                         SEQUENCE LISTING

<110>  Murdoch Childrens Research Institute
 
<120>  An Assay

<130>  35110668/EJH

<160>  77    

<170>  PatentIn version 3.5

<210>  1
<211>  21
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Forward primer for internal PCR for CND_01

<400>  1
gcaccagggc tatgagggat a                                                 21


<210>  2
<211>  25
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Reverse primer for internal PCR for CND_01

<400>  2
tcaggataag cagcagatag aacaa                                             25


<210>  3
<211>  20
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  TaqMan probe for CND_01

<400>  3
tggtggaaga ataatttaca                                                   20


<210>  4
<211>  21
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Forward primer for external PCR for CND_01

<400>  4
tggaaaggta agatacgcac a                                                 21


<210>  5
<211>  21
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Reverse primer for external PCR for CND_01

<400>  5
ccttttaatt tggcccatac c                                                 21


<210>  6
<211>  20
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Forward primer for internal PCR for CND_02

<400>  6
tgcttctcct ccctgatcca                                                   20


<210>  7
<211>  24
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Reverse primer for internal PCR for CND_02

<400>  7
acgctcccat tttcatacag aagt                                              24


<210>  8
<211>  15
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  TaqMan probe for CND_02

<400>  8
agaggcagct tcatg                                                        15


<210>  9
<211>  20
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Forward primer for external PCR for CND_02

<400>  9
cagggctcaa tttctccatc                                                   20


 
<210>  10
<211>  20
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Reverse primer for external PCR for CND_02

<400>  10
atgtccagtg ttgggagagg                                                   20


<210>  11
<211>  22
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Forward primer for internal PCR for CND_03

<400>  11
tgccgtactc attctccgta ag                                                22


<210>  12
<211>  24
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Reverse primer for internal PCR for CND_03

<400>  12
gggcagaggg agaaaatagt aaca                                              24


<210>  13
<211>  14
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  TaqMan probe for CND_03

<400>  13
acatgcctgg cttc                                                         14


<210>  14
<211>  20
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Forward primer for external PCR for CND_03

<400>  14
gaattgatcc tgccttaccc                                                   20


 
<210>  15
<211>  20
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Reverse primer for external PCR for CND_03

<400>  15
aggtgcatgg tgcacagtat                                                   20


<210>  16
<211>  23
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Forward primer for internal PCR for CND_04

<400>  16
gacattggtt cctttgcata gct                                               23


<210>  17
<211>  24
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Reverse primer for internal PCR for CND_04

<400>  17
tttagggcaa acaagatgag aaaa                                              24


<210>  18
<211>  18
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  TaqMan probe for CND_04

<400>  18
tgtatacaca gaggctgc                                                     18


<210>  19
<211>  20
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Forward primer for external PCR for CND_04

<400>  19
ctgctgctgc aaaggtttta                                                   20


 
<210>  20
<211>  20
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Reverse primer for external PCR for CND_04

<400>  20
acatgccaag gagatggact                                                   20


<210>  21
<211>  23
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Forward primer for internal PCR for CND_05

<400>  21
cagcagagct cacagctagt gaa                                               23


<210>  22
<211>  18
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Reverse primer for internal PCR for CND_05

<400>  22
tgccagccct ggatgaat                                                     18


<210>  23
<211>  15
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  TaqMan probe for CND_05

<400>  23
tgtgtgggag gcaat                                                        15


<210>  24
<211>  20
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Forward primer for external PCR for CND_05

<400>  24
tgacctaaaa tcaggccact                                                   20


 
<210>  25
<211>  18
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Reverse primer for external PCR for CND_05

<400>  25
gggggaaaca cctccata                                                     18


<210>  26
<211>  23
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Forward primer for internal PCR for CND_06

<400>  26
caatgactca gtggctcatc aac                                               23


<210>  27
<211>  18
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Reverse primer for internal PCR for CND_06

<400>  27
gtggccccct cctcatct                                                     18


<210>  28
<211>  15
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  TaqMan probe for CND_06

<400>  28
tgagccctct ttctt                                                        15


<210>  29
<211>  27
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Forward primer for external PCR for CND_06

<400>  29
gcttagagga ggtaaataac ttagcaa                                           27


 
<210>  30
<211>  23
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Reverse primer for external PCR for CND_06

<400>  30
tgggaatgta tattggaaaa caa                                               23


<210>  31
<211>  18
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Forward primer for internal PCR for CND_07

<400>  31
ccctgccccc aactcaat                                                     18


<210>  32
<211>  26
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Reverse primer for internal PCR for CND_07

<400>  32
ccaattagca catctctacc tctgaa                                            26


<210>  33
<211>  16
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  TaqMan probe for CND_07

<400>  33
tcaagctgcc aatgtg                                                       16


<210>  34
<211>  22
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Forward primer for external PCR for CND_07

<400>  34
tgaacaacca tacatgcaga aa                                                22


 
<210>  35
<211>  24
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Reverse primer for external PCR for CND_07

<400>  35
gcctttttgg aatagtttaa aagc                                              24


<210>  36
<211>  25
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Forward primer for internal PCR for CND_08

