                         SEQUENCE LISTING

<110>  Krishnan, Yamuna
       Halder, Saheli
 
<120>  METHODS AND COMPOSITION FOR DETERMINING PH

<130>  ARCD.P0588WO

<140>  UNKNOWN
<141>  2016-05-18

<150>  62/163,718
<151>  2015-05-19

<160>  44    

<170>  PatentIn version 3.5

<210>  1
<211>  12
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  Lysine tagged

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (12)..(12)
<223>  Lysine tagged

<400>  1
atcaacactg ca                                                           12


<210>  2
<211>  38
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  2
tatatatagg atcttgctgt ctggtgtgca gtgttgat                               38


<210>  3
<211>  26
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  3
caccagacag caagatccta tatata                                            26


<210>  4
<211>  69
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  4
caccagacag caagatccta tatatagggg gaucaaucca agggacccgg aaacgcuccc       60

uuacacccc                                                               69


<210>  5
<211>  43
<212>  RNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  5
gggggaucaa uccaagggac ccggaaacgc ucccuuacac ccc                         43


<210>  6
<211>  17
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (2)..(2)
<223>  C or absent

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (3)..(3)
<223>  A, T, G or absent

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (4)..(4)
<223>  A, T, G or absent

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (5)..(5)
<223>  A, T, G or absent

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (7)..(7)
<223>  C or absent

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (8)..(8)
<223>  A, T, G or absent

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (9)..(9)
<223>  A, T, G or absent

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (10)..(10)
<223>  A, T, G or absent

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (12)..(12)
<223>  C or absent

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (13)..(13)
<223>  A, T, G or absent

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (14)..(14)
<223>  A, T, G or absent

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (15)..(15)
<223>  A, T, G or absent

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (17)..(17)
<223>  C or absent

<400>  6
ccnnnccnnn ccnnncc                                                      17


<210>  7
<211>  15
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  C or absent

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (2)..(2)
<223>  C or absent

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (3)..(3)
<223>  C or absent

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (4)..(4)
<223>  A, T, G or absent

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (5)..(5)
<223>  C or absent

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (6)..(6)
<223>  C or absent

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (7)..(7)
<223>  C or absent

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (8)..(8)
<223>  A, T, G or absent

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (9)..(9)
<223>  C or absent

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (10)..(10)
<223>  C or absent

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (11)..(11)
<223>  C or absent

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (12)..(12)
<223>  A, T, G or absent

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (13)..(13)
<223>  C or absent

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (14)..(14)
<223>  C or absent

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (15)..(15)
<223>  C or absent

<400>  7
cccncccncc cnccc                                                        15


<210>  8
<211>  59
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (14)..(14)
<223>  Modified C

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (16)..(16)
<223>  Modified C

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (22)..(22)
<223>  Modified C

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (24)..(24)
<223>  Modified C

<400>  8
ccctaacccc taacccctaa ccccatatat atcctagaac gacagacaaa cagtgagtc        59


<210>  9
<211>  60
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (3)..(3)
<223>  Modified C

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (9)..(9)
<223>  Modified C

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (17)..(17)
<223>  Modified C

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (23)..(23)
<223>  Modified C

<400>  9
cccctaaccc ctaaccccta accccatata tatcctagaa cgacagacaa acagtgagtc       60


<210>  10
<211>  60
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  Modified C

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (11)..(11)
<223>  Modified C

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (15)..(15)
<223>  Modified C

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (25)..(25)
<223>  Modified C

<400>  10
cccctaaccc ctaaccccta accccatata tatcctagaa cgacagacaa acagtgagtc       60


<210>  11
<211>  60
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  Modified C

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (2)..(2)
<223>  Modified C

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (3)..(3)
<223>  Modified C

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (4)..(4)
<223>  Modified C

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cccctaaccc ctaaccccta accccatata tatcctagaa cgacagacaa acagtgagtc       60


<210>  12
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  12
cccctaaccc ctaaccccta acccc                                             25


<210>  13
<211>  37
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  13
ccccccctaa ccccccctaa ccccccctaa ccccccc                                37


<210>  14
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  14
ccctaaccct aaccctaacc c                                                 21


<210>  15
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  15
cccctaaccc ctaaccccta acccc                                             25


<210>  16
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  16
tttgttatgt gttatgtgtt at                                                22


<210>  17
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<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  17
cccctaaccc ctaaccccta accccatata tatcctagaa cgacagacaa acagtgagtc       60


<210>  18
<211>  72
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  18
ccccccctaa ccccccctaa ccccccctaa cccccccata tatatcctag aacgacagac       60

aaacagtgag tc                                                           72


<210>  19
<211>  57
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  19
gactcactgt ttgtctgtcg ttctaggata tatattttgt tatgtgttat gtgttat          57


<210>  20
<211>  60
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  5' Alexa 488 labeled

<400>  20
cccctaaccc ctaaccccta accccatata tatcctagaa cgacagacaa acagtgagtc       60


<210>  21
<211>  72
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  5' Alexa 488 labeled

<400>  21
ccccccctaa ccccccctaa ccccccctaa cccccccata tatatcctag aacgacagac       60

aaacagtgag tc                                                           72


<210>  22
<211>  57
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (34)..(34)
<223>  T labeled with Alexa 647

<400>  22
gactcactgt ttgtctgtcg ttctaggata tatattttgt tatgtgttat gtgttat          57


<210>  23
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<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (15)..(15)
<223>  5'-bromocytosine

<220>
<221>  misc_feature
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<220>
<221>  misc_feature
<222>  (23)..(23)
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<220>
<221>  misc_feature
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<223>  5'-bromocytosine

