                         SEQUENZ PROTOKOLL

<110>  Eberhard-Karls-Universitt Tbingen Universittsklinikum
 
<120>  Diagnostische Marker fr die Bestimmung der Prdisposition der 
       Entwicklung von Gebrmutterhalskrebs und fr die Bestimmung 
       eingesetzte Oligonukleotide

<130>  5402P435WO

<160>  51    

<170>  PatentIn version 3.3

<210>  1
<211>  547
<212>  DNA
<213>  Homo sapiens

<400>  1
cttcgttcgc agagcttttc agattgtgga atgttggata aggaattata gacctctagt     60

agctgaaatg caagacccca agaggaagtt cagatcttaa tataaattca ctttcatttt    120

tgatagctgt cccatctggt catgtggttg gcactagact ggtggcaggg gcttctagct    180

gactcgcaca gggattctca caatagccga tatcagaatt tgtgttgaag gaacttgtct    240

cttcatctaa tatgatagcg ggaaaaggag aggaaactac tgcctttaga aaatataagt    300

aaagtgatta aagtgctcac gttaccttga cacatagttt ttcagtctat gggtttagtt    360

actttagatg gcaagcatgt aacttatatt aatagtaatt tgtaaagttg ggtggataag    420

ctatccctgt tgccggttca tggattactt ctctataaaa aatatatatt taccaaaaaa    480

ttttgtgaca ttccttctcc catctcttcc ttgacatgca ttgtaaatag gttcttcttg    540

ttctgag                                                              547


<210>  2
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Knstliche Sequenz

<220>
<223>  forward Primer SERPINB5

<400>  2
gttgccggtt catggattac                                                 20


<210>  3
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Knstliche Sequenz

<220>
<223>  reverse Primer SERPINB5

<400>  3
gcatgtcaag gaagagatgg                                                 20


<210>  4
<211>  370
<212>  DNA
<213>  Homo sapiens

<400>  4
gaggcagttg ttaaattgag tgaccaattt aagcaatcag atatttgaaa actgcaccct     60

ttagttttga aactgtgaat tagaaacact tttcctgctg tattactacc tgctttaaca    120

tccaaatata cagtgatttt aaatgataac atactgtggt tattagatta acagcttgat    180

tttgaatgtt cagatgataa tgcagaagac atcacttcta gtaaggattt tgactagtgc    240

attgatgttg aagttggtgc catttcaaaa tgtggcaggt gataatcttt taccataatt    300

tgcataaaac tgtaatagaa gtttattttg agatgttagt atattatgta ctatgcattt    360

ctgtggtata                                                           370


<210>  5
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Knstliche Sequenz

<220>
<223>  forward Primer CAND1

<400>  5
gcttgatttt gaatgttcag atg                                             23


<210>  6
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Knstliche Sequenz

<220>
<223>  reverse Primer CAND1

<400>  6
gattatcacc tgccacattt tg                                              22


<210>  7
<211>  360
<212>  DNA
<213>  Homo sapiens


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (201)..(206)
<223>  n is a, c, g, or t

<400>  7
aagcatacgt gctatgactc tctccagttt gaatatgcaa ttgttttcac aggcaggatg     60

tctgttttct gcctgtattt cccagtgatt tactctaggg taaggtagta cacatttggt    120

tcagaaatta atttttattt ctcctatatc ttgttttatc aagattttgt tgtggcattt    180

caatgtaaat tataacacca nnnnnntcat ttgagtatac ataattcaaa agaactactt    240

gatgcagtat agtcttaagg gttctgcata cattttagaa acatcttagc cgtaagttag    300

gtcctgtgtt aaactgttta gtgctctgtt tttaagaaaa caaatgttga acctcacact    360


<210>  8
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Knstliche Sequenz

<220>
<223>  forward Primer CPSF2

<400>  8
gccgtaagtt aggtcctgtg tt                                              22


<210>  9
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Knstliche Sequenz

<220>
<223>  reverse Primer CPSF2

<400>  9
tgcttgggtg accttaggag                                                 20


