                         SEQUENCE LISTING

<110>  Veridex, LLC
 
<120>  GENE-BASED PREDICTION OF PSA RECURRENCE FOR CLINICALLY LOCALIZED 
       PROSTATE CANCER PATIENTS

<130>  VDX5139USNP

<150>  61/320398
<151>  2010-04-02

<160>  99    

<170>  PatentIn version 3.5

<210>  1
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Oligonucleotide primer

<400>  1
gggttggaag gatttcctga a                                                 21


<210>  2
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Oligonucleotide primer

<400>  2
ccctgcactc attttcctta ctg                                               23


<210>  3
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Oligonucleotide Probe

<400>  3
tagaagacaa acgttagcat ac                                                22


<210>  4
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Oligonucleotide primer

<400>  4
gcactcaaga gcaagctcag ag                                                22


<210>  5
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Oligonucleotide primer

<400>  5
tcgtttcctc gcctggtg                                                     18


<210>  6
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Oligonucleotide probe

<400>  6
aggaaacttc gcagtgat                                                     18


<210>  7
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Oligonucleotide primer

<400>  7
agtttaccaa ctgggtgatg tcag                                              24


<210>  8
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Oligonucleotide primer

<400>  8
ttgatatgcc acgtctctga gg                                                22


<210>  9
<211>  17
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Oligonucleotide probe

<400>  9
atggcacaga atatcag                                                      17


<210>  10
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Oligonucleotide primer

<400>  10
tgcagtggaa agggatcgc                                                    19


<210>  11
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Oligonucleotide primer

<400>  11
cccagatttg gtatgtggca                                                   20


<210>  12
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Oligonucleotide probe

<400>  12
cataatgtgc cggatgactg aata                                              24


<210>  13
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Oligonucleotide primer

<400>  13
gcactcaaga gcaagctcag a                                                 21


<210>  14
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Oligonucleotide primer

<400>  14
tagaaggaac gaaagaggtc tc                                                22


<210>  15
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Oligonucleotide probe

<400>  15
ccacaggaaa cttcgcagtg at                                                22


<210>  16
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Oligonucleotide primer

<400>  16
gggatagtga agtttaccaa c                                                 21


<210>  17
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Oligonucleotide primer

<400>  17
ttgatatgcc acgtctctga                                                   20


<210>  18
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Oligonucleotide probe

<400>  18
cagtcaaaag acaacatggc acag                                              24


<210>  19
<211>  16
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Oligonucleotide primer

<400>  19
ttcgcaagct ggctga                                                       16


<210>  20
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Oligonucleotide primer

<400>  20
catgagcagg gaggtgaa                                                     18


<210>  21
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Oligonucleotide probe

<400>  21
agctttggtg ggggaactgg ttct                                              24


<210>  22
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Oligonucleotide primer

<400>  22
caagtgtcag tctggtgca                                                    19


<210>  23
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Oligonucleotide primer

<400>  23
gttgtttcaa agtgtccata ac                                                22


<210>  24
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Oligonucleotide probe

<400>  24
ctaggaatga gtcgccaccc ac                                                22


<210>  25
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Oligonucleotide primer

<400>  25
agccttcctt cctgggtat                                                    19


<210>  26
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Oligonucleotide primer

<400>  26
tgatggagtt gaaggtggt                                                    19


<210>  27
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  Oligonucleotide probe

<400>  27
gaatcttgcg gcatccacga                                                   20


<210>  28
<211>  13
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ACTG1 Oligonucleotide probe

<400>  28
ttgcggcatc cac                                                          13


<210>  29
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ACTG1 Oligonucleotide primer

<400>  29
cagccttcct tcctgggtat g                                                 21


<210>  30
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ACTG1 Oligonucleotide primer

<400>  30
catgatggag ttgaaggtgg tct                                               23


<210>  31
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ACTG2 Oligonucleotide probe

<400>  31
catgagacaa cctacaatt                                                    19


<210>  32
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ACTG2 Oligonucleotide primer

<400>  32
tttattggca tggagtccgc                                                   20


<210>  33
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ACTG2 Oligonucleotide primer

<400>  33
ccttacggat gtcaatgtca cact                                              24


<210>  34
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ALAS1 Oligonucleotide probe

