                         SEQUENCE LISTING

<110>  Technion research and development foundation Limited
 
<120>  COMPOSITIONS AND METHODS FOR DETECTION OF GENOMIC VARIATIONS

<130>  TECH-118-PCT

<150>  62/519,966
<151>  2017-06-15

<160>  37    

<170>  PatentIn version 3.5

<210>  1
<211>  940
<212>  DNA
<213>  Staphylococcus aureus

<400>  1
ttgaaggagg aactcttgat ggctgaatta cctcaatcaa gaataaatga acgaaatatt       60

accagtgaaa tgcgtgaatc atttttagat tatgcgatga gtgttatcgt tgctcgtgca      120

ttgccagatg ttcgtgacgg tttaaaacca gtacatcgtc gtatactata tggattaaat      180

gaacaaggta tgacaccgga taaatcatat aaaaaatcag cacgtatcgt tggtgacgta      240

atgggtaaat atcaccctca tggtgactca tctatttatg aagcaatggt acgtatggct      300

caagatttca gttatcgtta tccgcttgtt gatggccaag gtaactttgg ttcaatggat      360

ggagatggcg cagcagcaat gcgttatact gaagcgcgta tgactaaaat cacacttgaa      420

ctgttacgtg atattaataa agatacaata gattttatcg ataactatga tggtaatgaa      480

agagagccgt cagtcttacc tgctcgattc cctaacttat tagccaatgg tgcatcaggt      540

atcgcggtag gtatggcaac gaatattcca ccacataact taacagaatt aatcaatggt      600

gtacttagct taagtaagaa ccctgatatt tcaattgctg agttaatgga ggatattgaa      660

ggtcctgatt tcccaactgc tggacttatt ttaggtaaga gtggtattag acgtgcatat      720

gaaacaggtc gtggttcaat tcaaatgcgt tctcgtgcag ttattgaaga acgtggaggc      780

ggacgtcaac gtattgttgt cactgaaatt cctttccaag tgaataaggc tcgtatgatt      840

gaaaaaattg cagagctcgt tcgtgacaag aaaattgacg gtatcactga tttacgtgat      900

gaaacaagtt tacgtactgg tgtgcgtgtc gttattgatg                            940


<210>  2
<211>  940
<212>  DNA
<213>  Staphylococcus aureus

<400>  2
ttgaaggagg aactcttgat ggctgaatta cctcaatcaa gaataaatga acgaaatatt       60

accagtgaaa tgcgtgaatc atttttagat tatgcgatga gtgttatcgt tgctcgtgca      120

ttgccagatg ttcgtgacgg tttaaaacca gtacatcgtc gtatactata tggattaaat      180

gaacaaggta tgacaccgga taaatcatat aaaaaatcag cacgtatcgt tggtgacgta      240

atgggtaaat atcaccctca tggtgactta tctatttatg aagcaatggt acgtatggct      300

caagatttca gttatcgtta tccgcttgtt gatggccaag gtaactttgg ttcaatggat      360

ggagatggcg cagcagcaat gcgttatact gaagcgcgta tgactaaaat cacacttgaa      420

ctgttacgtg atattaataa agatacaata gattttatcg ataactatga tggtaatgaa      480

agagagccgt cagtcttacc tgctcgattc cctaacttat tagccaatgg tgcatcaggt      540

atcgcggtag gtatggcaac gaatattcca ccacataact taacagaatt aatcaatggt      600

gtacttagct taagtaagaa ccctgatatt tcaattgctg agttaatgga ggatattgaa      660

ggtcctgatt tcccaactgc tggacttatt ttaggtaaga gtggtattag acgtgcatat      720

gaaacaggtc gtggttcaat tcaaatgcgt tctcgtgcag ttattgaaga acgtggaggc      780

ggacgtcaac gtattgttgt cactgaaatt cctttccaag tgaataaggc tcgtatgatt      840

gaaaaaattg cagagctcgt tcgtgacaag aaaattgacg gtatcactga tttacgtgat      900

gaaacaagtt tacgtactgg tgtgcgtgtc gttattgatg                            940


<210>  3
<211>  943
<212>  DNA
<213>  Staphylococcus aureus

<400>  3
ttgaaggagg aactcttgat ggctgaatta cctcaatcaa gaataaatga acgaaatatt       60

