                         SEQUENCE LISTING

<110>  Fundaci Hospital Universitari Vall d'Hebron - Institut de 
       Recerca
       CIBER (CENTRO DE INVESTIGACIN BIOMDICA EN RED)
       ROCHE DIAGNOSTICS, S.L.
 
<120>  Primers and methods for detecting Human Hepatitis C Virus (HCV) 
       variants in an isolated sample

<130>  P2508PC00

<150>  EP13382278
<151>  2013-07-05

<160>  73    

<170>  PatentIn version 3.5

<210>  1
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Reverse primer

<400>  1
ctagtcgcgc gcacaccca                                                    19


<210>  2
<211>  914
<212>  DNA
<213>  Hepatitis C virus

<400>  2
gccagccccc tgatgggggc gacactccac catgaatcac tcccctgtga ggaactactg       60

tcttcacgca gaaagcgtct agccatggcg ttagtatgag tgtcgtgcag cctccaggac      120

cccccctccc gggagagcca tagtggtctg cggaaccggt gagtacaccg gaattgccag      180

gacgaccggg tcctttcttg gataaacccg ctcaatgcct ggagatttgg gcgtgccccc      240

gcaagactgc tagccgagta gtgttgggtc gcgaaaggcc ttgtggtact gcctgatagg      300

gtgcttgcga gtgccccggg aggtctcgta gaccgtgcac catgagcacg aatcctaaac      360

ctcaaagaaa aaccaaacgt aacaccaacc gtcgcccaca ggacgtcaag ttcccgggtg      420

gcggtcagat cgttggtgga gtttacttgt tgccgcgcag gggccctaga ttgggtgtgc      480

gcgcgacgag gaagacttcc gagcggtcgc aacctcgagg tagacgtcag cctatcccca      540

aggcacgtcg gcccgagggc aggacctggg ctcagcccgg gtacccttgg cccctctatg      600

gcaatgaggg ttgcgggtgg gcgggatggc tcctgtctcc ccgtggctct cggcctagct      660

ggggccccac agacccccgg cgtaggtcgc gcaatttggg taaggtcatc gataccctta      720

cgtgcggctt cgccgacctc atggggtaca taccgctcgt cggcgcccct cttggaggcg      780

ctgccagggc cctggcgcat ggcgtccggg ttctggaaga cggcgtgaac tatgcaacag      840

ggaaccttcc tggttgctct ttctctatct tccttctggc cctgctctct tgcctgactg      900

tgcccgcttc agcc                                                        914


<210>  3
<211>  27
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Forward primer

<400>  3
ctgtgaggaa ctactgtctt cacgcag                                           27


<210>  4
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Forward primer

<400>  4
gtctgcggaa ccggtgagta ca                                                22


<210>  5
<211>  26
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Reverse primer


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (3)..(3)
<223>  n is a, c, g, or t

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (6)..(6)
<223>  D means G, A or T

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (12)..(12)
<223>  D means G, A or T

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (18)..(18)
<223>  W means  A or T

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (21)..(21)
<223>  B means G, T or C

<400>  5
ttngadgagc adgatgtwat bagctc                                            26


<210>  6
<211>  1776
<212>  DNA
<213>  Hepatitis C virus

<400>  6
tcaatgtctt attcctggac aggcgcactc gtcaccccgt gcgctgcgga agaacaaaaa       60

