                         SEQUENCE LISTING

<110>  Califano, Joseph
 
<120>  HYPERMETHYLATED GENE MARKERS FOR HEAD AND NECK CANCER

<130>  111232-00101. P11916-02

<160>  82    

<170>  PatentIn version 3.5

<210>  1
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Forward primer for ZNF14

<400>  1
ggatatcgtg atttttcgga cgttg                                             25


<210>  2
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  reverse primer for ZNF14

<400>  2
cgactacgaa tccaactccc acaa                                              24


<210>  3
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ZNF14 probe

<400>  3
aaaccgaact acgcccgcga taacc                                             25


<210>  4
<211>  27
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ZNF160 forward primer

<400>  4
gaaatcgttt gaaatattta cgtcgtt                                           27


<210>  5
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ZNF160 reverse primer

<400>  5
aacgaaacta aacgaaacac gtta                                              24


<210>  6
<211>  31
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ZNF160 probe

<400>  6
acgatttcgt ataataccca caacccaacg c                                      31


<210>  7
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ZNF420 forward primer

<400>  7
ggtatggtgt tcggagcgtt                                                   20


<210>  8
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ZNF420 reverse primer

<400>  8
cacgcgaaac ctccaaatct                                                   20


<210>  9
<211>  26
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ZNF420 probe

<400>  9
tagaggtatc gttttcggag cgtagt                                            26


<210>  10
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Beta-actin forward primer

<400>  10
tggtgatgga ggaggtttag taagt                                             25


<210>  11
<211>  27
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Beta-actin reverse primer

<400>  11
aaccaataaa acctactcct cccttaa                                           27


<210>  12
<211>  30
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Beta-actin probe

<400>  12
accaccaccc aacacacaat aacaaacaca                                        30


<210>  13
<211>  30
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ADFP forward primer

<400>  13
gattttaggt agggttattt ttaattttta                                        30


<210>  14
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ADFP reverse primer

<400>  14
ccaaacaaac caaaaaacat tc                                                22


<210>  15
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ATP2A3 forward primer

<400>  15
ttggttatgt gaggaataat tttt                                              24


<210>  16
<211>  27
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ATP2A3 reverse primer

<400>  16
cccattctac aaaaaaaaaa ctaaaac                                           27


<210>  17
<211>  26
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ATP8A1 forward primer

<400>  17
gagtattatg ggtattaggg gttttt                                            26


<210>  18
<211>  27
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ATP8A1 reverse primer

<400>  18
actctctcac atcttactca aaaaaaa                                           27


<210>  19
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  BANK1 forward primer

<400>  19
tgagtagttt tatttttttt ggg                                               23


<210>  20
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  BANK1 reverse primer

<400>  20
aaaaaaaccc tctaaactac ctaac                                             25


<210>  21
<211>  27
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  BIN2 forward primer

<400>  21
ggtttagagt ttatttggag taagaaa                                           27


<210>  22
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  BIN2 reverse primer

<400>  22
tcaataataa acccacactc actc                                              24


<210>  23
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CCND2 forward primer

<400>  23
gggttggtta tggagttgtt g                                                 21


<210>  24
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CCND2 reverse primer

<400>  24
aacatccaaa taaccaccat tctac                                             25


<210>  25
<211>  27
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CHFR forward primer

<400>  25
ggatttgtgt gatttattgt gtgtaat                                           27


<210>  26
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CHFR reverse primer

<400>  26
accatcttta atcctaacca aac                                               23


<210>  27
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CLGN forward primer

<400>  27
gatttgtagg gggaattttt ttt                                               23


<210>  28
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CLGN reverse primer

<400>  28
aaaacccaat caaaacccta act                                               23


<210>  29
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CYP1B1 forward primer

<400>  29
atgaaagttt gttggtagag ttt                                               23


<210>  30
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CYP1B1 reverse primer

<400>  30
ctaaacacct actaccctca cta                                               23


<210>  31
<211>  29
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DTX1 forward primer

<400>  31
ttggaaataa agatgataaa gatttaagt                                         29


<210>  32
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DTX1 reverse primer

<400>  32
aaaataaaat ccctaaacac cc                                                22


<210>  33
<211>  27
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ENPP5 forward primer

<400>  33
gggggtaatt taggtagaag tgattat                                           27


<210>  34
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ENPP5 reverse primer

<400>  34
aattatattc ccaattccca atcat                                             25


<210>  35
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  FUZ forward primer

<400>  35
ggttttttgg ttttttttat ttttt                                             25


<210>  36
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  FUZ reverse primer

<400>  36
tccaaaaccc cacctactaa c                                                 21


<210>  37
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  FZD3 forward primer

<400>  37
gggtttattt ttgtttgttt a                                                 21


<210>  38
<211>  27
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  FZD3 reverse primer

<400>  38
aaacaccctt aacttctctt acaacaa                                           27


<210>  39
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  GLOXD1 forward primer

<400>  39
gtagttattg tgagtttttg ggttg                                             25


<210>  40
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  GLODX1 reverse primer

<400>  40
acctaaactt atccttctaa aacc                                              24