accagtgaaa tgcgtgaatc atttttagat tatgcgatga gtgttatcgt tgctcgtgca      120

ttgccagatg ttcgtgacgg tttaaaacca gtacatcgtc gtatactata tggattaaat      180

gaacaaggta tgacaccgga taaatcatat aaaaaatcag cacgtatcgt tggtgacgta      240

atgggtaaat atcaccctca tggtgactca tctatttatg aagcaatggt acgtatggct      300

caagatttca gttatcgtta tccgcttgtt gatggccaag gtaactttgg ttcaatggat      360

ggagatggcg cagcagcaat gcgttatact gaagcgcgta tgactaaaat cacacttgaa      420

ctgttacgtg atattaataa agatacaata gattttatcg ataactatga tggtaatgaa      480

agagagccgt cagtcttacc tgctcgattc cctaacttat tagccaatgg tgcatcaggt      540

atcgcggtag gtatggcaac gaatattcca ccacataact taacagaatt aatcaatggt      600

gtacttagct taagtaagaa ccctgatatt tcaattgctg agttaatgga ggatattgaa      660

ggtcctgatt tcccaactgc tggacttatt ttaggtaaga gtggtattat tagacgtgca      720

tatgaaacag gtcgtggttc aattcaaatg cgttctcgtg cagttattga agaacgtgga      780

ggcggacgtc aacgtattgt tgtcactgaa attcctttcc aagtgaataa ggctcgtatg      840

attgaaaaaa ttgcagagct cgttcgtgac aagaaaattg acggtatcac tgatttacgt      900

gatgaaacaa gtttacgtac tggtgtgcgt gtcgttattg atg                        943


<210>  4
<211>  885
<212>  DNA
<213>  Staphylococcus aureus

<400>  4
gatgaggagg aaatctagtg agtgaaataa ttcaagattt atcacttgaa gatgttttag       60

gtgatcgctt tggaagatat agtaaatata ttattcaaga gcgtgcattg ccagatgttc      120

gtgatggttt aaaaccagta caacgtcgta ttttatatgc aatgtattca agtggtaata      180

cacacgataa aaatttccgt aaaagtgcga aaacagtcgg tgatgttatt ggtcaatatc      240

atccacatgg agactcctca gtgtacgaag caatggtccg tttaagtcaa gactggaagt      300

tacgacatgt cttaatagaa atgcatggta ataatggtag tatcgataat gatccgccag      360

cggcaatgcg ttacactgaa gctaagttaa gcttactagc tgaagagtta ttacgtgata      420

ttaataaaga gacagtttct ttcattccaa actatgatga tacgacactc gaaccaatgg      480

tattgccatc aagatttcct aacttactag tgaatggttc tacaggtata tctgcaggtt      540

acgcgacaga tataccacca cataatttag ctgaagtgat tcaagcaaca cttaaatata      600

ttgataatcc ggatattaca gtcaatcaat taatgaaata tattaaaggt cctgattttc      660

caactggtgg tattattcaa ggtattgatg gtattaaaaa agcttatgaa tcaggtaaag      720

gtagaattat agttcgttct aaagttgaag aagaaacttt acgcaatgga cgtaaacagt      780

taattattac tgaaattcca tatgaagtga acaaaagtag cttagtaaaa cgtatcgatg      840

aattacgtgc tgacaaaaaa gtcgatggta tcgttgaagt acgtg                      885


<210>  5
<211>  885
<212>  DNA
<213>  Staphylococcus aureus

<400>  5
gatgaggagg aaatctagtg agtgaaataa ttcaagattt atcacttgaa gatgttttag       60