<210>  10
<211>  531
<212>  DNA
<213>  Homo sapiens

<400>  10
ctctcctgta tgcgtttctt gatgggacat ttagcaaata cctctgccgc tgtttccatc     60

tgcgtagtaa caccccactt caacccaggg ggcagtctgc acaaggcaca tcgagggaag    120

aacctgacca ttccaccgaa gtgtaaacta gcatccacca aatgcaagaa gaataaacat    180

ggattttcat ctttctgcat tatttcatgt aaattttcta cacatttgta tacaaaatcg    240

gatacaggaa gaaaagggag aggtgagcta acatttgcta agcactgaat ttgtctcagg    300

caccgtgcaa ggctctttac aaacgtgagc tccttcgcct cctaccactt gtccatagtg    360

tggataggac tagtctcatt tctctgagaa gaaaactaag gcgcggaaat ttgtctaaga    420

tcacataact aggaagtggc agaactgatt ctccagccct ggtagcattt gctcagagcc    480

tacgcttggt ccagaacatc aaactccaaa ccctggggac aaacgacatg a             531


<210>  11
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Knstliche Sequenz

<220>
<223>  forward Primer CCRL2

<400>  11
ggcgcggaaa tttgtctaag                                                 20


<210>  12
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Knstliche Sequenz

<220>
<223>  reverse Primer CCRL2

<400>  12
ccagggtttg gagtttgatg                                                 20


<210>  13
<211>  490
<212>  DNA
<213>  Homo sapiens

<400>  13
ggatacccca ttgtgaagcc agggcccaac tgtggatttg gaaaaactgg cattattgat     60

tatggaatcc gtctcaatag gagtgaaaga tgggatgcct attgctacaa cccacacgca    120

aaggagtgtg gtggcgtctt tacagatcca aagcaaattt ttaaatctcc aggcttccca    180

aatgagtacg aagataacca aatctgctac tggcacatta gactcaagta tggtcagcgt    240

attcacctga gttttttaga ttttgacctt gaagatgacc caggttgctt ggctgattat    300

gttgaaatat atgacagtta cgatgatgtc catggctttg tgggaagata ctgtggagat    360

gagcttccag atgacatcat cagtacagga aatgtcatga ccttgaagtt tctaagtgat    420

gcttcagtga cagctggagg tttccaaatc aaatatgttg caatggatcc tgtatccaaa    480

tccagtcaag                                                           490


<210>  14
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Knstliche Sequenz

<220>
<223>  forward Primer TNFAIP6

<400>  14
ttgaagatga cccaggttgc                                                 20


<210>  15
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Knstliche Sequenz

<220>
<223>  reverse Primer TNFAIP6

<400>  15
catctggaag ctcatctcca c                                               21


<210>  16
<211>  562
<212>  DNA
<213>  Homo sapiens

<400>  16
ctggatcacc gacagcacag acagaatccc tgctaccaga gaccaagaca cattccaccc     60

cagtgggggg tcccatacca ctcatgaatc tgaatcagat ggacactcac atgggagtca    120

agaaggtgga gcaaacacaa cctctggtcc tataaggaca ccccaaattc cagaatggct    180

gatcatcttg gcatccctct tggccttggc tttgattctt gcagtttgca ttgcagtcaa    240

cagtcgaaga aggtgtgggc agaagaaaaa gctagtgatc aacagtggca atggagctgt    300

ggaggacaga aagccaagtg gactcaacgg agaggccagc aagtctcagg aaatggtgca    360

tttggtgaac aaggagtcgt cagaaactcc agaccagttt atgacagctg atgagacaag    420

gaacctgcag aatgtggaca tgaagattgg ggtgtaacac ctacaccatt atcttggaaa    480

gaaacaaccg ttgtaaacat aaccattaca gggagctggg acacttaaca gatgcaatgt    540

gctactgatt gtttcattgc ga                                             562


<210>  17
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Knstliche Sequenz

<220>
<223>  forward Primer CD44

<400>  17
aaggtggagc aaacacaacc                                                 20


<210>  18
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Knstliche Sequenz

<220>
<223>  reverse Primer CD44

<400>  18
gctttttctt ctgcccacac                                                 20


