggt ggtga                     45








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tgcagcattg ttagcaggat                                                 20








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agacggcatc atatgggttg cattttgcgg gtgccaatgt gatc                      44








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agatcacatt ggcacccg                                                   18








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tgctcccttc tgcgtagaag cttttcaatg ctgcaatcgt gctac                     45








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ccattgccag ccattctagc                                                 20








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ggcggcagtc aagcctcttc ttttcctact gctgcctgga gtt                       43








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gccaaaaggc ttctacgca                                                  19








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tcccctactg ctgcctggag ttttgcagtc aagcctcttc tcg                       43








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ttgctctcaa gctggttcaa                                                 20








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tctcctgcta gaatggctgg catttttctg tcaagcagca gcaaag                    46








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tggaccccaa aatcagcg                                                   18








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<213> SARS coronavirus Tor2








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ccactgcgtt ctccattctg gtttttaaat gcaccccgca ttacg                     45








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<213> SARS coronavirus Tor2








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gccttgtcct cgagggaat                                                  19








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<213> SARS coronavirus Tor2








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cgcgatcaaa acaacgtcgg cttttccttg ccatgttgag tgaga                     45








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ccagaatgga gaacgcagtg                                                 20








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agcggtgaac caagacgcag ttttggcgcg atcaaaacaa cg                        42








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<213> SARS coronavirus Tor2








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ccgtcaccac cacgaatt                                                   18








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aattccctcg aggacaaggc gttttagctc ttcggtagta gccaa                     45








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tgtctggtaa aggccaacaa                                                 20








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gtggcagtac gtttttgccg agttttaaca aggccaaact gtcact                    46








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<213> SARS coronavirus Tor2








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gcaatttgcg gccaatgt                                                   18








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<213> SARS coronavirus Tor2








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acacaagctt tcggcagacg ttttttgatt agttcctggt cccca                     45








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<212> DNA


<213> SARS coronavirus Tor2








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tgtctggtaa aggccaacaa                                                 20








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<212> DNA


<213> SARS coronavirus Tor2








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gtggcagtac gtttttgccg agttttaaca aggccaaact gtcact                    46








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<212> DNA


<213> SARS coronavirus Tor2








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gcaatttgcg gccaatgt                                                   18








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<212> DNA


<213> SARS coronavirus Tor2








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acacaagctt tcggcagacg ttttttgatt agttcctggt cccca                     45








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<212> DNA


<213> SARS coronavirus 2








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aatgtagtgc gtataaagat tgt                                             23








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<212> DNA


<213> SARS coronavirus 2








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agccatgtgc ccataagaca tttttaagtg acacacttaa aaatctctc                 49








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<213> SARS coronavirus 2








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<213> SARS coronavirus 2








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<213> SARS coronavirus 2








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ccttggaatg tagtgcgta                                                  19








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<212> DNA


<213> SARS coronavirus 2








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gcccataaga caaatacgac tctgttttta gattgtacaa atgttaagtg acac           54








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<213> SARS coronavirus 2








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<213> SARS coronavirus 2








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acatggcttt gagttgacat ctttttcacg tctatcacat agacaaca                  48








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<213> SARS coronavirus 2








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<212> DNA


<213> SARS coronavirus 2








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agatgtcaac tcaaagccat gtgttttctt aaaaatctct ctgacagagt c              51








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<213> SARS coronavirus 2








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<213> SARS coronavirus 2








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<213> SARS coronavirus 2








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<213> SARS coronavirus 2








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<213> SARS coronavirus 2








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<213> SARS coronavirus 2








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<213> SARS coronavirus 2








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<213> SARS coronavirus 2








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<213> SARS coronavirus 2








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<213> SARS coronavirus 2








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<213> SARS coronavirus 2








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<213> SARS coronavirus 2








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<213> SARS coronavirus 2








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<213> SARS coronavirus 2








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<213> SARS coronavirus 2








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<213> SARS coronavirus 2








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<213> SARS coronavirus 2








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<213> SARS coronavirus 2








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<213> SARS coronavirus 2








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<213> SARS coronavirus 2








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