gtgatcgctt tggaagatat agtaaatata ttattcaaga gcgtgcattg ccagatgttc      120

gtgatggttt aaaaccagta caacgtcgta ttttatatgc aatgtattca agtggtaata      180

cacacgataa aaatttccgt aaaagtgcga aaacagtcgg tgatgttatt ggtcaatatc      240

atccacatgg agactactca gtgtacgaag caatggtccg tttaagtcaa gactggaagt      300

tacgacatgt cttaatagaa atgcatggta ataatggtag tatcgataat gatccgccag      360

cggcaatgcg ttacactgaa gctaagttaa gcttactagc tgaagagtta ttacgtgata      420

ttaataaaga gacagtttct ttcattccaa actatgatga tacgacactc gaaccaatgg      480

tattgccatc aagatttcct aacttactag tgaatggttc tacaggtata tctgcaggtt      540

acgcgacaga tataccacca cataatttag ctgaagtgat tcaagcaaca cttaaatata      600

ttgataatcc ggatattaca gtcaatcaat taatgaaata tattaaaggt cctgattttc      660

caactggtgg tattattcaa ggtattgatg gtattaaaaa agcttatgaa tcaggtaaag      720

gtagaattat agttcgttct aaagttgaag aagaaacttt acgcaatgga cgtaaacagt      780

taattattac tgaaattcca tatgaagtga acaaaagtag cttagtaaaa cgtatcgatg      840

aattacgtgc tgacaaaaaa gtcgatggta tcgttgaagt acgtg                      885


<210>  6
<211>  885
<212>  DNA
<213>  Staphylococcus aureus

<400>  6
gatgaggagg aaatctagtg agtgaaataa ttcaagattt atcacttgaa gatgttttag       60

gtgatcgctt tggaagatat agtaaatata ttattcaaga gcgtgcattg ccagatgttc      120

gtgatggttt aaaaccagta caacgtcgta ttttatatgc aatgtattca agtggtaata      180

cacacgataa aaatttccgt aaaagtgcga aaacagtcgg tgatgttatt ggtcaatatc      240

atccacatgg agactcctca gtgtacgaag caatggtccg tttaagtcaa gactggaagt      300

tacgacatgt cttaatagaa atgcatggta ataatggtag tatcgataat gatccgccag      360

cggcaatgcg ttacactgaa gctaagttaa gcttactagc tgaagagtta ttacgtgata      420

ttaataaaga gacagtttct ttcattccaa actatgatga tacgacactc gaaccaatgg      480

tattgccatc aagatttcct aacttactag tgaatggttc tacaggtata tctgcaggtt      540

acgcgacaga tataccacca cataatttag ctgaagtgat tcaagcaaca cttaaatata      600

ttgataatcc ggatattaca gtcaatcaat taatgaaata tattaaaggt cctgattttc      660

caactggtgg tattattcaa ggtattgatg gtattaaaaa agcttatgaa tcaggtaaag      720

gtagaattat agttcgttct aaagttgaag aagaaacttt acgcaatgga cgtaaacagt      780

taattattac tgaaattcca tatgaagtga acaaaagtag cttagtaaaa cgtatcgatg      840

aattacgtgc tgacaaaaaa gtcgatggta tcgttgaagt acgtg                      885


<210>  7
<211>  520
<212>  DNA
<213>  Staphylococcus aureus

<400>  7
caacagtatt atggtgtttc ccgtgtaggg ttattgcatg gtaagttatc tgccgatgaa       60

