                         SEQUENCE LISTING

<110>  Helmholtz-Zentrum fr Umweltforschung GmbH - UFZ
 
<120>  Aminoglykosid-spezifische Aptamere

<130>  P12.949WO

<150>  DE102011006612.8
<151>  2011-03-31

<160>  63    

<170>  PatentIn version 3.5

<210>  1
<211>  97
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DNA-Aptamer

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ataccagctt attcaattgg tggtaggatg ggctcgatcg aggtcttcag tcggctcggt       60

ttagtttatg ttctcctgta gatagtaagt gcaatct                                97


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<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DNA-Aptamer

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ttagtttatg ttctcctgta gatagtaagt gcaatct                                97


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<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DNA-Aptamer

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ctagtttatg ttctcctgta gatagtaagt gcaatct                                97


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<213>  Artificial Sequence

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<223>  DNA-Aptamer

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ctaatttatg ttctcctgta gatagtaagt gcaatct                                97


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ttagtttatg ttctcctgta gatagtaagt gcaatct                                97


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ataccagctt attcaattgg tggtaggatg ggctcgatcg aggtctttag tcggctcggt       60

ttagtttatg ttctcctgca gatagtaagt gcaatct                                97


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ttagtttatg ttcttctgta gatagtaagt gcaatct                                97


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gctcgatcga ggtcttcagt cggctcggtt tagtttatgt tctcctgtag atagtaagtg      120

caatct                                                                 126


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ataccagctt attcaattcg agggctcgtg aggctcgatt ttgtggttta agaattgtta       60

atgcggtgtt agtcttgtgc agatagtaag tgcaatct                               98


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ataccagctt attcaattcg agggctcgtg aggctcgatt ttgtggttta agaattgtta       60

atgcgatgtt agtcttgtgc agatagtaag tgcaatct                               98


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ataccagctt attcaattcg agggctcgtg aggctcgatt ttgtggttta agaattgtta       60

atgcggtgtt agtcttgtgt agatagtaag tgcaatct                               98


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ataccagctt attcaattcg agggctcgcg aggctcgatt ttgtggttta agaattgtta       60

atgcggtgtt agtcttgtcc agatagtaag tgcaatct                               98


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ataccagctt attcaattgg ggagatcttg aggctcgatc gatagtagct gtgacagtct       60

acgttttatg gtatgcgggt agatagtaag tgcaatct                               98


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ataccagctt attcaattgg tggggtatac cagcttattc aattggggag atcttgaggc       60

tcgatcgata gtagctgtga cagtctacgt tttatggtat gcgggtagat agtaagtgca      120

atct                                                                   124


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<223>  DNA-Aptamer

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ataccagctt attcaattgg ggccgatatg aggcttgatc tagtgtttta attggattat       60

ttgggactac tcttgttgcc agatagtaag tgcaatct                               98


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<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

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<223>  DNA-Aptamer

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ataccagctt attcaattgg ggccgatatg aggcttgatc tagtgtttta attggattat       60

ttgggattac tcttgttgcc agatagtaag tgcaatct                               98


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ataccagctt attcaattgg ggccgatatg aggcttgatc tagtgtttta attggattat       60

ttgggattac ttttgttgcc agatagtaag tgcaatct                               98


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aacagtagtg tttggtttgc agatagtaag tgcaatct                               98


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aacagtagtg tttggtttgc agatagtaag tgcaatct                               98


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<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DNA-Aptamer

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ataccagctt attcaattcg cgagagaatg aggctcgatc ttgagggttg tatgagtatc       60

aacagtagtg tttggtttgt agatagtaag tgcaatct                               98


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<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DNA-Aptamer

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ataccagctt attcaattca gggcggtatg aggctcgatc aaggtcggag cgagaatttt       60

ttcgcggagt cggctggatc agatagtaag tgcaatct                               98


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<213>  Artificial Sequence

<220>
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ataccagctt attcaattca gggcggtatg aggctcgatt aaggtcggag cgagaatttt       60

ctcgtggagt cggctggatc agatagtaag tgcaatct                               98


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<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DNA-Aptamer

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ataccagctt attcaattca gggtggtatg aggctcgatc aaggtcggag cgagaacttt       60

ttcgcggagt cggctggatc agatagtaag tgcaatct                               98


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<211>  98
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DNA-Aptamer

<400>  26
ataccagctt attcaattca gggcggtatg aggctcgatc aaggtcagag tgagaacttt       60

ctcgcggagt cggctggatc agatagtaag tgcaatct                               98


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<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DNA-Aptamer

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ataccagctt attcaattag catggtgctg aggcttgatc tggaggtcgt gaacgaaaat       60

tggtcgttta gttggctcgt agatagtaag tgcaatct                               98


<210>  28
<211>  98
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DNA-Aptamer

