                         SEQUENCE LISTING

<110>  New England Biolabs, Inc.
       Bitinaite, Jurate
       Vaisvila, Romaldas
       Pradhan, Sriharsa
       Zheng, Yu
       Roberts, Richard J.
       Chin, Hang-Gyeong 
       Cohen-Karni, Devora 
       Noren, Christopher 
       Raleigh, Elisabeth 
 
<120>  Detection and Quantification of Hydroxymethylated Nucleotides in 
       a Polynucleotide Preparation

<130>  NEB-326-PCT

<150>  61/275,136
<151>  2009-08-25

<150>  61/254,346
<151>  2009-10-23

<150>  61/354,826
<151>  2010-06-15

<150>  61/370,037
<151>  2010-08-02


<160>  49    

<170>  PatentIn version 3.4

<210>  1
<211>  19
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  primer

<400>  1
gaacagcaga gggagatag                                                  19


<210>  2
<211>  20
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  primer

<400>  2
caagcctgga gttaagagag                                                 20


<210>  3
<211>  20
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  primer

<400>  3
gtgtgttctc caccaagtgt                                                 20


<210>  4
<211>  20
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  primer

<400>  4
ctttcttctc ccagcatcag                                                 20


<210>  5
<211>  20
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  primer

<400>  5
atacagtggc ttgggagagg                                                 20


<210>  6
<211>  22
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  primer

<400>  6
gtgacataga ctgagaggag ac                                              22


<210>  7
<211>  20
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  primer

<400>  7
tccttaccct gaatgactcc                                                 20


<210>  8
<211>  20
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  primer

<400>  8
caacccacac tattcccttg                                                 20


<210>  9
<211>  33
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  primer

<400>  9
acactctttc cctacacgac gctcttccga tct                                  33


<210>  10
<211>  33
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  primer

<400>  10
gatcggaaga gctcgtatgc cgtcttctgc ttg                                  33


<210>  11
<211>  35
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  primer

<400>  11
acactctttc cctacacgac gctcttccga tctgg                                35


<210>  12
<211>  35
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  primer

<400>  12
cagatcggaa gagctcgtat gccgtcttct gcttg                                35


<210>  13
<211>  38
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  primer

<400>  13
acactctttc cctacacgac gctcttccga tctcacgg                             38


<210>  14
<211>  38
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  primer

<400>  14
cgtgagatcg gaagagctcg tatgccgtct tctgcttg                             38


<210>  15
<211>  38
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  primer

<400>  15
acactctttc cctacacgac gctcttccga tcttatgg                             38


<210>  16
<211>  38
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  primer

<400>  16
cataagatcg gaagagctcg tatgccgtct tctgcttg                             38


<210>  17
<211>  16
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  primer

<400>  17
atggtcmagg agccag                                                     16


<210>  18
<211>  16
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  primer

<400>  18
tggctcmtgg accatg                                                     16


<210>  19
<211>  19
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  oligonucleotide

<400>  19
acacccatca catttacac                                                  19


<210>  20
<211>  45
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  oligonucleotide

<400>  20
ccaactctac attcaactct tatccggtgt aaatgtgatg ggtgt                     45


<210>  21
<211>  45
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  primer

<400>  21
acacccatca catttacacc ggataagagt tgaatgtaga gttgg                     45


<210>  22
<211>  45
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  primer

<400>  22
ccaactctac attcaactct tatccggtgt aaaugtgatg ggtgt                     45


<210>  23
<211>  27
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  primer

<400>  23
ggttaattgg ccaaggtaac cagatag                                         27


<210>  24
<211>  45
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  primer

<400>  24
ccaactcuac atucaacuct tauccggugt aaaugtgaug ggugt                     45


<210>  25
<211>  45
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  primer

<400>  25
ccaactcuac atucaacuct tauccggugt aaaugtgaug ggugt                     45


<210>  26
<211>  37
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  primer

