                         SEQUENCE LISTING

<110>  THE TRUSTEES OF THE UNIVERSITY OF PENNSYLVANIA
       Wherry, E. John
       Khan, Omar
       Wu, Jennifer
       Giles, Josephine
       Bengsch, Bertram
 
<120>  DEVELOPMENT OF AN EPIGENOMIC SIGNATURE OF T CELL EXHAUSTION AND CONVERSION TO A HIGH-DIMENSIONAL CYTOMETRY PROFILING APPROACH FOR IDENTIFYING AND TRACKING EXHAUSTED T CELLS IN HUMAN HEALTH AND DISEASE

<130>  046483-7173WO1(01778)

<150>  U.S.62/578,193
<151>  2017-10-27

<150>  U.S. 62/661,467
<151>  2018-04-23

<150>  U.S. 62/578,212
<151>  2017-10-27

<150>  U.S. 62/660,754
<151>  2018-04-20

<160>  94    

<170>  PatentIn version 3.5

<210>  1
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer

<400>  1
agcagacccg agacgtagta                                                   20


<210>  2
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer

<400>  2
agcatcaaag cccacttgaa                                                   20


<210>  3
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer

<400>  3
aaccccagca agaaatagcg                                                   20


<210>  4
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer

<400>  4
tgggaatact acgtctcggg t                                                 21


<210>  5
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer

<400>  5
ggcggatgtc actgtggtta                                                   20


<210>  6
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer

<400>  6
gaggtgaggg gaatgccaaa                                                   20


<210>  7
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer

<400>  7
tgggctacag aaagcaagca                                                   20


<210>  8
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer

<400>  8
aggtgagggg aatgccaaag                                                   20


<210>  9
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer

<400>  9
acctgttttg ttctgtacgc tc                                                22


<210>  10
<211>  26
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer

<400>  10
tgcatgttct gttatctcaa tgttct                                            26


<210>  11
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer

<400>  11
ctccacccag catgcattga                                                   20


<210>  12
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer

<400>  12
ggcggagaca cctggtattg                                                   20


<210>  13
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer

<400>  13
tgggactctg agtagaggca                                                   20


<210>  14
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer

<400>  14
cctgctgccc acactctac                                                    19


<210>  15
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer

<400>  15
tctcatcctc actcccagca                                                   20


<210>  16
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer

<400>  16
gtctgaagcc ccaagcagta                                                   20


<210>  17
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer

<400>  17
gctctgggtt cctctctcct                                                   20


<210>  18
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer

<400>  18
ccagacactg gaggctatcg                                                   20


<210>  19
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer

<400>  19
cccccaccta tctgtcacca                                                   20


<210>  20
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer

<400>  20
gaaggctcct cgggattacg                                                   20


<210>  21
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer

<400>  21
cgtaatcccg aggagccttc                                                   20


<210>  22
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer

<400>  22
gtgtcttctc taggtcagcc g                                                 21


<210>  23
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer

<400>  23
gctctgaaca cagaggtgtg a                                                 21


<210>  24
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer

<400>  24
ctcttcaagg cacagcccag                                                   20


<210>  25
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer

<400>  25
ctcccaagct aatggtgttt gc                                                22


<210>  26
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer

<400>  26
agcttaacca catgcccaca                                                   20


<210>  27
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer

<400>  27
gccctcccct tccaaaaaga                                                   20


<210>  28
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer

<400>  28
ggtcctagga tggaggctga                                                   20


<210>  29
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer

<400>  29
gctgcgcttc ctgaagacta                                                   20


<210>  30
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer

<400>  30
caaagacagc cgcttttggg                                                   20


<210>  31
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer

<400>  31
tggtgactct cctccctcag                                                   20


<210>  32
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer

<400>  32
aaaacaaggc ccagagaggg                                                   20


<210>  33
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer

<400>  33
acatgttagc acagcctccc                                                   20


<210>  34
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Primer

<400>  34
gcttcgtctc acctgcagaa                                                   20


<210>  35
<211>  87
<212>  DNA
<213>  Homo Sapiens

<400>  35
cccctgatcc tggagtcgcc cagccccaac cagacctctc tgtacttctg tgccagcagt       60

tcctattacg agcagtactt cgggccg                                           87


<210>  36
<211>  87
<212>  DNA
<213>  Homo Sapiens

<400>  36
agtgcccatc ctgaagacag cagcttctac atctgcagtg ctaggagcac cgggactatg       60

attcgggctg agcagttctt cgggcca                                           87


<210>  37
<211>  87
<212>  DNA
<213>  Homo Sapiens

<400>  37
ctgactgtga gcaacatgag ccctgaagac agcagcatat atctctgcag cgtccaaggg       60

