                         SEQUENCE LISTING

<110>  WHITEHEAD INSTITUTE FOR BIOMEDICAL RESEARCH
 
<120>  METHODS OF ALTERING GENE EXPRESSION BY PERTURBING TRANSCRIPTION 
       FACTOR MULTIMERS THAT STRUCTURE REGULATORY LOOPS

<130>  WIBR-160-WO1

<140>  PCT/US18/013003
<141>  2018-01-09

<150>  62/444,341
<151>  2017-01-09

<150>  62/596,093
<151>  2017-12-07

<160>  45    

<170>  PatentIn version 3.5

<210>  1
<211>  20
<212>  RNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Guide RNA

<400>  1
acugucaaug uaggcccaua                                                   20


<210>  2
<211>  40
<212>  DNA
<213>  Mus musculus

<400>  2
gcgtcggcca tgacagttac atccgggtat gatgcctagc                             40


<210>  3
<211>  35
<212>  DNA
<213>  Mus musculus

<400>  3
gcgtcggcct gtgacatccg ggtatgatgc ctagc                                  35


<210>  4
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Mus musculus

<400>  4
cgggtgctgg tgccgccatc ttgga                                             25


<210>  5
<211>  12
<212>  DNA
<213>  Mus musculus

<400>  5
cgggtgcttg ga                                                           12


<210>  6
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Mus musculus

<400>  6
actgtgcctc catttgtttt ca                                                22


<210>  7
<211>  12
<212>  DNA
<213>  Mus musculus

<400>  7
actgtgtttt ca                                                           12


<210>  8
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  primer

<400>  8
caccgactcc cgccatccaa gatgg                                             25


<210>  9
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  primer

<400>  9
aaacccatct tggatggcgg gagtc                                             25


<210>  10
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  primer

<400>  10
caccgagcta cttgaaaaca aatgg                                             25


<210>  11
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  primer

<400>  11
aaacccattt gttttcaagt agctc                                             25


<210>  12
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  primer

<400>  12
caccgtcttc tctcttcttt tcac                                              24


<210>  13
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  primer

<400>  13
aaacgtgaaa agaagagaga agac                                              24


<210>  14
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  primer

<400>  14
ctgtgcagtg attgggtcct                                                   20


<210>  15
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  primer

<400>  15
ttgccgctct gcacttaagt                                                   20


<210>  16
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  primer

<400>  16
gcttcctcac attgaaacag aa                                                22


<210>  17
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  primer

<400>  17
gggaagctct gagagtcctt at                                                22


<210>  18
<211>  17
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  primer

<400>  18
cgccaccagg atgacag                                                      17


<210>  19
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  primer

<400>  19
gaatgtgacc gcaaccaac                                                    19


<210>  20
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  primer

<400>  20
cattttacct gcccccagta                                                   20


<210>  21
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  primer

<400>  21
cagccttaaa cagcctggaa                                                   20


<210>  22
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  primer

<400>  22
tttcaaagcc accaaggtct                                                   20


<210>  23
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  primer

<400>  23
caagtagctc ggggtctcag                                                   20


<210>  24
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Bridge linker


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  5' phosphorylation

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (10)..(10)
<223>  biotinylation

<400>  24
cgcgatatct tatctgact                                                    19


<210>  25
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  bridge linker


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  5' phosphorylation

<400>  25
gtcagataag atatcgcgt                                                    19


<210>  26
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  primer

<400>  26
gtctggatcc tcgtcttgag cc                                                22


<210>  27
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  primer

<400>  27
ccaaggatcc gtaagctagg ct                                                22


<210>  28
<211>  199
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  competitor DNA

<400>  28
gagcaacaac aacaacgaac cggttcgacc tccccggcca tctttcgacc tccccggcca       60

tctttcgacc tccccggcca tctttcgacc tccccggcca tctttcgacc tccccggcca      120

tctttcgacc tccccggcca tctttcgacc tccccggcca tctttcgacc tcccgtcgac      180

agaggcagca aaagccaga                                                   199


<210>  29
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  primer

<400>  29
caagggcaag taacccgatc                                                   20


<210>  30
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  primer

<400>  30
aatagataca tcccccacct                                                   20


<210>  31
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  primer

<400>  31
caagggcaag taacccgatc                                                   20


<210>  32
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  primer

<400>  32
aatagataca tcccccacct                                                   20


<210>  33
<211>  30
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  primer

<400>  33
tcgctccccg gccatcttgg cggctggtgt                                        30


<210>  34
<211>  30
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  primer

<400>  34
acaccagccg ccaagatggc cggggagcga                                        30


<210>  35
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  primer

<400>  35
caccgaagta gctcggggtc tcaga                                             25


<210>  36
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  primer

<400>  36
aaactctgag accccgagct acttc                                             25


<210>  37
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  primer

<400>  37
caccggtgct cagtaaatgt aaac                                              24


<210>  38
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  primer

<400>  38
aaacgtttac atttactgag cacc                                              24


<210>  39
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Mus musculus

<400>  39
actcccgcca tccaagatgg cgg                                               23


<210>  40
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Mus musculus

<400>  40
gagctacttg aaaacaaatg gagg                                              24


<210>  41
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Mus musculus

<400>  41
gtcttctctc ttcttttcac tgg                                               23


<210>  42
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  linker sequence

<400>  42
acgcgatatc ttatctgact                                                   20


<210>  43
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  linker sequence

<400>  43
agtcagataa gatatcgcgt                                                   20


<210>  44
<211>  11
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  YY1 binding motif


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (9)..(9)
<223>  n is a, c, t, or g

<400>  44
ggcgccatnt t                                                            11


<210>  45
<211>  12
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  YY1 binding motif

<400>  45
gccgccattt tg                                                           12