aaagatgagg tcatgcaaaa gtttagtaat catgagataa atgttttagt ttctactact      120

gttgttgaag taggtgttaa tgtaccgaat gcaactttta tgatgattta tgatgcggat      180

cgctttggat tatcaacttt acatcagtta cgcggtcgtg taggtagaag tgaccagcaa      240

agttactgtg ttttaattgc atcccctaaa acagaaacag gaattgaaag aatgacaatt      300

atgacacaaa caacggatgg atttgaattg agtgaacgag acttagaaat gcgtggtcct      360

ggagatttct ttggtgttaa acaaagtgga ttgccagatt tcttagttgc caatttagtt      420

gaaggttatc gtatgttaga agttgctcgt gatgaagcag ctgaacttat tcaatctggc      480

gtattctttg aaaatacgta tcaacattta cgtcattttg                            520


<210>  8
<211>  520
<212>  DNA
<213>  Staphylococcus aureus

<400>  8
caacagtatt atggtgtttc ccgtgtaggg ttattgcatg gtaagttatc tgccgatgaa       60

aaagatgagg tcatgcaaaa gtttagtaat catgagataa atgttttagt ttctactact      120

gttgttgaag taggtgttaa tgtaccgaat gcaactttta tgatgattta tgatgcggat      180

cgctttggat tatcaacttt acatcagtta cgcggtcgtg taggtagaag tgaccagcaa      240

agttactgtg ttttaattgc atcccctaaa acagaaacag gaattgaaag aatgacaatt      300

atgacacaaa caacggatgg atttgaattg agtgaacgag acttagaaat gcgtggtcct      360

ggagatttct ttggtgttaa acaaagtgga ttgccagatt tcttagttgc caatttagtt      420

gaagattatc gtatgttaga agttgctcgt gatgaagcag ctgaacttat tcaatctggc      480

gtattctttg aaaatacgta tcaacattta cgtcattttg                            520


<210>  9
<211>  520
<212>  DNA
<213>  Staphylococcus aureus

<400>  9
caacagtatt atggtgtttc ccgtgtaggg ttattgcatg gtaagttatc tgccgatgaa       60

aaagatgagg tcatgcaaaa gtttagtaat catgagataa atgttttagt ttctactact      120

gttgttgaag taggtgttaa tgtaccgaat gcaactttta tgatgattta tgatgcggat      180

cgctttggat tatcaacttt acatcagtta cgcggtcgtg taggtagaag tgaccagcaa      240

agttactgtg ttttaattgc atcccctaaa acagaaacag gaattgaaag aatgacaatt      300

atgacacaaa caacggatgg atttgaattg agtgaacgag acttagaaat gcgtggtcct      360

ggagatttct ttggtgttaa acaaagtgga ttgccagatt tcttagttgc caatttagtt      420

gaagattatc gtatgttaga agttgctcgt gatgaagcag ctgaacttat tcaatctggc      480

gtattctttg aaaatacgta tcaacattta cgtcattttg                            520


<210>  10
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Staphylococcus aureus

<400>  10
ttgaaggagg aactcttgat gg                                                22


<210>  11
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Staphylococcus aureus

<400>  11
catcaataac gacacgcaca                                                   20


<210>  12
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Staphylococcus aureus

<400>  12
gatgaggagg aaatctagtg                                                   20


<210>  13
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Staphylococcus aureus

<400>  13
cacgtacttc aacgatacca tcg                                               23


<210>  14
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Staphylococcus aureus

<400>  14
caacagtatt atggtgtttc cc                                                22


<210>  15
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Staphylococcus aureus

<400>  15
caaaatgacg taaatgttga tacg                                              24


<210>  16
<211>  89
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Synthetic

<400>  16
cgttcgtcac ataacgcctc acatcacgga gggttcgtca cataacggat gcattaggtc       60

gctggactta ttttaggtaa gagtggtat                                         89


<210>  17
<211>  26
<212>  DNA
<213>  Staphylococcus aureus

<400>  17
tattagacgt gcatatgaaa caggtc                                            26


<210>  18
<211>  86
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Synthetic

<400>  18
cgactaggta cggtcgcgac taggtacggt cgcgactagg tacggtcgga tgcattaggt       60

cgtcaatatc atccacatgg agactc                                            86


<210>  19
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Staphylococcus aureus