<400>  36
ccactgtatt ccatgcctac tttgt                                             25


<210>  37
<211>  17
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Reverse primer for internal PCR for CND_08

<400>  37
ggccggtttg ggatgac                                                      17


<210>  38
<211>  16
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  TaqMan probe for CND_08

<400>  38
tgcgtttggg ctgtgt                                                       16


<210>  39
<211>  23
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Forward primer for external PCR for CND_08

<400>  39
ttttatggaa tagcaaacaa gga                                               23


 
<210>  40
<211>  20
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Reverse primer for external PCR for CND_08

<400>  40
tgcagtgtag ctgggatcaa                                                   20


<210>  41
<211>  21
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Forward primer for internal PCR for CND_09

<400>  41
cagaaaccat ccagccttgt c                                                 21


<210>  42
<211>  21
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Reverse primer for internal PCR for CND_09

<400>  42
tgcattcacc gtaagggaac a                                                 21


<210>  43
<211>  15
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  TaqMan probe for CND_09

<400>  43
aatgcacaga cttgc                                                        15


<210>  44
<211>  20
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Forward primer for external PCR for CND_09

<400>  44
gagggttcat gcccttaaca                                                   20


 
<210>  45
<211>  20
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Reverse primer for external PCR for CND_09

<400>  45
gcaaaagctg cctgcttaac                                                   20


<210>  46
<211>  22
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Forward primer for internal PCR for CND_10

<400>  46
ggaatggaga ccagtccaga ac                                                22


<210>  47
<211>  20
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Reverse primer for internal PCR for CND_10

<400>  47
ggaaccactg ggtgaattgg                                                   20


<210>  48
<211>  17
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  TaqMan probe for CND_10

<400>  48
tctgcctcgt taatgag                                                      17


<210>  49
<211>  20
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Forward primer for external PCR for CND_10

<400>  49
tgaaatggga gaatggaagg                                                   20


 
<210>  50
<211>  21
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Reverse primer for external PCR for CND_10

<400>  50
gagggtttcc ttaaggtcct c                                                 21


<210>  51
<211>  23
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Forward primer for internal PCR for CNVR1138.3

<400>  51
gggattacaa tcgagagcta cca                                               23


<210>  52
<211>  22
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Reverse primer for internal PCR for CNVR1138.3

<400>  52
gtggcctgaa gtgcatctta aa                                                22


<210>  53
<211>  16
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  TaqMan probe for internal PCR for CNVR1138.3

<400>  53
ccgactttca cttatc                                                       16


<210>  54
<211>  18
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Forward primer for internal PCR for CNVR3451.1

<400>  54
ggtgggattc gccacaca                                                     18


 
<210>  55
<211>  19
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Reverse primer for internal PCR for CNV3451.1

<400>  55
ggcaagtatc cccggttga                                                    19


<210>  56
<211>  15
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  TaqMan probe for internal PCR for CNV3451.1

<400>  56
ctctgtccaa acctg                                                        15


<210>  57
<211>  26
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Forward primer for internal PCR for CNVR4596.1

<400>  57
tgtcatgtgc aatagagact gttgtc                                            26


<210>  58
<211>  18
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Reverse primer for internal PCR for CNVR4596.1

<400>  58
tggccagggc aattcatc                                                     18


<210>  59
<211>  18
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  TaqMan probe for internal PCR for CNVR4596.1

<400>  59
tgtggtccat atactttc                                                     18


 
<210>  60
<211>  21
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Forward primer for internal PCR for CNR801_full

<400>  60
actgccttac actggcttcc a                                                 21


<210>  61
<211>  18
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Reverse primer for internal PCR for CNR801_full

<400>  61
aacagccctt ggccttcc                                                     18


<210>  62
<211>  19
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  TaqMan probe for internal PCR for CNR801_full

<400>  62
atgtgactaa gggacccac                                                    19


<210>  63
<211>  20
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Forward primer for internal PCR for CNVR5853_full

<400>  63
tgcccagcca agacattttt                                                   20


<210>  64
<211>  22
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Reverse primer for internal PCR for CNVR5853_full

<400>  64
tgtggagaaa gtagggcaaa ca                                                22


 
<210>  65
<211>  16
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  TaqMan probe for internal PCR for CNVR5853_full

<400>  65
actcccttca tctttt                                                       16


<210>  66
<211>  21
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Forward primer for internal PCR for CNVR842.1

<400>  66
ggacaatgcc cttagcaaat g                                                 21


<210>  67
<211>  22
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Reverse primer for internal PCR for CNVR842.1

<400>  67
tgctacacgc atggaaatag ct                                                22


<210>  68
<211>  20
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  TaqMan probe for internal PCR for CNVR842.1

<400>  68
tgatgttgta tgagccacag                                                   20


<210>  69
<211>  21
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Forward primer for internal PCR for CNVR4203.1

<400>  69
gagtgcagtg gcatgattgt g                                                 21


 
<210>  70
<211>  19
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Reverse primer for internal PCR for CNVR4203.1

<400>  70
aggttcacgc catcctcct                                                    19


<210>  71
<211>  15
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  TaqMan probe for internal PCR for CNVR4203.1