ctgcccatca acgcactgag caactcgttg ctacgccatc acaatctggt gtattccacc      120

acttcacgca gtgcttgcca aaggcagaag aaagtcacat ttgacagact gcaagttctg      180

gacagccatt accaggacgt gctcaaggag gtcaaagcag cggcgtcaaa agtgaaggct      240

aacttgctat ccgtagagga agcttgcagc ctgacgcccc cacattcagc caaatccaag      300

tttggctatg gggcaaaaga cgtccgttgc catgccagaa aggccgtagc ccacatcaac      360

tccgtgtgga aagaccttct ggaagacagt gtaacaccaa tagacactac catcatggcc      420

aagaacgagg ttttctgcgt tcagcctgag aaggggggtc gtaagccagc tcgtctcatc      480

gtgttccccg acctgggcgt gcgcgtgtgc gagaagatgg ccctgtacga cgtggttagc      540

aagctccccc tggccgtgat gggaagctcc tacggattcc aatactcacc aggacagcgg      600

gttgaattcc tcgtgcaagc gtggaagtcc aagaagaccc cgatggggtt ctcgtatgat      660

acccgctgtt ttgactccac agtcactgag agcgacatcc gtacggagga ggcaatttac      720

caatgttgtg acctggaccc ccaagcccgc gtggccatca agtccctcac tgagaggctt      780

tatgttgggg gccctcttac caattcaagg ggggaaaact gcggctaccg caggtgccgc      840

gcgagcggcg tactgacaac tagctgtggt aacaccctca cttgctacat caaggcccgg      900

gcagcctgtc gagccgcagg gctccaggac tgcaccatgc tcgtgtgtgg cgacgactta      960

gtcgttatct gtgaaagtgc gggggtccag gaggacgcgg cgagcctgag agccttcacg     1020

gaggctatga ccaggtactc cgcccccccc ggggaccccc cacaaccaga atacgacttg     1080

gagcttataa catcatgctc ctccaacgtg tcagtcgccc acgacggcgc tggaaagagg     1140

gtctactacc ttacccgtga ccctacaacc cccctcgcga gagccgcgtg ggagacagca     1200

agacacactc cagtcaattc ctggctaggc aacataatca tgtttgcccc cacactgtgg     1260

gcgaggatga tactgatgac ccatttcttt agcgtcctca tagccaggga tcagcttgaa     1320

caggctctta actgtgagat ctacggagcc tgctactcca tagaaccact ggatctacct     1380

ccaatcattc aaagactcca tggcctcagc gcattttcac tccacagtta ctctccaggt     1440

gaaatcaata gggtggccgc atgcctcaga aaacttgggg tcccgccctt gcgagcttgg     1500

agacaccggg cccggagcgt ccgcgctagg cttctgtcca gaggaggcag ggctgccata     1560

tgtggcaagt acctcttcaa ctgggcagta agaacaaagc tcaaactcac tccaatagcg     1620

gccgctggcc ggctggactt gtccggttgg ttcacggctg gctacagcgg gggagacatt     1680

tatcacagcg tgtctcatgc ccggccccgc tggttctggt tttgcctact cctgctcgct     1740

gcaggggtag gcatctacct cctccccaac cgatga                               1776


<210>  7
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Forward primer


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (2)..(2)
<223>  n is a, c, g, or t

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (5)..(5)
<223>  Y means T or C

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (8)..(8)
<223>  Y means T or C

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (12)..(12)
<223>  M means A or C

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (14)..(14)
<223>  n is a, c, g, or t

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (17)..(17)
<223>  Y means T or C

<400>  7
cntaygayac cmgntgyttt gactc                                             25


<210>  8
<211>  26
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Reverse primer


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (3)..(3)
<223>  R means G or A

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (6)..(6)
<223>  Y means T or C

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (18)..(18)
<223>  n is a, c, g, or t

<400>  8
gartayctgg tcatagcntc cgtgaa                                            26


<210>  9
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Bacteriophage M13

<400>  9
gttgtaaaac gacggccagt                                                   20


<210>  10
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Bacteriophage M13

<400>  10
cacaggaaac agctatgacc                                                   20


<210>  11
<211>  41
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Fragment of a forward primer including a fragment of 
       bacteriophage M13 + universal oligo A adapter for 
       454-pyrosequencing technology

<400>  11
cgtatcgcct ccctcgcgcc agttgtaaaa cgacggccag t                           41


<210>  12
<211>  41
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Fragment of a reverse primer including a fragment of 
       bacteriophage M3 + universal oligo B adapter for 
       454-pyrosequencing technology

<400>  12
ctatgcgcct tgccagcccg ccacaggaaa cagctatgac c                           41


<210>  13
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligo A adapter for forward primers in the 454-pyrosequence 
       technology

<400>  13
cgtatcgcct ccctcgcgcc a                                                 21


<210>  14
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligo B adapter for reverse primers in the 454-pyrosequencing 
       technology

<400>  14
ctatgcgcct tgccagcccg c                                                 21


<210>  15
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Reverse primer


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  N means (N)m, wherein N is any nucleotide selected from A, T, C 
       or G, and m is an integer from 0 to 25

<400>  15
nctagtcgcg cgcacaccca                                                   20


<210>  16
<211>  27
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Reverse primer


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  N means (N)m, wherein N is any nucleotide selected from A, T, C 
       or G, and m is an integer from 0 to 25

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (4)..(4)
<223>  n is a, c, g, or t

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (7)..(7)
<223>  D means G, A or T

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (13)..(13)
<223>  D means G, A or T

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (19)..(19)
<223>  W means A or T

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (22)..(22)
<223>  B means G, T or C

<400>  16
nttngadgag cadgatgtwa tbagctc                                           27


<210>  17
<211>  42
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Forward primer

<400>  17
gttgtaaaac gacggccagt gtctgcggaa ccggtgagta ca                          42


<210>  18
<211>  39
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Reverse primer

<400>  18
cacaggaaac agctatgacc ctagtcgcgc gcacaccca                              39


<210>  19
<211>  45
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Forward primer


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (22)..(22)
<223>  n is a, c, g, or t