ggatctcctg aagctttctt tggacaa                                           87


<210>  38
<211>  87
<212>  DNA
<213>  Homo Sapiens

<400>  38
ctaaacctga gctctctgga gctgggggac tcagctttgt atttctgtgc cagcagcgtg       60

ttaggggatg agcagttctt cgggcca                                           87


<210>  39
<211>  87
<212>  DNA
<213>  Homo Sapiens

<400>  39
ctgaatgtga acgccttgtt gctgggggac tcggccctct atctctgtgc cagcagcttt       60

aggtccgggg agctgttttt tggagaa                                           87


<210>  40
<211>  87
<212>  DNA
<213>  Homo Sapiens

<400>  40
ctgctggggt tggagtcggc tgctccctcc caaacatctg tgtacttctg tgccagccgg       60

cagggttttg gctacacctt cggttcg                                           87


<210>  41
<211>  87
<212>  DNA
<213>  Homo Sapiens

<400>  41
actctgacga tccagcgcac acagcaggag gactcggccg tgtatctctg tgccagcagc       60

ttagggtaca ccatatattt tggagag                                           87


<210>  42
<211>  87
<212>  DNA
<213>  Homo Sapiens

<400>  42
cacgccctgc agccagaaga ctcagccctg tatctctgcg ccagcagcca agtgcctagc       60

ggcccctacg agcagtactt cgggccg                                           87


<210>  43
<211>  87
<212>  DNA
<213>  Homo Sapiens

<400>  43
accagtgccc atcctgaaga cagcagcttc tacatctgca gtgctccggg gatcgggcga       60

cgggggactg aagctttctt tggacaa                                           87


<210>  44
<211>  87
<212>  DNA
<213>  Homo Sapiens

<400>  44
gctgctccct cccagacatc tgtgtacttc tgtgccagca gtctaacagg ggtggtcata       60

tacaccgggg agctgttttt tggagaa                                           87


<210>  45
<211>  87
<212>  DNA
<213>  Homo Sapiens

<400>  45
ctgaagatcc agccctcaga acccagggac tcagctgtgt acttctgtgc cagcagtccc       60

ttgggctacg agcagtactt cgggccg                                           87


<210>  46
<211>  87
<212>  DNA
<213>  Homo Sapiens

<400>  46
agcaccttgg agctggggga ctcggccctt tatctttgcg ccagcagcgg gggacaggcc       60

agctcctacg agcagtactt cgggccg                                           87


<210>  47
<211>  87
<212>  DNA
<213>  Homo Sapiens

<400>  47
atccggtcca caaagctgga ggactcagcc atgtacttct gtgccagcag aggacaagac       60

cagaacactg aagctttctt tggacaa                                           87


<210>  48
<211>  87
<212>  DNA
<213>  Homo Sapiens

<400>  48
ctcaggctgg agtcggctgc tccctcccag acatctgtgt acttctgtgc cagcagtgaa       60

acagacactg aagctttctt tggacaa                                           87


<210>  49
<211>  87
<212>  DNA
<213>  Homo Sapiens

<400>  49
cacctacaca ccctgcagcc agaagactcg gccctgtatc tctgcgccag cagccaaatc       60

ggggataaga cggctttctt tggacaa                                           87


<210>  50
<211>  87
<212>  DNA
<213>  Homo Sapiens

<400>  50
aagatccagc ctgcagagct tggggactcg gccgtgtatc tctgtgccag cagccataca       60

aacaccgggg agctgttttt tggagaa                                           87


<210>  51
<211>  87
<212>  DNA
<213>  Homo Sapiens

<400>  51
ttggagtcgg ctgctccctc ccaaacatct gtgtacttct gtgccagcag ttacggggga       60

caggggcctg aagctttctt tggacaa                                           87


<210>  52
<211>  87
<212>  DNA
<213>  Homo Sapiens

<400>  52
gagatccagc gcacagagca gggggactcg gccatgtatc tctgtgccag cagtctagtc       60

ggggggaggg aagctttctt tggacaa                                           87


<210>  53
<211>  87
<212>  DNA
<213>  Homo Sapiens

<400>  53
cacgccctgc agccagaaga ctcagccctg tatctctgcg ccagcagcct ggacaggggg       60

tataatcagc cccagcattt tggtgat                                           87


<210>  54
<211>  87
<212>  DNA
<213>  Homo Sapiens

<400>  54
caacctgcaa agcttgagga ctcggccgtg tatctctgtg ccagcagctt caatggggag       60

atgaacactg aagctttctt tggacaa                                           87


<210>  55
<211>  87
<212>  DNA
<213>  Homo Sapiens

<400>  55
ttggagatcc agcgcacaga gcagggggac tcggccatgt atctctgtgc cagcagcctt       60

