                         SEQUENCE LISTING

<110>  Lexogen GmbH
 
<120>  5 protection dependent amplification

<130>  r64264

<150>  EP12175694.4
<151>  2012-07-10

<160>  48    

<170>  PatentIn version 3.3

<210>  1
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  template nucleotide

<400>  1
gctaatacga ctcactatag tt                                              22


<210>  2
<211>  52
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  template nucleotide


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  ribonucleotide

<400>  2
aagcctatct atatgttctt gacaggtgac aactatagtg agtcgtatta gc             52


<210>  3
<211>  33
<212>  RNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  template nucleotide


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  5' triphosphate

<400>  3
guugucaccu gucaagaaca uauagauagg cuu                                  33


<210>  4
<211>  33
<212>  RNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  template nucleotide


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  5' m7Gppp (cap structure)

<400>  4
guugucaccu gucaagaaca uauagauagg cuu                                  33


<210>  5
<211>  33
<212>  RNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  template nucleotide


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  5' m7Gppp[m2'-O] (methylated cap structure)

<400>  5
guugucaccu gucaagaaca uauagauagg cuu                                  33


<210>  6
<211>  46
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  RT primer

<400>  6
ttcgaccttc agattagcaa cggagcctat ctatatgttc ttgaca                    46


<210>  7
<211>  32
<212>  RNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  template


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  5' monophosphate

<400>  7
guugucaccu gucaagaaca uauagauagg cu                                   32


<210>  8
<211>  32
<212>  RNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  template

<400>  8
guugucaccu gucaagaaca uauagauagg cu                                   32


<210>  9
<211>  55
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  cDNA

<400>  9
ttcgaccttc agattagcaa cggagcctat ctatatgttc ttgacaggtg acaac          55


<210>  10
<211>  27
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  linker


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  5' phosphate

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (27)..(27)
<223>  dideoxynucleotide

<400>  10
tatagtgagt cgtattacat atcaatc                                         27


<210>  11
<211>  28
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  adenylated linker


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  adenylation (ppA)

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (28)..(28)
<223>  dideoxynucleotide

<400>  11
atatagtgag tcgtattaca tatcaatc                                        28


<210>  12
<211>  26
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  double stranded part for adaptor


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  C3 spacer modification

<400>  12
attgatatgt aatacgactc actata                                          26


<210>  13
<211>  81
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  ligated cDNA

<400>  13
ttcgaccttc agattagcaa cggagcctat ctatatgttc ttgacaggtg acaactatag     60

tgagtcgtat tacatatcaa t                                               81


<210>  14
<211>  59
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  ligation to 3' OH or RNA


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  5' triphosphate

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (59)..(59)
<223>  dideoxynucleotide

<400>  14
guugucaccu gucaagaaca uauagauagg cutatagtga gtcgtattac atatcaatc      59


<210>  15
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  RT primer

<400>  15
ggcgtttttt tttttttttt ttv                                             23


<210>  16
<211>  27
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  primer

<400>  16
ttattgatat gtaatacgac tcactat                                         27


<210>  17
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  primer

<400>  17
ggcgtttttt tttttttttt tta                                             23


<210>  18
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  random nonamer primer with overhang


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  5' Amino C12 spacer

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (10)..(18)
<223>  n is a, c, g, or t

<400>  18
tctcaggcgn nnnnnnnn                                                   18


<210>  19
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  primer

<400>  19
tagaattacc acagttatcc aagta                                           25


<210>  20
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  primer

<400>  20
gtacttcagg gtcaggatac ct                                              22


<210>  21
<211>  26
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  primer

<400>  21
tatctgacat ctctacttta ggaatt                                          26


<210>  22
<211>  61
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  complementary nucleic acid


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  5' C12 Spacer

<400>  22
agtctaatcg ttgaatggcc gtcgttttga gcctatctat atgttcttga caggtgacaa     60

c                                                                     61


<210>  23
<211>  62
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  complementary nucleic acid


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  5' C12 Spacer

<400>  23
agtctaatcg ttgaatggcc gtcgttttga gcctatctat atgttcttga caggtgacaa     60

cc                                                                    62


<210>  24
<211>  63
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  complementary nucleic acid


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  5' C12 Spacer

<400>  24
agtctaatcg ttgaatggcc gtcgttttga gcctatctat atgttcttga caggtgacaa     60

ccc                                                                   63


<210>  25
<211>  64
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  complementary nucleic acid


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  5' C12 Spacer

<400>  25
agtctaatcg ttgaatggcc gtcgttttga gcctatctat atgttcttga caggtgacaa     60

cccc                                                                  64


<210>  26
<211>  67
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  complementary nucleic acid