<210>  19
<211>  563
<212>  DNA
<213>  Homo sapiens

<400>  19
tgtttctcac catatgcttt tgttggcatt atgcagtaac cattgtcatc gttggaatga     60

attatgcttt cattacctgg ttggttaaat ctagacttaa gaggctctgc tcctcagaag    120

ttggacttct gaaaaatgct gaacgagaac aagaatcaga agaagaaatg tgactttgat    180

gagcttccag tttttctaga taaacctttt cttttttaca ttgttcttgg ttttgtttct    240

cgatcttttg tttggagaac agctggctaa ggatgactct aagtgtactg tttgcatttc    300

caatttggtt aaagtatttg aatttaaata ttttcttttt agctttgaaa atattttggg    360

tgatactttc attttgcaca tcatgcacat catggtattc aggggctaga gtgatttttt    420

tccagattat ctaaagttgg atgcccacac tatgaaagaa atatttgttt tatttgcctt    480

atagatatgc tcaaggttac tgggcttgct actatttgta actccttgac catggaatta    540

tacttgttta tcttgttgct gca                                            563


<210>  20
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Knstliche Sequenz

<220>
<223>  forward Primer TMEM45A

<400>  20
agttggatgc ccacactatg                                                 20


<210>  21
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Knstliche Sequenz

<220>
<223>  reverse Primer TMEM45A

<400>  21
agtagcaagc ccagtaacct tg                                              22


<210>  22
<211>  276
<212>  DNA
<213>  Homo sapiens


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (125)..(125)
<223>  n is a, c, g, or t

<400>  22
gctcactagg ggacatgcac atggaagctc acctctaaga aagggctggg cagatggatt     60

tattttttcc cacctgtgaa tatgtaaaac aaaaccatta tctttgaggg agtttttaat    120

accantgaca gaacagagat ttgtgtgctc atcttaagag ccagagccat ataagcatct    180

tgggaaagca agtttgaacc agctgctggt gtaatgtaca gttatatttg tctataaatg    240

gagctgttta tggcaattta ataccattct ctttgt                              276


<210>  23
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Knstliche Sequenz

<220>
<223>  forward Primer 43A

<400>  23
acatgcacat ggaagctcac                                                 20


<210>  24
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Knstliche Sequenz

<220>
<223>  reverse Primer WDR43

<400>  24
aacttgcttt cccaagatgc                                                 20


<210>  25
<211>  561
<212>  DNA
<213>  Homo sapiens


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (135)..(135)
<223>  n is a, c, g, or t

<400>  25
agcgccccag tgaacactac aacatacgta gctgacacag aatcagagca agcagataca     60

tgggatttga gtgaaaggcc aaaagaaatc aaagtctcca aaatggaaca aaaattcaga    120

atgctttcac aagangcacc cactgtaaag gagtcctgca aaacaagctc taataataat    180

agtatggtat caaatacttt ggctaagatg agaatcccaa actatcagct ttcaccaact    240

aaattgccaa gtataaataa aagtaaagat agggcttctc agcagcagca gaccaactcc    300

atcagaaact actttcagcc gtctaccaaa aaaagggaaa gggatgaaga aaatcaagaa    360

atgtcttcat gcaaatcagc aagaatagaa acgtcttgtt ctcttttaga acaaacacaa    420

cctgctacac cctcattgtg gaaaaataag gagcagcatc tatctgagaa tgagcctgtg    480

gacacaaact cagacaataa cttatttaca gatacagatt taaaatctat tgtgaaaaat    540

tctgccagta aatctcatgc t                                              561


<210>  26
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Knstliche Sequenz

<220>
<223>  forward Primer NBN

<400>  26
atagggcttc tcagcagcag                                                 20


<210>  27
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Knstliche Sequenz

<220>
<223>  reverse Primer NBN

<400>  27
tccacaatga gggtgtagca                                                 20


<210>  28
<211>  553
<212>  DNA
<213>  Homo sapiens

<400>  28
gaagctttgg tattgtacaa ggtcagtagt aagatgctca ctagtctcag ggcttgtgta     60

atattctggg aggtcattta aatgccagaa atggtcaagc aattatacac agtatttatg    120

actctgttaa gcataccgtt tgtctgtcac attagtagat tctgagatta aaaaaaattt    180

ttaaagagtg atcatttaaa taatttctaa aagggtcttt tcaagctcta acaaagtcac    240

taacaaatgc attattttct acagaattag atgttagtag tacagtactg catattcagg    300

gaaaaagtgt gaggaattga tttcaaaata gttcgttctt gtgtttgacc taagaatgat    360

tgtcgcatga agtgtttgtt tttacagttt agcatatata aacaaacatg ataggattcc    420

ttaagatgtt accacccagg gggccacaag ccagcctgct gtctcaggaa gctgtagaag    480

gagtgtttgt caatttcttg tcactggttt gctgacttac tgaggattaa ttgttgcctt    540

acaatgttac tga                                                       553


<210>  29
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Knstliche Sequenz

<220>
<223>  forward Primer ERMP1

<400>  29
aatgccagaa atggtcaagc                                                 20