<400>  28
ataccagctt attcaattag gctagggttg aggcttgatc tggaggtcgt gaacgaaaat       60

tggtcgttta gttggctcgt agatagtaag tgcaatct                               98


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<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DNA-Aptamer

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ataccagctt attcaattat gcggggataa ggctcgattt gtggctctga tccatgatca       60

gtcgtcttac gtgcggtcca gatagtaagt gcaatct                                97


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<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DNA-Aptamer

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ataccagctt attcaattat gcggggatga ggcttgatct gtggctctga tccatgatca       60

gtcgtcttac gtgcggtcca gatagtaagt gcaatct                                97


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<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DNA-Aptamer

<400>  31
ataccagctt attcaattgc tgcggggatg aggctcggtc tgtggctctg atccatgatc       60

agtcgtctta cgtgcggtcc agatagtaag tgcaatct                               98


<210>  32
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<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DNA-Aptamer

<400>  32
ataccagctt attcaattag cccggtattg aggtcgatct cttatcctat ggcttgtccc       60

ccatggctcg gttatatcca gatagtaagt gcaatct                                97


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<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DNA-Aptamer

<400>  33
ataccagctt attcaattag cctggtattg aggtcgatct cttatcctat ggcttgtccc       60

ccatggctcg gttatatcca gatagtaagt gcaatct                                97


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<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DNA-Aptamer

<400>  34
ataccagctt attcaattgc caagatgctg aggtcaatgt attatggagg ctcgttgttg       60

gctcggtctt gctgcagata gtaagtgcaa tct                                    93


<210>  35
<211>  93
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DNA-Aptamer

<400>  35
ataccagctt attcaattgt caagatgctg aggtcaatgt attatggagg ctcgttgttg       60

gctcggtctt gctgcagata gtaagtgcaa tct                                    93


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<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DNA-Aptamer

<400>  36
ataccagctt attcaattgg tgggagtttg aggttcgatc aaggtcgaga tcgctagggc       60

gtcgtagttg gcttgcttgt agatagtaag tgcaatct                               98


<210>  37
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<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DNA-Aptamer

<400>  37
ataccagctt attcaattgt cagtggggta taccagctta ttcaattggg gtataattga       60

ggttcgatca acgggggtcg gtcgcggata gtgttagatt tctctatgca gatagtaagt      120

gcaatct                                                                127


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<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DNA-Aptamer

<400>  38
ataccagctt attcaattat gagcgggtgt gaggcttgat caatagaggt cgatagttgg       60

ctatattggc gtgtgtcaga tagtaagtgc aatct                                  95


<210>  39
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<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DNA-Aptamer

<400>  39
ataccagctt attcaattgc gtagatcatg aggctcgatc ttgcgtgcgg tcctagtggc       60

tcaatttctt tagttggtgc agatagtaag tgcaatct                               98


<210>  40
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<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DNA-Aptamer

<400>  40
ataccagctt attcaattga ggcgggatga ggttcgatct aggtcaaagt cggctagatc       60

attgtgtgat gttgtttgca gatagtaagt gcaatct                                97


<210>  41
<211>  96
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DNA-Aptamer

<400>  41
ataccagctt attcaattgt gaatcagaag gctcgatctg ttggcttgtt agaagagatg       60

tgatactata ctcggtgtag atagtaagtg caatct                                 96


<210>  42
<211>  98
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DNA-Aptamer

<400>  42
ataccagctt attcaattgg cgcagtattg aggcttgatc aaaggctcgg gtctaatact       60

tcctcttttt gagggcctgt agatagtaag tgcaatct                               98


<210>  43
<211>  98
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DNA-Aptamer

<400>  43
ataccagctt attcaattat gaggttagtg aggctcgatc aaggtcttta gtcggcttga       60

tcacattggg tgtacgttgt agatagtaag tgcaatct                               98


<210>  44
<211>  98
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DNA-Aptamer

<400>  44
ataccagctt attcaattgc gttaggtatg aggttcgatc ggctcgttat ttgtcgagta       60

ttccagtgtc aggttggggt agatagtaag tgcaatct                               98


<210>  45
<211>  98
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DNA-Aptamer: Zusammenfassung der Sequenzen der Gruppe 1 (SEQ ID 
       NOs: 1-10)


<220>
<221>  mutation
<222>  (30)..(30)
<223>  deletion

<220>
<221>  mutation
<222>  (31)..(31)
<223>  deletion

<400>  45
ataccagctt attcaattgg tggtaggatg aggctcgatc gaggtcttya gtyggctcgg       60

tytartttat gttctyytgy agatagtaag tgcaatct                               98


<210>  46
<211>  98
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DNA-Aptamer: Zusammenfassung der Sequenzen der Gruppe 2 (SEQ ID 
       NOs: 11-14)