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  5' C12 Spacer

<400>  26
agtctaatcg ttgaatggcc gtcgttttga gcctatctat atgttcttga caggtgacaa     60

ccccccc                                                               67


<210>  27
<211>  88
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  cDNA


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  5' C12 Spacer

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (88)..(88)
<223>  dideoxynucleotide

<400>  27
agtctaatcg ttgaatggcc gtcgttttga gcctatctat atgttcttga caggtgacaa     60

ctatagtgag tcgtattaca tatcaatc                                        88


<210>  28
<211>  89
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  cDNA


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  5' C12 Spacer

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (89)..(89)
<223>  dideoxynucleotide

<400>  28
agtctaatcg ttgaatggcc gtcgttttga gcctatctat atgttcttga caggtgacaa     60

cctatagtga gtcgtattac atatcaatc                                       89


<210>  29
<211>  247
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  cDNA


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (219)..(219)
<223>  n is a, c, g, or t

<400>  29
ttcatgtgag gcgggtggaa ctgtgttacg tagcagttca gtatgttcgg cttcccattc     60

tccggtgggt ggcgtgagta tacttgaatt tgaggggttt tctggatagc atacaggccg    120

gtcagtgaga caagcaccag aaagaccagg gtcaccgagc gagccatgct gacgactgaa    180

gcgaccgcga ctgaagcgcc gagtagcagc cactgaaant atagtgagtc gtattacata    240

tcaataa                                                              247


<210>  30
<211>  60
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  RNA - linker ligation product


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  5' cap -  (m7Gppp)

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (60)..(60)
<223>  dideoxynucleotide

<400>  30
guugucaccu gucaagaaca uauagauagg cuutatagtg agtcgtatta catatcaatc     60


<210>  31
<211>  60
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  ligation product


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  5' cap - m7Gppp[m2'-O]

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (60)..(60)
<223>  dideoxynucleotide

<400>  31
guugucaccu gucaagaaca uauagauagg cuutatagtg agtcgtatta catatcaatc     60


<210>  32
<211>  60
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  ligation product


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  5' triphosphate

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (60)..(60)
<223>  dideoxynucleotide

<400>  32
guugucaccu gucaagaaca uauagauagg cuutatagtg agtcgtatta catatcaatc     60


<210>  33
<211>  28
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  non-template nucleotide addition product


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  5' phosphate

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (28)..(28)
<223>  dideoxynucleotide (c)

<400>  33
ctatagtgag tcgtattaca tatcaatc                                        28


<210>  34
<211>  28
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  non-template nucleotide addition product


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  5' adenylation (ppA modification)

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (28)..(28)
<223>  dideoxynucleotide (c)

<400>  34
ctatagtgag tcgtattaca tatcaatc                                        28


<210>  35
<211>  30
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  non-template nucleotide addition product


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  5' Biotin modification

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (30)..(30)
<223>  deoxyA

<400>  35
ttggattgat atgtaatacg actcactata                                      30


<210>  36
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  non-template nucleotide addition product

<400>  36
tatgttcttg acaggtgaca ac                                              22


<210>  37
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  non-template nucleotide addition product

<400>  37
tatgttcttg acaggtgaca acc                                             23


<210>  38
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  non-template nucleotide addition product

<400>  38
tatgttcttg acaggtgaca accc                                            24


<210>  39
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  ligation product

<400>  39
tatgttcttg acaggtgaca acccc                                           25


<210>  40
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  5'PTO protected oligo dT primer

<400>  40
tatgttcttg acaggtgaca acccc                                           25


<210>  41
<211>  26
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  3 primer

<400>  41
tatgttcttg acaggtgaca accccc                                          26


<210>  42
<211>  50
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  5' primer


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (50)..(50)
<223>  dideoxynucleotide (c)

<400>  42
tatgttcttg acaggtgaca acctatagtg agtcgtatta catatcaatc                50


<210>  43
<211>  28
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  primer

<400>  43
tctcaggcgt tttttttttt tttttttv                                        28


<210>  44
<211>  27
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  primer

<400>  44
tctcaggcgt tttttttttt ttttttt                                         27


<210>  45
<211>  30
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  primer


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(1)
<223>  5' Biotin modification

<400>  45
ttggattgat atgtaatacg actcactata                                      30


<210>  46
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  primer

<400>  46
catatgcttg tctcaaagat taag                                            24


<210>  47
<211>  28
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  primer

<400>  47
cagtttctaa tatgctatac aatttatg                                        28


<210>  48
<211>  28
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  primer

<400>  48
tatttaaagt aagatataaa gaaggtga                                        28