<210>  30
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Knstliche Sequenz

<220>
<223>  reverse Primer

<400>  30
ttcctcacac tttttccctg a                                               21


<210>  31
<211>  520
<212>  DNA
<213>  Homo sapiens


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (50)..(50)
<223>  n is a, c, g, or t

<400>  31
gtatggtgcc tatctacact cacatgatat tcttattcac gttttttttn aaccataagt     60

ggcaaatatt ttaaaatatt tgaaaaacac tccagaatct agtacgcttt atttttagac    120

tgaacctaaa gtaggttgtt cttttaacaa agggtttaat tcgggtgggg aatataacat    180

atcaaaatac atgaacaaat ggaaagttac ttctagaaaa gcaaagaaat tgggtatcat    240

ttttgtttct tgggaagcta attttgttga atgtttagaa ttgagcaaag atgtaaattt    300

ttgaagggca gtttagaaaa attaactttg tgaatgaact taagatgtct gtactctata    360

tgtgatgctg tgcagtttgt ttttatatgg aaagatgtca actatagcca taaccaataa    420

aataaaaact gatgaggcat gcagctttca gcacatcttt tatacatgaa gaaattaatt    480

ttgtgttgct atggtgttga aatatccaag atgttctgta                          520


<210>  32
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Knstliche Sequenz

<220>
<223>  forward Primer LRP11

<400>  32
ttcgggtggg gaatataaca                                                 20


<210>  33
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Knstliche Sequenz

<220>
<223>  reverse Primer LRP11

<400>  33
acaaactgca cagcatcaca                                                 20


<210>  34
<211>  110
<212>  DNA
<213>  Humanes Papillomavirus

<400>  34
caccgaagaa acacagacga ctatccagcg accaagatca gagccagaca ccggaaaccc     60

ctgccacacc actaagttgt tgcacagaga ctcagtggac agtgctccaa               110


<210>  35
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Knstliche Sequenz

<220>
<223>  forward Primer HPV16E4

<400>  35
caccgaagaa acacagacga                                                 20


<210>  36
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Knstliche Sequenz

<220>
<223>  reverse Primer HPV16E4

<400>  36
ttggagcact gtccactgag                                                 20


<210>  37
<211>  72
<212>  DNA
<213>  Humanes Papillomavirus

<400>  37
gacaagcaga accggacaga gcccattaca atattgtaac cttttgttgc aagtgtgact     60

ctacgcttcg gt                                                         72


<210>  38
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Knstliche Sequenz

<220>
<223>  forward Primer HPV16E7

<400>  38
gacaagcaga accggacaga                                                 20


<210>  39
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Knstliche Sequenz

<220>
<223>  reverse Primer HPV16E7

<400>  39
accgaagcgt agagtcacac                                                 20


<210>  40
<211>  443
<212>  DNA
<213>  Homo sapiens

<400>  40
gaggaggcag gcgagtgagc gagtccgagg ggtggccggg gcaggtggtg gcgccgcgaa     60

gatggtcgcc aagcaaagga tccgtatggc caacgagaag cacagcaaga acatcaccca    120

gcgcggcaac gtcgccaaga cctcgagaaa tgcccccgaa gagaaggcgt ctgtaggacc    180

ctggttattg gctctcttca tttttgttgt ctgtggttct gcaattttcc agattattca    240

aagtatcagg atgggcatgt gaagtgactg accttaagat gtttccattc tcctgtgaat    300

ttttaacttg aactcattcc tgatgtttga taccctggtt gaaaacaatt cagtaaagca    360

tcctgcctca gaatgacttt cctatcatgc ttcatgtgtc attccaaggt ttcttcatga    420

gtcattccaa gttttctagt cca                                            443


<210>  41
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Knstliche Sequenz

<220>
<223>  forward Primer SERP1

<400>  41
tctgtaggac cctggttatt gg                                              22