<400>  34
cagtatgatc gtttctttga g                                                 21


<210>  35
<211>  26
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ALAS1 Oligonucleotide primer

<400>  35
ataacttgcc aaaatctgtt tccact                                            26


<210>  36
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  ALAS1 Oligonucleotide primer

<400>  36
aaactcgata ggtgtggtca ttctt                                             25


<210>  37
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CALD1 Oligonucleotide probe

<400>  37
atgcctgatg acctataa                                                     18


<210>  38
<211>  28
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CALD1 Oligonucleotide primer

<400>  38
catggcagat aggtatcaat atgttttc                                          28


<210>  39
<211>  30
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CALD1 Oligonucleotide primer

<400>  39
tcaactcctt ctaacagttc taatctctct                                        30


<210>  40
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CBX3 Oligonucleotide probe

<400>  40
atttgccaga ggtcttgat                                                    19


<210>  41
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CBX3 Oligonucleotide primer

<400>  41
aaagagatgc tgctgacaaa cca                                               23


<210>  42
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  CBX3 Oligonucleotide primer

<400>  42
catcaattct ccactgctgt ctg                                               23


<210>  43
<211>  17
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DCHS1 Oligonucleotide probe

<400>  43
tgaacagctc aacaggg                                                      17


<210>  44
<211>  17
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DCHS1 Oligonucleotide primer

<400>  44
gccgtgaggc atttgca                                                      17


<210>  45
<211>  17
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DCHS1 Oligonucleotide primer

<400>  45
cactcgcgca cgcaact                                                      17


<210>  46
<211>  16
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DKK3 Oligonucleotide probe

<400>  46
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<210>  47
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<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DKK3 Oligonucleotide primer

<400>  47
cgagaaattc acaagataac caaca                                             25


<210>  48
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  DKK3 Oligonucleotide primer

<400>  48
ctgccttctt cgtctcccac                                                   20


<210>  49
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<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  FLNA Oligonucleotide probe

<400>  49
atggcccaag gac                                                          13


<210>  50
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<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  FLNA Oligonucleotide primer

<400>  50
cagcaaagca ggcaacaaca t                                                 21


<210>  51
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  FLNA Oligonucleotide primer

<400>  51
cgtgcttcac caggatctcc                                                   20


<210>  52
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  FLNC Oligonucleotide probe

<400>  52
caaccccaga gttttaagga                                                   20


<210>  53
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  FLNC Oligonucleotide primer

<400>  53
ggtctggtct ctctggtggc t                                                 21


<210>  54
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  FLNC Oligonucleotide primer

<400>  54
ttctctgatt gtgctttcct ttcc                                              24


<210>  55
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  GAS1 Oligonucleotide probe

<400>  55
tatagaatcc atttgtcatc agg                                               23


<210>  56
<211>  26
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  GAS1 Oligonucleotide primer

<400>  56
actcacatcc atattacacc tttccc                                            26


<210>  57
<211>  29
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  GAS1 Oligonucleotide primer

<400>  57
taaatatagc acacttcaca atggactgt                                         29


<210>  58
<211>  16
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  GSN Oligonucleotide probe

<400>  58
ccgagttcct caaggc                                                       16


<210>  59
<211>  16
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  GSN Oligonucleotide primer

<400>  59
gcggcccaac agcatg                                                       16


<210>  60
<211>  17
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  GSN Oligonucleotide primer

<400>  60
tgcaggccag gctcctt                                                      17


<210>  61
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  HIST1H3D Oligonucleotide probe

<400>  61
aagttcgcaa tggctcgta                                                    19


<210>  62
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  HIST1H3D Oligonucleotide primer

<400>  62
caaggccaag gcaggtttta g                                                 21


<210>  63
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  HIST1H3D Oligonucleotide primer

<400>  63
cacccgtgga cttgcgag                                                     18


<210>  64
<211>  15
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  LIMS2 Oligonucleotide probe

<400>  64
tccacaccca caagc                                                        15


<210>  65
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  LIMS2 Oligonucleotide primer

<400>  65
cacactgagc cagcaagtcc t                                                 21


<210>  66
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  LIMS2 Oligonucleotide primer

<400>  66
ttccgaagga tggaggtgg                                                    19