<400>  19
ctcagtgtac gaagcaatgg tc                                                22


<210>  20
<211>  85
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Synthetic

<400>  20
cgactaggta cggtcgcgtt cgtcacataa cgcgttcgtc acataacgga tgcattaggt       60

ccttagttgc caatttagtt gaagg                                             85


<210>  21
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Staphylococcus aureus

<400>  21
ttatcgtatg ttagaagttg ctcg                                              24


<210>  22
<211>  726
<212>  DNA
<213>  Homo sapiens

<400>  22
ggttttccca gtcacgacgt tgtaaaacga cggccagtga gcgcgacgta atacgactca       60

ctatagggcg aattggcgga aggccgtcaa ggcctaggcg cgccatgagc tcgatatcga      120

tacacgtctg cagtcaactg gaattttcat gattgaattt tgtaaggtat tttgaaataa      180

tttttcatat aaaggtgagt ttgtattaaa aggtactggt ggagtatttg atagtgtatt      240

aaccttatgt gtgacatgtt ctaatatagt cacattttca ttatttttat tataaggcct      300

gctgaaaatg actgaatata aacttgtggt agttggagct ggtggcgtag gcaagagtgc      360

cttgacgata cagctaattc agaatcattt tgtggacgaa tatgatccaa caatagaggt      420

aaatcttgtt ttaatatgca tattactggt gcaggaccat tctttgatac agataaaggt      480

ttctctgacc attttcatga gtacttatta caagataatt atgctgaaag ttaagttatc      540

tgaaatgtac cttgggtttc aagttatatg taaccattaa tatgggaact ttactttcct      600

tgggagatat cggtacctct taattaactg gcctcatggg ccttccgctc actgcccgct      660

ttccagtcgg gaaacctgtc gtgccagctg cattaacatg gtcatagctg tttccttgcg      720

tattgg                                                                 726


<210>  23
<211>  730
<212>  DNA
<213>  Homo sapiens

<400>  23
ggttttccca gtcacgacgt tgtaaaacga cggccagtga gcgcgacgta atacgactca       60

ctatagggcg aattggcgga aggccgtcaa ggccacgtgt cttgtccaga gctcgatatc      120

gatacacgtc tgcagtcaac tggaattttc atgattgaat tttgtaaggt attttgaaat      180

aatttttcat ataaaggtga gtttgtatta aaaggtactg gtggagtatt tgatagtgta      240

ttaaccttat gtgtgacatg ttctaatata gtcacatttt cattattttt attataaggc      300

ctgctgaaaa tgactgaata taaacttgtg gtagttggag ctgatggcgt aggcaagagt      360

gccttgacga tacagctaat tcagaatcat tttgtggacg aatatgatcc aacaatagag      420

gtaaatcttg ttttaatatg catattactg gtgcaggacc attctttgat acagataaag      480

gtttctctga ccattttcat gagtacttat tacaagataa ttatgctgaa agttaagtta      540

tctgaaatgt accttgggtt tcaagttata tgtaaccatt aatatgggaa ctttactttc      600

cttgggagat atcggtacct ggagcacaag actggcctca tgggccttcc gctcactgcc      660

cgctttccag tcgggaaacc tgtcgtgcca gctgcattaa catggtcata gctgtttcct      720

tgcgtattgg                                                             730


<210>  24
<211>  726
<212>  DNA
<213>  Homo sapiens

<400>  24
ggttttccca gtcacgacgt tgtaaaacga cggccagtga gcgcgacgta atacgactca       60