<210>  42
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Knstliche Sequenz

<220>
<223>  reverse Primer SERP1

<400>  42
tcacatgccc atcctgatac                                                 20


<210>  43
<211>  531
<212>  DNA
<213>  Homo sapiens


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (71)..(74)
<223>  n is a, c, g, or t

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (76)..(80)
<223>  n is a, c, g, or t

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (82)..(83)
<223>  n is a, c, g, or t

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (86)..(86)
<223>  n is a, c, g, or t

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (137)..(137)
<223>  n is a, c, g, or t

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (140)..(140)
<223>  n is a, c, g, or t

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (197)..(197)
<223>  n is a, c, g, or t

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (396)..(396)
<223>  n is a, c, g, or t

<400>  43
gagggatgag acagacattc acctgtatat ttcttttaat gggcacaaaa tgggcccttg     60

cctctaaata nnnntnnnnn gnnttnaaga agtaatcagt atgcaaagca atcttttata    120

caataattga agtgttnccn tttttcataa ttactctact tcccagtaac cctaaggaag    180

ttgctaactt aaaaaanctg catcccacgt tctgttaatt tagtaaataa acaagtcaaa    240

gacttgtgga aaataggaag tgaacccata ttttaaattc tcataagtag cattcatgta    300

ataaacaggt ttttagtttg ttcttcagat tgatagggag ttttaaagaa attttagtag    360

ttactaaaat tatgttactg tatttttcag aaatcnaact gcttatgaaa agtactaata    420

gaacttgtta acctttctaa ccttcacgat taactgtgaa atgtacgtca tttgtgcaag    480

accgtttgtc cacttcattt tgtataatca cagttgtgtt cctgacactc a             531


<210>  44
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Knstliche Sequenz

<220>
<223>  forward Primer ASAH1

<400>  44
cccagtaacc ctaaggaagt tg                                              22


<210>  45
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Knstliche Sequenz

<220>
<223>  reverse Primer ASAH1

<400>  45
gggttcactt cctattttcc ac                                              22


<210>  46
<211>  540
<212>  DNA
<213>  Homo sapiens

<400>  46
ttaattcaac tttcgtctgc ctgttttgtg gactggctgg ctctgttaga actctgtcca     60

aaaagtgcat ggaatataac ttgtaaagct tcccacaatt gacaatatat atgcatgtgt    120

ttaaaccaaa tccagaaagc ttaaacaata gagctgcata atagtattta ttaaagaatc    180

accaactgta aacatgagaa taacttaagg ttctagttta gttttttgta attgcaaatt    240

atatttttgc tgctgatata ttagaataat tttaaaatgt catcttgaaa tagaaatatg    300

tattttaagc actcacgcaa aggtaaatga acacgtttta aatgtgtgtg ttgctaattt    360

tttccataag aattgtaaac attgaactga acaaattacc tataatggat ttggttaatg    420

acttatgagc aagctggttt ggccagacag tatacccaaa cttttatata atatacagaa    480

ggctatcaca cttgtgaaat tctcttgtct aatctgaatt tgcattccat ggtgttaaca    540


<210>  47
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Knstliche Sequenz

<220>
<223>  forward Primer HIGD1A

<400>  47
cttatgagca agctggtttg g                                               21


<210>  48
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Knstliche Sequenz

<220>
<223>  reverse Primer HIGD1A

<400>  48
caccatggaa tgcaaattca g                                               21


<210>  49
<211>  198
<212>  DNA
<213>  Homo sapiens

<400>  49
ctgtgggggt atttgaatgg gaagcttttg cccggggaac caaagctctc atggatgagg     60

tggtgaaagc cacttctagg ggctgcatca ccatcatagg tggtggagac actgccactt    120

gctgtgccaa atggaacacg gaggataaag tcagccatgt gagcactggg ggtggtgcca    180

gtttggagct cctggaag                                                  198


<210>  50
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Knstliche Sequenz

<220>
<223>  forward Primer PGK1

<400>  50
ctgtgggggt atttgaatgg                                                 20


<210>  51
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Knstliche Sequenz

<220>
<223>  reverse Primer PGK1

<400>  51
cttccaggag ctccaaactg                                                 20