<210>  41
<211>  27
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  HAAO forward primer

<400>  41
tttttagatg ggaaagttaa attttga                                           27


<210>  42
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  HAAO reverse primer

<400>  42
aaaaaatcca aacccttcct aaac                                              24


<210>  43
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ICA1 forward primer

<400>  43
gggttgtagg aagtagtagg aga                                               23


<210>  44
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ICA1 reverse primer

<400>  44
cttatcaaca aatcaaccct aaac                                              24


<210>  45
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  IDUA forward primer

<400>  45
gttttattta ggaggttggg gtg                                               23


<210>  46
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  IDUA reverse primer

<400>  46
caaaaaccta tactcctcca aaaac                                             25


<210>  47
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  INA forward primer

<400>  47
ggtgggtgta ggggatattt t                                                 21


<210>  48
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  INA reverse primer

<400>  48
aaactcctac tcaaaatcta acc                                               23


<210>  49
<211>  27
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ITPKB forward primer

<400>  49
ggttgttttg gatagttaat gtttgtt                                           27


<210>  50
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ITPKB reverse primer

<400>  50
cctacaaaac ccaaaaaaaa cc                                                22


<210>  51
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  MAP4K1 forward primer

<400>  51
aggtgttaga agttgagttt tgagg                                             25


<210>  52
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  MAP4K1 reverse primer

<400>  52
atcaaaaact aaaaccccct cttac                                             25


<210>  53
<211>  28
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  MEF2C forward primer

<400>  53
aagagtgaaa ttgatgattt ttttagtt                                          28


<210>  54
<211>  28
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  MEF2C reverse primer

<400>  54
atacttctcc acctaattca aacataca                                          28


<210>  55
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ORAOV1 forward primer

<400>  55
ttttaaagtg ttgggatgat agg                                               23


<210>  56
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ORAOV1 reverse primer

<400>  56
cccaaaacaa cctatacata ac                                                22


<210>  57
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  PIP5K1B forward primer

<400>  57
ggggtttgta gtttttttag t                                                 21


<210>  58
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  PIP5K1B reverse primer

<400>  58
caacaaaaat acaaaacccc taaac                                             25


<210>  59
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  RASA4 forward primer

<400>  59
ttgagataga agaattgttt gaaat                                             25


<210>  60
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  RASA4 reverse primer

<400>  60
tcctaaaaaa caatacccct cc                                                22


<210>  61
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  RBP5 forward primer

<400>  61
tggggagaaa gaagttagaa gttag                                             25


<210>  62
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  RBP5 reverse primer

<400>  62
cctccttaaa tcccaaaacc t                                                 21


<210>  63
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  RECK forward primer

<400>  63
ttgaggtttt ggtttgttat ttat                                              24


<210>  64
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  RECK reverse primer

<400>  64
aaaacaaaaa tttctctcct caaac                                             25


<210>  65
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  TNFRSF13C forward primer

<400>  65
gagggttgaa aggattttgt g                                                 21


<210>  66
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  TNFRSF13C reverse primer

<400>  66
cttctctccc cctcaaaaac                                                   20


<210>  67
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  VILL forward primer

<400>  67
tttggggaag tttgtttgag a                                                 21


<210>  68
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  VILL reverse primer

<400>  68
acttacccca ttcaaaaata taaac                                             25


<210>  69
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ZNF14 bisulfite sequencing PCR primer

<400>  69
gttattggat ttgtttaatt agga                                              24


<210>  70
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ZNF14 bisulfite sequencing PCR primer

<400>  70
aaattaacta caaaaaaatc ccc                                               23


<210>  71
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ZNF141 forward primer

<400>  71
gagtttgggg agggagatat attt                                              24


<210>  72
<211>  27
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ZNF141 reverse primer

<400>  72
tcctcacaaa acctaattaa atacaca                                           27


<210>  73
<211>  30
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ZNF160 bisulfite sequencing forward primer

<400>  73
agaggaaagt agtttggttt ttaaaataat                                        30


<210>  74
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ZNF160 bisulfite sequencing reverse primer

<400>  74
aacaaaaacc ccaaaaaaaa                                                   20


<210>  75
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ZNF211 forward primer

<400>  75
tgaaaattta agataggggt atttt                                             25


<210>  76
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ZNF211 reverse primer

<400>  76
ctctcactta aaacttaaaa atctc                                             25


<210>  77
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ZNF420 bisulfite sequencing forward primer

<400>  77
gggataagta ggttttatag gt                                                22


<210>  78
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ZNF420 bisulfite sequencing reverse primer

<400>  78
aaaatccaaa atctaactcc c                                                 21


<210>  79
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ZNF585B forward primer

<400>  79
tgggttgaaa ttggttttta agt                                               23


<210>  80
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ZNF585B reverse primer

<400>  80
taactaaccc tacaaaccct caatc                                             25


<210>  81
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ZNF71 forward primer

<400>  81
gttttttgtg agatggagga gttta                                             25


<210>  82
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ZNF71 reverse primer

<400>  82
ctacctatct ctcacacaaa ccac                                              24