<210>  67
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  LMOD1 Oligonucleotide probe

<400>  67
ctgaactgtg agtcctgat                                                    19


<210>  68
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  LMOD1 Oligonucleotide primer

<400>  68
gctgtgcccc acctgttg                                                     18


<210>  69
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  LMOD1 Oligonucleotide primer

<400>  69
tagagtcctc cagggagccc                                                   20


<210>  70
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  MT1X Oligonucleotide probe

<400>  70
ctcgaaatgg accccaac                                                     18


<210>  71
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  MT1X Oligonucleotide primer

<400>  71
gatcgggaac tcctgcttct c                                                 21


<210>  72
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  MT1X Oligonucleotide primer

<400>  72
caggagccaa caggcgag                                                     18


<210>  73
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  MYLK Oligonucleotide probe

<400>  73
tctgaagaag atgtgtccca                                                   20


<210>  74
<211>  16
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  MYLK Oligonucleotide primer

<400>  74
ccagcccgct caatgc                                                       16


<210>  75
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  MYLK Oligonucleotide primer

<400>  75
ctcagcaaca gcctcaagga a                                                 21


<210>  76
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  PDLIM3 Oligonucleotide probe

<400>  76
gaagatcaca ccttttaatg                                                   20


<210>  77
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  PDLIM3 Oligonucleotide primer

<400>  77
ggataatggc aagccactca taa                                               23


<210>  78
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  PDLIM3 Oligonucleotide primer

<400>  78
tctgtttctc tccttctctc ttcca                                             25


<210>  79
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  PDLIM7 Oligonucleotide probe

<400>  79
ctgaagatga cctggcacg                                                    19


<210>  80
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  PDLIM7 Oligonucleotide primer

<400>  80
gaagaagatt acaggcgaga tcatg                                             25


<210>  81
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  PDLIM7 Oligonucleotide primer

<400>  81
caggcagcac aggtaaagca                                                   20


<210>  82
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  RASL12 Oligonucleotide probe

<400>  82
cttcccgacc cacaggccag ct                                                22


<210>  83
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  RASL12 Oligonucleotide primer

<400>  83
accacatgct tgcagtccta ca                                                22


<210>  84
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  RASL12 Oligonucleotide primer

<400>  84
agtggcctgg agcaaaagtg                                                   20


<210>  85
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  SH3BGRL Oligonucleotide probe

<400>  85
ctagcaaaga gattagactt t                                                 21


<210>  86
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  SH3BGRL Oligonucleotide primer

<400>  86
catgaagtgg gatgccaagt aa                                                22


<210>  87
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  SH3BGRL Oligonucleotide primer

<400>  87
gatcgccaac ctgttttata agagt                                             25


<210>  88
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  SMTN Oligonucleotide probe

<400>  88
ttcacctatg tgcagtcg                                                     18


<210>  89
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  SMTN Oligonucleotide primer

<400>  89
gcaagaagcc tgaccccaa                                                    19


<210>  90
<211>  16
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  SMTN Oligonucleotide primer

<400>  90
tcgtggcgtc gcaggt                                                       16


<210>  91
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  SORBS1 Oligonucleotide probe

<400>  91
ctttaatggt gatacacaag taga                                              24


<210>  92
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  SORBS1 Oligonucleotide primer

<400>  92
ccagtgcagg ttttggaata tg                                                22


<210>  93
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  SORBS1 Oligonucleotide primer

<400>  93
tgatcctctc accctttctg aag                                               23


<210>  94
<211>  15
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  TNS1 Oligonucleotide probe

<400>  94
cacggcatcc ccaac                                                        15


<210>  95
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  TNS1 Oligonucleotide primer

<400>  95
aagcccttgt ttctgcacca                                                   20


<210>  96
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  TNS1 Oligonucleotide primer

<400>  96
gccgacatcc tcctttagac tc                                                22


<210>  97
<211>  17
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  TUBA Oligonucleotide probe

<400>  97
cgggctgtgt ttgtaga                                                      17


<210>  98
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  TUBA Oligonucleotide primer

<400>  98
gactccttca acaccttctt cagtg                                             25


<210>  99
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  TUBA Oligonucleotide primer

<400>  99
tgcgaacttc atcaatgact gtg                                               23