<400>  46
ataccagctt attcaattcg agggctcgyg aggctcgatt ttgtggttta agaattgtta       60

atgcgrtgtt agtcttgtsy agatagtaag tgcaatct                               98


<210>  47
<211>  98
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DNA-Aptamer: Zusammenfassung der Sequenzen der Gruppe 3 (SEQ ID 
       NOs: 15-16)

<400>  47
ataccagctt attcaattgg ggagatcttg aggctcgatc gatagtagct gtgacagtct       60

acgttttatg gtatgcgggt agatagtaag tgcaatct                               98


<210>  48
<211>  98
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DNA-Aptamer: Zusammenfassung der Sequenzen der Gruppe 4 (SEQ ID 
       NOs: 17-19)

<400>  48
ataccagctt attcaattgg ggccgatatg aggcttgatc tagtgtttta attggattat       60

ttgggaytac tyttgttgcc agatagtaag tgcaatct                               98


<210>  49
<211>  98
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DNA-Aptamer: Zusammenfassung der Sequenzen der Gruppe 5 (SEQ ID 
       NOs: 20-22)

<400>  49
ataccagctt attcaattcg cgagagartg aggctcgatc ttgagggttg tatgagtatc       60

aacagtagtg tttggtttgy agatagtaag tgcaatct                               98


<210>  50
<211>  98
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DNA-Aptamer: Zusammenfassung der Sequenzen der Gruppe 6 (SEQ ID 
       NOs: 23-26)

<400>  50
ataccagctt attcaattca gggyggtatg aggctcgaty aaggtcrgag ygagaayttt       60

ytcgyggagt cggctggatc agatagtaag tgcaatct                               98


<210>  51
<211>  98
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DNA-Aptamer: Zusammenfassung der Sequenzen der Gruppe 7 (SEQ ID 
       NOs: 27-28)

<400>  51
ataccagctt attcaattag smtrgkgytg aggcttgatc tggaggtcgt gaacgaaaat       60

tggtcgttta gttggctcgt agatagtaag tgcaatct                               98


<210>  52
<211>  98
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DNA-Aptamer: Zusammenfassung der Sequenzen der Gruppe 8 (SEQ ID 
       NOs: 29-31)


<220>
<221>  mutation
<222>  (20)..(20)
<223>  deletion

<400>  52
ataccagctt attcaattrc tgcggggatr aggctygrty tgtggctctg atccatgatc       60

agtcgtctta cgtgcggtcc agatagtaag tgcaatct                               98


<210>  53
<211>  97
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DNA-Aptamer: Zusammenfassung der Sequenzen der Gruppe 9 (SEQ ID 
       NOs: 32-33)

<400>  53
ataccagctt attcaattag ccyggtattg aggtcgatct cttatcctat ggcttgtccc       60

ccatggctcg gttatatcca gatagtaagt gcaatct                                97


<210>  54
<211>  93
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DNA-Aptamer: Zusammenfassung der Sequenzen der Gruppe 10 (SEQ ID 
       NOs: 34-35)

<400>  54
ataccagctt attcaattgy caagatgctg aggtcaatgt attatggagg ctcgttgttg       60

gctcggtctt gctgcagata gtaagtgcaa tct                                    93


<210>  55
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  bereinstimmendes Sequenzmotiv innerhalb der Gruppen 1 und 6


<220>
<221>  mutation
<222>  (5)..(5)
<223>  deletion

<220>
<221>  mutation
<222>  (6)..(6)
<223>  deletion

<400>  55
gkatgaggct cgatyraggt c                                                 21


<210>  56
<211>  15
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  bereinstimmendes Sequenzmotiv innerhalb der Gruppen 1 und 8


<220>
<221>  mutation
<222>  (5)..(5)
<223>  deletion

<220>
<221>  mutation
<222>  (6)..(6)
<223>  deletion

<400>  56
ggatraggct ygrty                                                        15


<210>  57
<211>  15
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  bereinstimmendes Sequenzmotiv innerhalb der Gruppen 6 und 8

<400>  57
gkatraggct ygrty                                                        15


<210>  58
<211>  15
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  bereinstimmendes Sequenzmotiv innerhalb der Gruppen 1, 6 und 8


<220>
<221>  mutation
<222>  (5)..(5)
<223>  deletion

<220>
<221>  mutation
<222>  (6)..(6)
<223>  deletion

<400>  58
gkatraggct ygrty                                                        15


<210>  59
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Sense-Primer

<400>  59
ataccagctt attcaatt                                                     18


<210>  60
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Bindungsregion fr Antisense-Primer

<400>  60
agatagtaag tgcaatct                                                     18


<210>  61
<211>  12
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  komplementrer Bereich fr Fngersequenz fr Capture-Selex 
       Prozess

<400>  61
tgaggctcga tc                                                           12


<210>  62
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Antisense-Primer

<400>  62
agattgcact tactatct                                                     18


<210>  63
<211>  12
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Fngersequenz fr Capture-Selex Prozess

<400>  63
gatcgagcct ca                                                           12