<400>  71
ctcactgcga gctct                                                        15


<210>  72
<211>  18
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Forward primer for internal PCR for CNVR4203.1

<400>  72
gggtgttggc cccttttt                                                     18


<210>  73
<211>  21
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Reverse primer for internal PCR for CNVR4203.1

<400>  73
gtcaacctgc ctggtgttgt t                                                 21


<210>  74
<211>  17
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  TaqMan probe for internal PCR for CNVR4203.1

<400>  74
cacaggtcct accagct                                                      17


 
<210>  75
<211>  21
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Forward primer for internal PCR for CNVR1037.1

<400>  75
tccccagcgt cttctcttat g                                                 21


<210>  76
<211>  23
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  Reverse primer for internal PCR for CNVR1037.1

<400>  76
caacaacgta caggcagaac atc                                               23


<210>  77
<211>  14
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  TaqMan probe for internal PCR for CNVR1037.1

<400>  77
cagccagcct gtgc                                                         14

<210>  78
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CND_1 - Table 11 Forward Primer

<400>  78
aaagtcaact tctctgtgcg a                                                 21


<210>  79
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CND_1 - Table 11 Reverse Primer

<400>  79
ttattcttcc accattatcc ctcat                                             25


<210>  80
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CND_2 - Table 11 Forward Primer

<400>  80
tgtcgtttct aaggatggga aag                                               23


<210>  81
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CND_2 - Table 11 Reverse Primer

<400>  81
gtttcatgaa gctgcctctc t                                                 21


<210>  82
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CND_3 - Table 11 Forward Primer

<400>  82
atgcctggct tcatgttact                                                   20


<210>  83
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CND_3 - Table 11 Reverse Primer

<400>  83
aattactgac ctagaccttt caaga                                             25


<210>  84
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CND_4 - Table 11 Forward Primer

<400>  84
gtgtggacat tggttccttt                                                   20


<210>  85
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CND_4 - Table 11 Reverse Primer

<400>  85
ttagggcaaa caagatgaga aa                                                22


<210>  86
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CND_5 - Table 11 Forward Primer

<400>  86
tttcttccag cagagctcac                                                   20


<210>  87
<211>  17
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CND_5 - Table 11 Reverse Primer

<400>  87
gccagccctg gatgaat                                                      17


<210>  88
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CND_6 - Table 11 Forward Primer

<400>  88
tcactcttcc caccctctta t                                                 21


<210>  89
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CND_6 - Table 11 Reverse Primer

<400>  89
catctcaaga aagagggctc aa                                                22


<210>  90
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CND_7 - Table 11 Forward Primer

<400>  90
cccaactcaa tttcaagctg                                                   20


<210>  91
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CND_7 - Table 11 Reverse Primer

<400>  91
ccaaagatcc aattagcaca tc                                                22


<210>  92
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CND_9 - Table 11 Forward Primer

<400>  92
tgtcccaatg cacagactt                                                    19


<210>  93
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CND_9 - Table 11 Reverse Primer

<400>  93
aaacagggtg ggcctaaa                                                     18


<210>  94
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CND_10 - Table 11 Forward Primer

<400>  94
agcctcaatt caggaccta                                                    19


<210>  95
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CND_10 - Table 11 Reverse Primer

<400>  95
ctccttggag agcttgttat c                                                 21


<210>  96
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CND_13 - Table 11 Forward Primer

<400>  96
tgtcatgtgc aatagagact gtt                                               23


<210>  97
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CND_13 - Table 11 Reverse Primer

<400>  97
ttctggccag ggcaattc                                                     18


<210>  98
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CND_14 - Table 11 Forward Primer

<400>  98
actggcttcc aaatgtgact aa                                                22


<210>  99
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CND_14 - Table 11 Reverse Primer

<400>  99
taacctgcag ctctggga                                                     18


<210>  100
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CND_15 - Table 11 Forward Primer

<400>  100
actgacacac tcaagctatg g                                                 21


<210>  101
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CND_15 - Table 11 Reverse Primer

<400>  101
agcataaatc tctgctccct tt                                                22


<210>  102
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CND_16 - Table 11 Forward Primer

<400>  102
agcaaatgat gatgttgtat gagc                                              24


<210>  103
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CND_16 - Table 11 Reverse Primer

<400>  103
taaatgccag caccctgcta                                                   20


<210>  104
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CND_18 - Table 11 Forward Primer

<400>  104
tcacaggtcc taccagcttt a                                                 21


<210>  105
<211>  27
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CND_18 - Table 11 Reverse Primer

<400>  105
gacgaaagat gtcttaattt ggttcag                                           27


<210>  106
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CND_19 - Table 11 Forward Primer

<400>  106
ccttaccttc cacttcctca tc                                                22


<210>  107
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CND_19 - Table 11 Reverse Primer

<400>  107
ttaaagctgg taggacctgt g                                                 21


<210>  108
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ACE - Table 11 Forward Primer

<400>  108
ggtctttagt gggcgtacc                                                    19


<210>  109
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ACE - Table 11 Reverse Primer

<400>  109
tcctctcacc gaagatacca                                                   20