tcctcttcac ccctccactt tgggaac                                           87


<210>  56
<211>  87
<212>  DNA
<213>  Homo Sapiens

<400>  56
tctaagaagc tcctcctcag tgactctggc ttctatctct gtgccttcgt cagcagggga       60

ggcgactatg gctacacctt cggttcg                                           87


<210>  57
<211>  87
<212>  DNA
<213>  Homo Sapiens

<400>  57
ctgagctctc tggagctggg ggactcagct ttgtatttct gtgccagcag cgcctccgcg       60

tgggccgctg aagctttctt tggacaa                                           87


<210>  58
<211>  87
<212>  DNA
<213>  Homo Sapiens

<400>  58
atgagctcct tggagctggg ggactcagcc ctgtacttct gtgccagcag ctcgaggact       60

aggtggaatg agcagttctt cgggcca                                           87


<210>  59
<211>  87
<212>  DNA
<213>  Homo Sapiens

<400>  59
ctgaagatcc agccctcaga acccagggac tcagctgtgt acttctgtgc cagcagcagt       60

gctaactatg gctacacctt cggttcg                                           87


<210>  60
<211>  87
<212>  DNA
<213>  Homo Sapiens

<400>  60
gaactgaaca tgagctcctt ggagctgggg gactcagccc tgtacttctg tgccagcagt       60

tcatctgata cgcagtattt tggccca                                           87


<210>  61
<211>  87
<212>  DNA
<213>  Homo Sapiens

<400>  61
tctctggagc tgggggactc agctttgtat ttctgtgcca gcagcgtagg ggacaggggg       60

tctggaaaca ccatatattt tggagag                                           87


<210>  62
<211>  87
<212>  DNA
<213>  Homo Sapiens

<400>  62
tccgctacca gctcccagac atctgtgtac ttctgtgcca tcagtgacct cggcggcccg       60

gccgcagata cgcagtattt tggccca                                           87


<210>  63
<211>  87
<212>  DNA
<213>  Homo Sapiens

<400>  63
cccagcccca accagacctc tctgtacttc tgtgccagca gtttatgggg cggcgggagc       60

tcctacaatg agcagttctt cgggcca                                           87


<210>  64
<211>  87
<212>  DNA
<213>  Homo Sapiens

<400>  64
cagcctgcag aactggagga ttctggagtt tatttctgtg ccagcagcca actgacaggg       60

gctgacactg aagctttctt tggacaa                                           87


<210>  65
<211>  11
<212>  PRT
<213>  Homo Sapiens

<400>  65

Cys Ala Ser Ser Ser Tyr Tyr Glu Gln Tyr Phe 
1               5                   10      


<210>  66
<211>  16
<212>  PRT
<213>  Homo Sapiens

<400>  66

Cys Ser Ala Arg Ser Thr Gly Thr Met Ile Arg Ala Glu Gln Phe Phe 
1               5                   10                  15      


<210>  67
<211>  12
<212>  PRT
<213>  Homo Sapiens

<400>  67

Cys Ser Val Gln Gly Gly Ser Pro Glu Ala Phe Phe 
1               5                   10          


<210>  68
<211>  12
<212>  PRT
<213>  Homo Sapiens

<400>  68

Cys Ala Ser Ser Val Leu Gly Asp Glu Gln Phe Phe 
1               5                   10          


<210>  69
<211>  12
<212>  PRT
<213>  Homo Sapiens

<400>  69

Cys Ala Ser Ser Phe Arg Ser Gly Glu Leu Phe Phe 
1               5                   10          


<210>  70
<211>  11
<212>  PRT
<213>  Homo Sapiens

<400>  70

Cys Ala Ser Arg Gln Gly Phe Gly Tyr Thr Phe 
1               5                   10      


<210>  71
<211>  11
<212>  PRT
<213>  Homo Sapiens

<400>  71

Cys Ala Ser Ser Leu Gly Tyr Thr Ile Tyr Phe 
1               5                   10      


<210>  72
<211>  15
<212>  PRT
<213>  Homo Sapiens

<400>  72

Cys Ala Ser Ser Gln Val Pro Ser Gly Pro Tyr Glu Gln Tyr Phe 
1               5                   10                  15  


<210>  73
<211>  15
<212>  PRT
<213>  Homo Sapiens

<400>  73

Cys Ser Ala Pro Gly Ile Gly Arg Arg Gly Thr Glu Ala Phe Phe 
1               5                   10                  15  


<210>  74
<211>  17
<212>  PRT
<213>  Homo Sapiens

<400>  74

Cys Ala Ser Ser Leu Thr Gly Val Val Ile Tyr Thr Gly Glu Leu Phe 
1               5                   10                  15      