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (25)..(25)
<223>  Y means T or C

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (28)..(28)
<223>  Y means T or C

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (32)..(32)
<223>  M means A or C

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (34)..(34)
<223>  n is a, c, g, or t

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (37)..(37)
<223>  Y means T or C

<400>  19
gttgtaaaac gacggccagt cntaygayac cmgntgyttt gactc                       45


<210>  20
<211>  46
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Reverse primer


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (23)..(23)
<223>  R means A or G

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (26)..(26)
<223>  Y means T or C

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (38)..(38)
<223>  N means A, C, G or T

<400>  20
cacaggaaac agctatgacc gartayctgg tcatagcntc cgtgaa                      46


<210>  21
<211>  55
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Forward primer

<400>  21
cgtatcgcct ccctcgcgcc atcagacgag tgcgtgttgt aaaacgacgg ccagt            55


<210>  22
<211>  55
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Reverse primer

<400>  22
ctatgcgcct tgccagcccg ctcagacgag tgcgtcacag gaaacagcta tgacc            55


<210>  23
<211>  55
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Forward primer

<400>  23
cgtatcgcct ccctcgcgcc atcagacgct cgacagttgt aaaacgacgg ccagt            55


<210>  24
<211>  55
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Reverse primer

<400>  24
ctatgcgcct tgccagcccg ctcagacgct cgacacacag gaaacagcta tgacc            55


<210>  25
<211>  55
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Forward primer

<400>  25
cgtatcgcct ccctcgcgcc atcagagacg cactcgttgt aaaacgacgg ccagt            55


<210>  26
<211>  55
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Reverse primer

<400>  26
ctatgcgcct tgccagcccg ctcagagacg cactccacag gaaacagcta tgacc            55


<210>  27
<211>  55
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Forward primer

<400>  27
cgtatcgcct ccctcgcgcc atcagagcac tgtaggttgt aaaacgacgg ccagt            55


<210>  28
<211>  55
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Reverse primer

<400>  28
ctatgcgcct tgccagcccg ctcagagcac tgtagcacag gaaacagcta tgacc            55


<210>  29
<211>  55
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Forward primer

<400>  29
cgtatcgcct ccctcgcgcc atcagatcag acacggttgt aaaacgacgg ccagt            55


<210>  30
<211>  55
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Reverse primer

<400>  30
ctatgcgcct tgccagcccg ctcagatcag acacgcacag gaaacagcta tgacc            55


<210>  31
<211>  10
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Molecular identifier

<400>  31
acgagtgcgt                                                              10


<210>  32
<211>  10
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Molecular identifier

<400>  32
acgctcgaca                                                              10


<210>  33
<211>  10
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Molecular identifier

<400>  33
agacgcactc                                                              10


<210>  34
<211>  10
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Molecular identifier

<400>  34
agcactgtag                                                              10


<210>  35
<211>  10
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Molecular identifier

<400>  35
atcagacacg                                                              10


<210>  36
<211>  26
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Reverse primer

<400>  36
ttagatgagc atgatgtaat gagctc                                            26


<210>  37
<211>  26
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Reverse primer

<400>  37
ttagatgagc atgatgtaat tagctc                                            26


<210>  38
<211>  26
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Reverse primer

<400>  38
ttagatgagc atgatgtaat cagctc                                            26


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<212>  DNA
<213>  Artificial

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<223>  Reverse primer

<400>  39
ttagatgagc atgatgttat gagctc                                            26


<210>  40
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<212>  DNA
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<223>  Reverse primer

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ttagatgagc atgatgttat tagctc                                            26


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<212>  DNA
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<223>  Reverse primer

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ttagatgagc atgatgttat cagctc                                            26


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<212>  DNA
<213>  Artificial

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ttagatgagc aggatgtaat gagctc                                            26


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ttagatgagc aggatgtaat tagctc                                            26


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ttagatgagc aagatgttat gagctc                                            26


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<213>  Artificial

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ttagatgagc aagatgttat cagctc                                            26


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catatgatac cagatgcttt gactc                                             25


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catatgatac cagatgtttt gactc                                             25


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catatgatac cagttgcttt gactc                                             25


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catatgatac cagttgtttt gactc                                             25


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catatgatac caggtgcttt gactc                                             25


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catatgatac caggtgtttt gactc                                             25


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catatgatac cagctgtttt gactc                                             25


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catatgatac ccgatgcttt gactc                                             25


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catatgatac ccgatgtttt gactc                                             25


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catatgatac ccgttgcttt gactc                                             25


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catatgatac ccgttgtttt gactc                                             25


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<223>  Forward primer

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catatgatac ccgctgtttt gactc                                             25


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<223>  Reverse primer

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<213>  Artificial

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gaatatctgg tcatagcttc cgtgaa                                            26


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