                         SEQUENCE LISTING

<110>  Baylor College of Medicine
 
<120>  1A NOVEL ALGORITHM FOR SMN1 AND SMN2 COPY NUMBER ANALYSIS USING 
       COVERAGE DEPTH DATA FROM NEXT GENERATION SEQUENCING

<130>  BAYM.P0182WO-11701755

<150>  62/305,780
<151>  2016-03-09

<160>  44    

<170>  PatentIn version 3.5

<210>  1
<211>  17
<212>  PRT
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Peptide


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (17)..(17)
<223>  Xaa can be any naturally occurring amino acid

<400>  1

Gly Phe Arg Gln Asn Gln Lys Glu Gly Arg Cys Ser His Ser Leu Asn 
1               5                   10                  15      


Xaa 
    


<210>  2
<211>  133
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  2
atctatatag ctattttttt tttaacttcc tttattttcc ttacagggtt ttagacaaaa       60

tcaaaaagaa ggaaggtgct cacattcctt aaattaagga gtaagtctgc cagcattatg      120

aaagtgaatc tta                                                         133


<210>  3
<211>  108
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  3
ttttaacttc ctttattttc cttacagaga caaaatcaaa aagaaggaag gtgctcacat       60

tccttaaatt aaggagtaag tctgccagca ttatgaaagt gaatctta                   108


<210>  4
<211>  81
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  4
agacaaaatc aaaaagaagg aaggtgctca cattccttaa attaaggagt aagtctgcca       60

gcattatgaa agtgaatctt a                                                 81


<210>  5
<211>  81
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  5
agacaaaatc aaaaagaagg aaggtgctca cattccttaa attaaggagt aagtctgcca       60

gcattatgaa cgtgaatctt a                                                 81


<210>  6
<211>  81
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  6
agacaaaatc aaaaagaagg aaggtgctca cattccttaa attaaggagt aagtatgcca       60

gcattatgaa agtgaatctt a                                                 81


<210>  7
<211>  80
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  7
gacaaaatca aaaagaagga aggtgctcac attccttaaa ttaaggagta agtctgccag       60

cattatgaaa gtgaatctta                                                   80


<210>  8
<211>  68
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  8
gacaaaatca aaaagaagga aggtgctcac attccttaaa ttaaggagta agatgaaagt       60

gaatctta                                                                68


<210>  9
<211>  76
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  9
gacaaaatca aaaagaagga aggtgctcac attccttaaa ttaaggagta agtctgccag       60

cattatgaaa gtctta                                                       76


<210>  10
<211>  79
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  10
gacaaaatca aaaagaagga aggtgctcac attccttaaa ttaggagtaa gtctgccagc       60

attatgaaag tgaatctta                                                    79


<210>  11
<211>  164
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  11
cagggtttca gacaaaatca aaaagaagga aggtgctcac attccttaaa ttaaggagta       60

agtctgccag cattatgaaa gtgaatctta cttttgtaaa actttatggt ttgtggaaaa      120

caaatgtttt tgaacattta aaaagttcag atgttaaaaa gttg                       164


<210>  12
<211>  164
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  12
cagggtttta gacaaaatca aaaagaagga aggtgctcac attccttaaa ttaaggagta       60

agtctgccag cattatgaaa gtgaatctta cttttgtaaa actttatggt ttgtggaaaa      120

caaatgtttt tgaacattta aaaagttcag atgttagaaa gttg                       164


<210>  13
<211>  71
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  13
cctttatttt ccttacaggg tttcagacaa aatcaaaaag gaaggaaggt gctcacattc       60

cttaaattaa g                                                            71


<210>  14
<211>  70
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  14
cctttatttt ccttacaggg tttcagacaa aatcaaaaag gaaggaaggt gctcacattc       60

cttaattaag                                                              70


<210>  15
<211>  70
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  15
cctttatttt ccttacaggg tttcagacaa aatcaaaagg aaggaaggtg ctcacattcc       60

ttaaattaag                                                              70


<210>  16
<211>  70
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  16
cctttatttc cttacagggt ttcagacaaa atcaaaaagg aaggaaggtg ctcacattcc       60

ttaaattaag                                                              70


<210>  17
<211>  70
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  17
cctttatttt ccttacaggg tttcagacaa aatcaaaagg aaggaaggtg ctcacattcc       60