Phe 
    


<210>  75
<211>  12
<212>  PRT
<213>  Homo Sapiens

<400>  75

Cys Ala Ser Ser Pro Leu Gly Tyr Glu Gln Tyr Phe 
1               5                   10          


<210>  76
<211>  15
<212>  PRT
<213>  Homo Sapiens

<400>  76

Cys Ala Ser Ser Gly Gly Gln Ala Ser Ser Tyr Glu Gln Tyr Phe 
1               5                   10                  15  


<210>  77
<211>  14
<212>  PRT
<213>  Homo Sapiens

<400>  77

Cys Ala Ser Arg Gly Gln Asp Gln Asn Thr Glu Ala Phe Phe 
1               5                   10                  


<210>  78
<211>  12
<212>  PRT
<213>  Homo Sapiens

<400>  78

Cys Ala Ser Ser Glu Thr Asp Thr Glu Ala Phe Phe 
1               5                   10          


<210>  79
<211>  13
<212>  PRT
<213>  Homo Sapiens

<400>  79

Cys Ala Ser Ser Gln Ile Gly Asp Lys Thr Ala Phe Phe 
1               5                   10              


<210>  80
<211>  13
<212>  PRT
<213>  Homo Sapiens

<400>  80

Cys Ala Ser Ser His Thr Asn Thr Gly Glu Leu Phe Phe 
1               5                   10              


<210>  81
<211>  14
<212>  PRT
<213>  Homo Sapiens

<400>  81

Cys Ala Ser Ser Tyr Gly Gly Gln Gly Pro Glu Ala Phe Phe 
1               5                   10                  


<210>  82
<211>  13
<212>  PRT
<213>  Homo Sapiens

<400>  82

Cys Ala Ser Ser Leu Val Gly Gly Arg Glu Ala Phe Phe 
1               5                   10              


<210>  83
<211>  15
<212>  PRT
<213>  Homo Sapiens

<400>  83

Cys Ala Ser Ser Leu Asp Arg Gly Tyr Asn Gln Pro Gln His Phe 
1               5                   10                  15  


<210>  84
<211>  15
<212>  PRT
<213>  Homo Sapiens

<400>  84

Cys Ala Ser Ser Phe Asn Gly Glu Met Asn Thr Glu Ala Phe Phe 
1               5                   10                  15  


<210>  85
<211>  12
<212>  PRT
<213>  Homo Sapiens

<400>  85

Cys Ala Ser Ser Leu Ser Ser Ser Pro Leu His Phe 
1               5                   10          


<210>  86
<211>  14
<212>  PRT
<213>  Homo Sapiens

<400>  86

Cys Ala Phe Val Ser Arg Gly Gly Asp Tyr Gly Tyr Thr Phe 
1               5                   10                  


<210>  87
<211>  14
<212>  PRT
<213>  Homo Sapiens

<400>  87

Cys Ala Ser Ser Ala Ser Ala Trp Ala Ala Glu Ala Phe Phe 
1               5                   10                  


<210>  88
<211>  14
<212>  PRT
<213>  Homo Sapiens

<400>  88

Cys Ala Ser Ser Ser Arg Thr Arg Trp Asn Glu Gln Phe Phe 
1               5                   10                  


<210>  89
<211>  12
<212>  PRT
<213>  Homo Sapiens

<400>  89

Cys Ala Ser Ser Ser Ala Asn Tyr Gly Tyr Thr Phe 
1               5                   10          


<210>  90
<211>  11
<212>  PRT
<213>  Homo Sapiens

<400>  90

Cys Ala Ser Ser Ser Ser Asp Thr Gln Tyr Phe 
1               5                   10      


<210>  91
<211>  16
<212>  PRT
<213>  Homo Sapiens

<400>  91

Cys Ala Ser Ser Val Gly Asp Arg Gly Ser Gly Asn Thr Ile Tyr Phe 
1               5                   10                  15      


<210>  92
<211>  16
<212>  PRT
<213>  Homo Sapiens

<400>  92

Cys Ala Ile Ser Asp Leu Gly Gly Pro Ala Ala Asp Thr Gln Tyr Phe 
1               5                   10                  15      


<210>  93
<211>  17
<212>  PRT
<213>  Homo Sapiens

<400>  93

Cys Ala Ser Ser Leu Trp Gly Gly Gly Ser Ser Tyr Asn Glu Gln Phe 
1               5                   10                  15      


Phe 
    


<210>  94
<211>  15
<212>  PRT
<213>  Homo Sapiens

<400>  94

Cys Ala Ser Ser Gln Leu Thr Gly Ala Asp Thr Glu Ala Phe Phe 
1               5                   10                  15  


