                         SEQUENCE LISTING

<110>  Mayo Foundation for Medical Education and Research
       Shanghai Changhai Hospital
 
<120>  METHODS AND MATERIALS FOR IDENTIFYING AND TREATING BET 
       INHIBITOR-RESISTANT CANCERS

<130>  07039-1723WO1

<140>  PCT/US2018/045976
<141>  2018-08-09

<150>  62/543,313
<151>  2017-08-09

<160>  77    

<170>  PatentIn version 3.5

<210>  1
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  1
acccatagct ttggtttctt ctccc                                             25


<210>  2
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  2
tatctgtttt ggacaggtgt ttgcg                                             25


<210>  3
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  3
actcatcaga tctgggaact gc                                                22


<210>  4
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  4
agttgtggct ttgatctggt t                                                 21


<210>  5
<211>  19
<212>  RNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic siRNA oligonucleotide

<400>  5
ggaugaugua aaugagcaa                                                    19


<210>  6
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic siRNA oligonucleotide

<400>  6
ggacagcgac tctgaatct                                                    19


<210>  7
<211>  19
<212>  RNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic siRNA oligonucleotide

<400>  7
gaaccucccu gauuacuau                                                    19


<210>  8
<211>  19
<212>  RNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic siRNA oligonucleotide

<400>  8
agcugaaccu cccugauua                                                    19


<210>  9
<211>  19
<212>  RNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic siRNA oligonucleotide

<400>  9
acagacuucg gaguaccug                                                    19


<210>  10
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  10
ctacgtaaga aaccccggaa g                                                 21


<210>  11
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  11
gctttttctc caaagccagt t                                                 21


<210>  12
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  12
cctcagggag atgctatcca                                                   20


<210>  13
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  13
atgtcgtggt agtcgtgcag                                                   20


<210>  14
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  14
agcagcaaca gcaatgtgag                                                   20


<210>  15
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  15
gcttgcactt gtcctcttcc                                                   20


<210>  16
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  16
tggctaagga gattggtgct                                                   20


<210>  17
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  17
gcaaagcgta caaaggttcc                                                   20


<210>  18
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  18
actatgttgc tgggctggtc                                                   20


<210>  19
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  19
acctgctcca aacctcttga                                                   20


<210>  20
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  20
caaaggaaat gaggcagagc                                                   20


<210>  21
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  21
tgtggtacaa ggagccatca                                                   20


<210>  22
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  22
tgacatctgc catgaccact                                                   20


<210>  23
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  23
acaggtcctt ctggtggttg                                                   20


<210>  24
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  24
aggacagcaa ccagttccac                                                   20


<210>  25
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  25
cacacagcag ccacaaactc                                                   20


<210>  26
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  26
ggcagcattg aaccagagga g                                                 21


<210>  27
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  27
gcatgaactt ggtcaccttc tg                                                22


<210>  28
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  28
cctgcaagga catgggtat                                                    19


<210>  29
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  29
cggcacttgt gttcagtttc                                                   20


<210>  30
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  30
ggattctctg ctctcctc                                                     18


<210>  31
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  31
cttgttcctc ctcagagtc                                                    19


<210>  32
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  32
gacgcttcta ccagctcacc                                                   20


<210>  33
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  33
gcttcactgg gtgtggaaat                                                   20


<210>  34
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  34
tgcaccacca actgcttagc                                                   20


<210>  35
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  35
ggcatggact gtggtcatga g                                                 21


<210>  36
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  36
ccaaagtgtt gggattacgg                                                   20


<210>  37
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  37
cggagtttct ctggacttcg                                                   20


<210>  38
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  38
acatcacatg aaggccgttt                                                   20


<210>  39
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  39
gaccttccac caaccaccta                                                   20


<210>  40
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  40
ccctgagtca gtcacccttt                                                   20


<210>  41
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  41
acaatggagc tcaccactcc                                                   20


<210>  42
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  42
gcacattgat ggagcgtatg                                                   20