ttaaattaag                                                              70


<210>  18
<211>  71
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  18
cctttatttt ccttacaggg tttcagacaa aatcaaaaag gaaggaaggt gctcacattc       60

cttaaattaa g                                                            71


<210>  19
<211>  70
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  19
cctttatttt ccttacaggg tttcagacaa aatcaaaaag gaaggaaggt ctcacattcc       60

ttaaattaag                                                              70


<210>  20
<211>  70
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  20
cctttatttt ccttacaggg tttcagacaa aatcaaaaag gaaggaaggt gccacattcc       60

ttaaattaag                                                              70


<210>  21
<211>  70
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  21
cctttatttt ccttacaggg tttcagacaa aatcaaaaag gaaggaaggt gctcacattc       60

cttaaataag                                                              70


<210>  22
<211>  70
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  22
cctttatttt cctacagggt ttcagacaaa atcaaaaagg aaggaaggtg ctcacattcc       60

ttaaattaag                                                              70


<210>  23
<211>  71
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  23
cctttatttt ccttacaggg tttcagacaa aatcaaaaag gaaggaaggt gctcacattc       60

cttaaattaa g                                                            71


<210>  24
<211>  70
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  24
cctttatttt ccttacaggg ttttagacaa aatcaaaaag aaggaaggtg ctcacattcc       60

ttaaattaag                                                              70


<210>  25
<211>  55
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  25
cctttattta gacaaaatca aaaagaagga aggtgctcac attccttaaa ttaag            55


<210>  26
<211>  57
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  26
cctttatttt cagacaaaat caaaaagaag gaaggtgctc acattcctta aattaag          57


<210>  27
<211>  68
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  27
cctttatttt ccttacaggg ttagacaaaa tcaaaaagaa ggaaggtgct cacattcctt       60

aaattaag                                                                68


<210>  28
<211>  64
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  28
cctttatttt ccttacagag acaaaatcaa aaagaaggaa ggtgctcaca ttccttaaat       60

taag                                                                    64


<210>  29
<211>  46
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  29
agacaaaatc aaaaagaagg aaggtgctca cattccttaa attaag                      46


<210>  30
<211>  45
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  30
gacaaaatca aaaagaagga aggtgctcac attccttaaa ttaag                       45


<210>  31
<211>  106
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  31
ctatgtctat atagctattt tttttaactt cctttatttt ccttacaggg tttcagacaa       60

aatcaaaaag aaggaaggtg ctcacattcc ttaaattaag gagtaa                     106


<210>  32
<211>  106
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  32
ctatgtctat atagctattt tttttaactt cctttatttt ccttacaggg tttcagacaa       60

aatcaaaaag aaggaaggtg ctcacattcc ttaaattaag gagtaa                     106


<210>  33
<211>  106
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  33
ctatgtctat atagctattt tttttaactt cctttatttt ccttacaggg tttcagacaa       60

aatcaaaaag aaggaaggtg ctcacattcc ttaaattaag gagtaa                     106


<210>  34
<211>  106
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  34
ctatgtctat atagctattt tttttaactt cctttatttt ccttacaggg tttcagacaa       60

aatcaaaaag aaggaaggtg ctcacattcc ttaaattaag gagtaa                     106


<210>  35
<211>  32
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  35
atagctattt tttttaactt cctttatttt cc                                     32


<210>  36
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  36
tgagcacctt ccttcttttt ga                                                22


<210>  37
<211>  15
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Probe


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  FAM tagged

<400>  37
ttgtctgaaa ccctg                                                        15


<210>  38
<211>  15
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Probe


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  VIC tagged

<400>  38
ttttgtctaa aaccc                                                        15


<210>  39
<211>  26
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  39
gtgtggatta agatgactct tggtac                                            26


<210>  40
<211>  27
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  40
caccttcctt ctttttgatt ttgtctg                                           27


<210>  41
<211>  27
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  41
cttcctttat tttccttaca gggttcc                                           27


<210>  42
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  42
tacaatgaac agccatgtcc ac                                                22


<210>  43
<211>  45
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  43
tgtaaaacga cggccagtct tcctttattt tccttacagg gttgc                       45


<210>  44
<211>  41
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  44
caggaaacag ctatgaccaa gtctgctggt ctgcctacta g                           41