<400>  26
ccaactcaca tcaaccttac cgggtaaagt gaggggt                              37


<210>  27
<211>  24
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  primer

<400>  27
ccaactctac attcaactct tatc                                            24


<210>  28
<211>  45
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  oligonucleotide

<400>  28
tcagtgaagt tggcagactg agccaggtcc cacagatgca gtgac                     45


<210>  29
<211>  51
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  oligonucleotide

<400>  29
actccgguca ctgcatctgt gggacctggc tcagtctgcc aacttcactg a              51


<210>  30
<211>  51
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  oligonucleotide

<400>  30
tcagtgaagt tggcagactg agccaggtcc cacagatgca gtgaccggag t              51


<210>  31
<211>  51
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  oligonucleotide

<400>  31
actccgguca ctgcatctgt gggacctggc tcagtctgcc aacttcactg a              51


<210>  32
<211>  51
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  oligonucleotide

<400>  32
tcagtgaagt tggcagactg agccaggtcc cacagatgca gtgaccggag t              51


<210>  33
<211>  43
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  oligonucleotide

<400>  33
cactgcatct gtgggacctg gctcagtctg ccaacttcac tga                       43


<210>  34
<211>  59
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  oligonucleotide

<400>  34
accggaguca ttgccaaact ctgcaggaga gcaagggctg tctataggtg gcaagtcag      59


<210>  35
<211>  55
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  oligonucleotide

<400>  35
ctgacttgcc acctatagac agcccttgct ctcctgcaga gtttggcaat gactc          55


<210>  36
<211>  59
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  oligonucleotide

<400>  36
accggaguca ttgccaaact ctgcaggaga gcaagggctg tctataggtg gcaagtcag      59


<210>  37
<211>  59
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  oligonucleotide

<400>  37
ctgacttgcc acctatagac agcccttgct ctcctgcaga gtttggcaat gactccggt      59


<210>  38
<211>  51
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  oligonucleotide

<400>  38
cattgccaaa ctctgcagga gagcaagggc tgtctatagg tggcaagtca g              51


<210>  39
<211>  59
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  oligonucleotide

<400>  39
ctgacttgcc acctatagac agcccttgct ctcctgcaga gtttggcaat gactccggt      59


<210>  40
<211>  102
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  oligonucleotide

<400>  40
tcagtgaagt tggcagactg agccaggtcc cacagatgca gtgaccggag tcattgccaa     60

actctgcagg agagcaaggg ctgtctatag gtggcaagtc ag                       102


<210>  41
<211>  102
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  oligonucleotide

<400>  41
ctgacttgcc acctatagac agcccttgct ctcctgcaga gtttggcaat gactccggtc     60

actgcatctg tgggacctgg ctcagtctgc caacttcact ga                       102


<210>  42
<211>  45
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  oligonucleotide

<400>  42
ccaacuctac autcaacuct tauccggugt aaaugtgaug ggugt                     45


<210>  43
<211>  59
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  oligonucleotide

<400>  43
actgctggtt acagtgctgt aactatacga tagctatctg gttaggcatg gccctggta      59


<210>  44
<211>  16
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  oligonucleotide

<400>  44
ttaaggcctt ggcagt                                                     16


<210>  45
<211>  12
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  oligonucleotide

<400>  45
ccaaggcctt aa                                                         12


<210>  46
<211>  16
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  oligonucleotide

<400>  46
ccttggccaa ttaacc                                                     16


<210>  47
<211>  20
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  oligonucleotide

<400>  47
ggttaattgg ccaaggtaac                                                 20


<210>  48
<211>  61
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  oligonucleotide

<400>  48
ttaaggcctt ggcagtgctg taactatacg atagctatct ggttaccttg gccaattaac     60

c                                                                     61


<210>  49
<211>  26
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  primer

<400>  49
ttaaggcctt ggcagtgctg taacta                                          26