<400>  23
cccctaaccc ctaaccccta accccatata tatcctagaa cgacagacaa acagtgagtc       60


<210>  24
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<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (3)..(3)
<223>  5'-Bromocytosine

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (9)..(9)
<223>  5'-Bromocytosine

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (17)..(17)
<223>  5'-Bromocytosine

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (23)..(23)
<223>  5'-Bromocytosine

<400>  24
cccctaaccc ctaaccccta accccatata tatcctagaa cgacagacaa acagtgagtc       60


<210>  25
<211>  60
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  5-Bromocytosine

<220>
<221>  misc_feature
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<223>  5-Bromocytosine

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (15)..(15)
<223>  5-Bromocytosine

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (25)..(25)
<223>  5-Bromocytosine

<400>  25
cccctaaccc ctaaccccta accccatata tatcctagaa cgacagacaa acagtgagtc       60


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<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  5-Bromocytosine

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (2)..(2)
<223>  5-Bromocytosine

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (3)..(3)
<223>  5-Bromocytosine

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (4)..(4)
<223>  5-Bromocytosine

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cccctaaccc ctaaccccta accccatata tatcctagaa cgacagacaa acagtgagtc       60


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<220>
<223>  Synthetic Primer


<220>
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<222>  (1)..(1)
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<220>
<221>  misc_feature
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<220>
<221>  misc_feature
<222>  (17)..(17)
<223>  5'-Bromocytosine

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (23)..(23)
<223>  5'-Bromocytosine

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (25)..(25)
<223>  5'-Bromocytosine

<400>  27
cccctaaccc ctaaccccta accccatata tatcctagaa cgacagacaa acagtgagtc       60


<210>  28
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<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  5' Alexa 488 labeled

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (3)..(3)
<223>  5'-Bromocytosine

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (9)..(9)
<223>  5'-Bromocytosine

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (17)..(17)
<223>  5'-Bromocytosine

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (23)..(23)
<223>  5'-Bromocytosine

<400>  28
cccctaaccc ctaaccccta accccatata tatcctagaa cgacagacaa acagtgagtc       60


<210>  29
<211>  60
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  5' Alexa 488 labeled

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  5'-Bromocytosine

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (11)..(11)
<223>  5'-Bromocytosine

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (15)..(15)
<223>  5'-Bromocytosine

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (25)..(25)
<223>  5'-Bromocytosine

<400>  29
cccctaaccc ctaaccccta accccatata tatcctagaa cgacagacaa acagtgagtc       60


<210>  30
<211>  60
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  5' Alexa 488 labeled

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  5'-Bromocytosine

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (2)..(2)
<223>  5'-Bromocytosine

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (3)..(3)
<223>  5'-Bromocytosine

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (4)..(4)
<223>  5'-Bromocytosine

<400>  30
cccctaaccc ctaaccccta accccatata tatcctagaa cgacagacaa acagtgagtc       60


<210>  31
<211>  60
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (15)..(15)
<223>  5'-methylcytosine

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (17)..(17)
<223>  5'-methylcytosine

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (23)..(23)
<223>  5'-methylcytosine

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (25)..(25)
<223>  5'-methylcytosine

<400>  31
cccctaaccc ctaaccccta accccatata tatcctagaa cgacagacaa acagtgagtc       60


<210>  32
<211>  60
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (3)..(3)
<223>  5'-methylcytosine

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (9)..(9)
<223>  5'-methylcytosine

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (17)..(17)
<223>  5'-methylcytosine

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (23)..(23)
<223>  5'-methylcytosine

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cccctaaccc ctaaccccta accccatata tatcctagaa cgacagacaa acagtgagtc       60


<210>  33
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<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  5'-Methylcytosine

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (11)..(11)
<223>  5'-Methylcytosine

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (15)..(15)
<223>  5'-Methylcytosine

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (25)..(25)
<223>  5'-Methylcytosine

<400>  33
cccctaaccc ctaaccccta accccatata tatcctagaa cgacagacaa acagtgagtc       60


<210>  34
<211>  60
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  5'-methylcytosine

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (2)..(2)
<223>  5'-methylcytosine

<220>
<221>  misc_feature
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<220>
<221>  misc_feature
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<223>  5'-methylcytosine

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<212>  DNA
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<220>
<223>  Synthetic Primer


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<222>  (1)..(1)
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<220>
<221>  misc_feature
<222>  (15)..(15)
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<221>  misc_feature
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<223>  Synthetic Primer


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<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
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<220>
<221>  misc_feature
<222>  (3)..(3)
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<220>
<223>  Synthetic Primer


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<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
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<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
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<220>
<223>  Synthetic Primer


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  5' Alexa 488 labeled

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  5'-methylcytosine

<220>
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<222>  (2)..(2)
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<220>
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<222>  (3)..(3)
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<222>  (4)..(4)
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cccctaaccc ctaaccccta accccatata tatcctagaa cgacagacaa acagtgagtc       60


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<212>  DNA
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<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  39
cccctaaccc ctaaccccta accccatat                                         29


<210>  40
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<212>  DNA
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<220>
<223>  Synthetic Primer

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tattttgtta tgtgttagtg ttat                                              24


<210>  41
<211>  29
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  41
cccctaaccc ctaaccccta accccatat                                         29


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<212>  DNA
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<223>  Synthetic Primer

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tattttgtta tgtgttagtg ttat                                              24


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<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  43
cccctaaccc ctaaccccta accccatat                                         29


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<211>  24
<212>  DNA
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<220>
<223>  Synthetic Primer

<400>  44
tattttgtta tgtgttagtg ttat                                              24