ctatagggcg aattggcgga aggccgtcaa ggcctaggcg cgccatgagc tcgatatcga      120

tacacgtctg cagtcaactg gaattttcat gattgaattt tgtaaggtat tttgaaataa      180

tttttcatat aaaggtgagt ttgtattaaa aggtactggt ggagtatttg atagtgtatt      240

aaccttatgt gtgacatgtt ctaatatagt cacattttca ttatttttat tataaggcct      300

gctgaaaatg actgaatata aacttgtggt agttggagct ggtgacgtag gcaagagtgc      360

cttgacgata cagctaattc agaatcattt tgtggacgaa tatgatccaa caatagaggt      420

aaatcttgtt ttaatatgca tattactggt gcaggaccat tctttgatac agataaaggt      480

ttctctgacc attttcatga gtacttatta caagataatt atgctgaaag ttaagttatc      540

tgaaatgtac cttgggtttc aagttatatg taaccattaa tatgggaact ttactttcct      600

tgggagatat cggtacctct taattaactg gcctcatggg ccttccgctc actgcccgct      660

ttccagtcgg gaaacctgtc gtgccagctg cattaacatg gtcatagctg tttccttgcg      720

tattgg                                                                 726


<210>  25
<211>  730
<212>  DNA
<213>  Homo sapiens

<400>  25
ggttttccca gtcacgacgt tgtaaaacga cggccagtga gcgcgacgta atacgactca       60

ctatagggcg aattggcgga aggccgtcaa ggccacgtgt cttgtccaga gctcgatatc      120

gatacacgtc tgcagtcaac tggaattttc atgattgaat tttgtaaggt attttgaaat      180

aatttttcat ataaaggtga gtttgtatta aaaggtactg gtggagtatt tgatagtgta      240

ttaaccttat gtgtgacatg ttctaatata gtcacatttt cattattttt attataaggc      300

ctgctgaaaa tgactgaata taaacttgtg gtagttggag ctgatgacgt aggcaagagt      360

gccttgacga tacagctaat tcagaatcat tttgtggacg aatatgatcc aacaatagag      420

gtaaatcttg ttttaatatg catattactg gtgcaggacc attctttgat acagataaag      480

gtttctctga ccattttcat gagtacttat tacaagataa ttatgctgaa agttaagtta      540

tctgaaatgt accttgggtt tcaagttata tgtaaccatt aatatgggaa ctttactttc      600

cttgggagat atcggtacct ggagcacaag actggcctca tgggccttcc gctcactgcc      660

cgctttccag tcgggaaacc tgtcgtgcca gctgcattaa catggtcata gctgtttcct      720

tgcgtattgg                                                             730


<210>  26
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Homo sapiens

<400>  26
ggttttccca gtcacgacg                                                    19


<210>  27
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Homo sapiens

<400>  27
ccaatacgca aggaaacagc                                                   20


<210>  28
<211>  66
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Synthetic

<400>  28
gcaagcagtg tcttgcgcaa gcagtgtctt gctaagcgta cgtgcttaca ctcttgccta       60

cgccac                                                                  66


<210>  29
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Homo sapiens

<400>  29
cagctccaac taccacaag                                                    19


<210>  30
<211>  66
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Synthetic

<400>  30
gcaagcagtg tcttgcgcaa gcagtgtctt gctaagcgta cgtgcttaca ctcttgccta       60

cgccat                                                                  66


<210>  31
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Homo sapiens

<400>  31
cagctccaac taccacaag                                                    19


<210>  32
<211>  66
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Synthetic

<400>  32
cctgacatga atcaggcctg acatgaatca ggtaagcgta cgtgcttaag gcactcttgc       60

ctacgt                                                                  66


<210>  33
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Homo sapiens

<400>  33
caccagctcc aactaccac                                                    19


<210>  34
<211>  13
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Synthetic

<400>  34
gacctaatgc atc                                                          13


<210>  35
<211>  16
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Synthetic

<400>  35
cgttatgtga cgaacg                                                       16


<210>  36
<211>  16
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Synthetic

<400>  36
cgaccgtacc tagtcg                                                       16


<210>  37
<211>  16
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Synthetic

<400>  37
cctggtcaga ctcagg                                                       16