<210>  43
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  43
taataagcag gccacccaga                                                   20


<210>  44
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  44
cgcattacct ctcagccaat                                                   20


<210>  45
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  45
agacaggtag cccccacag                                                    19


<210>  46
<211>  17
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  46
ccctcccctt ccacagc                                                      17


<210>  47
<211>  26
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  47
gccctataaa accttcattc cccagg                                            26


<210>  48
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  48
cgccccagag tcccttat                                                     18


<210>  49
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  49
taatctcagg aggcggtgtc                                                   20


<210>  50
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  50
agggatcgcg ctgagtataa                                                   20


<210>  51
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  51
tgcctctcgc tggaattact                                                   20


<210>  52
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  52
gcaggagcta ttcaggaagc                                                   20


<210>  53
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  53
aggtggagag caaatgcaac                                                   20


<210>  54
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  54
ctgcccattg cctaaagaag                                                   20


<210>  55
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  55
tgggaagctg tggctgac                                                     18


<210>  56
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  56
gaccttctgg aggaagtggc                                                   20


<210>  57
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  57
atcgtaactc atgggcctgc                                                   20


<210>  58
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  58
tcaaattgaa cctgccggat t                                                 21


<210>  59
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  59
tgcatacatt cgcttgcact c                                                 21


<210>  60
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  60
acctccaacc ctaacaagcc                                                   20


<210>  61
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  61
tttccatagt gtcttgagca cc                                                22


<210>  62
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  62
acccgttgaa ccccattcgt ga                                                22


<210>  63
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  63
gcctcactaa accatccaat cgg                                               23


<210>  64
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  64
ggtgagtgct ggcctccagg                                                   20


<210>  65
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  65
gcgctaacgc ctgcctagtg                                                   20


<210>  66
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  66
ctcagccttt gtctctgatg aag                                               23


<210>  67
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  67
tcagatccag gcttgcttac tg                                                22


<210>  68
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  68
gtctccctgc accactaact ag                                                22


<210>  69
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide primer

<400>  69
gcaaacattg aaaagagcct                                                   20


<210>  70
<211>  23
<212>  PRT
<213>  Homo sapiens

<400>  70

Leu Ala Lys Lys Lys Gly Val Lys Arg Lys Ala Asp Thr Thr Thr Pro 
1               5                   10                  15      


Thr Pro Thr Ala Ile Leu Ala 
            20              


<210>  71
<211>  23
<212>  PRT
<213>  Homo sapiens

<400>  71

Val Val Lys Lys Lys Gly Val Lys Arg Lys Ala Asp Thr Thr Thr Pro 
1               5                   10                  15      


Thr Thr Ser Ala Ile Thr Ala 
            20              


<210>  72
<211>  23
<212>  PRT
<213>  Homo sapiens

<400>  72

Val Lys Thr Lys Lys Gly Val Lys Arg Lys Ala Asp Thr Thr Thr Pro 
1               5                   10                  15      


Thr Thr Ile Asp Pro Ile His 
            20              


<210>  73
<211>  23
<212>  PRT
<213>  Homo sapiens

<400>  73

Lys Gln Gly Glu Val Ser Lys Ala Ala Ser Ala Asp Ser Thr Thr Glu 
1               5                   10                  15      


Gly Thr Pro Ala Asp Gly Phe 
            20              


<210>  74
<211>  23
<212>  PRT
<213>  Homo sapiens

<400>  74

Lys Ser Val Lys Ser Ala Asn Val Lys Lys Ala Asp Ser Ser Thr Thr 
1               5                   10                  15      


Lys Lys Asn Gln Asn Ser Ser 
            20              


<210>  75
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide probe

<400>  75
agactgggga gtcaagaa                                                     18


<210>  76
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide probe

<400>  76
tcgggcaaaa tgcaaatt                                                     18


<210>  77
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  synthetic oligonucleotide probe

<400>  77
tcgggcaaaa tccaaatt                                                     18


