Table 7.2. List of significantly associated haplotypes based on the Endometriosis Disease results
using the Quebec Founder Population (QFP). Individual haplotypes with associated relative risks are
presented in each row of the table; these values were extracted from the associated marker
haplotype window with the most significant p value for each SNP in Table 7.1. The first column
lists the region ID as presented in Table 1. The Haplotype column lists the specific nucleotides
for the individual SNP alleles contributing to the haplotype reported. The Case and Control columns
correspond to the numbers of cases and controls, respectively, containing the haplotype variant
noted in the Haplotype column. The Total Case and Total Control columns list the total numbers of
cases and controls for which genotype data was available for the haplotype in question. The RR
column gives to the relative risk for each particular haplotype. The remainder of the columns lists
the SeqIDs for the SNPs contributing to the haplotype and their relative location with respect to
the central marker. The Central marker (0) column lists the SeqID for the central marker on which
the haplotype is based. Flanking markers are identified by minus (-) or plus (+) signs to indicate
the relative location of flanking SNPs.

Region   Haplotype   Case   Control   TotalCase   TotalControl   RR      Central Marker (-4)   Central Marker (-3)   Central Marker (-2)   Central Marker (-1)   Central Marker (0)   Central Marker (1)   Central Marker (2)   Central Marker (3)   Central Marker (4)   
98       T           528    495       714         714            1.260                                                                                           4429                 
98       C           186    219       714         714            0.800                                                                                           4429                 
98       G           479    456       714         714            1.150                                                                                           4430                 
98       T           235    258       714         714            0.870                                                                                           4430                 
98       T           588    628       714         714            0.640                                                                                           4431                 
98       C           126    86        714         714            1.560                                                                                           4431                 
98       T           206    136       714         714            1.720                                                                                           4433                 
98       C           508    578       714         714            0.580                                                                                           4433                 
99       C           157    195       714         714            0.750                                                                                           4568                 
99       T           557    519       714         714            1.330                                                                                           4568                 
99       C           630    654       714         714            0.690                                                                                           4570                 
99       T           84     60        714         714            1.450                                                                                           4570                 
99       G           567    610       714         714            0.660                                                                                           4571                 
99       A           147    104       714         714            1.520                                                                                           4571                 
99       A           237    164       714         714            1.670                                                                                           4572                 
99       G           477    550       714         714            0.600                                                                                           4572                 
99       A           82     58        714         714            1.470                                                                                           4573                 
99       G           632    656       714         714            0.680                                                                                           4573                 
99       T           85     63        714         714            1.400                                                                                           4574                 
99       C           629    651       714         714            0.720                                                                                           4574                 
100      C           346    312       714         714            1.210                                                                                           4672                 
100      A           368    402       714         714            0.830                                                                                           4672                 
100      T           436    413       714         714            1.140                                                                                           4674                 
100      C           278    301       714         714            0.870                                                                                           4674                 
100      A           342    308       714         714            1.210                                                                                           4675                 
100      G           372    406       714         714            0.830                                                                                           4675                 
100      G           177    111       714         714            1.790                                                                                           4676                 
100      T           537    603       714         714            0.560                                                                                           4676                 
100      G           58     79        714         714            0.710                                                                                           4677                 
100      T           656    635       714         714            1.410                                                                                           4677                 
100      T           110    141       714         714            0.740                                                                                           4678                 
100      C           604    573       714         714            1.350                                                                                           4678                 
100      A           604    573       714         714            1.350                                                                                           4679                 
100      G           110    141       714         714            0.740                                                                                           4679                 
100      C           604    573       714         714            1.350                                                                                           4680                 
100      T           110    141       714         714            0.740                                                                                           4680                 
100      A           438    413       714         714            1.160                                                                                           4681                 
100      G           276    301       714         714            0.860                                                                                           4681                 
101      A           445    397       714         714            1.320                                                                                           5137                 
101      G           269    317       714         714            0.760                                                                                           5137                 
101      A           281    322       714         714            0.790                                                                                           5138                 
101      G           433    392       714         714            1.270                                                                                           5138                 
101      A           455    398       714         714            1.390                                                                                           5140                 
101      G           259    316       714         714            0.720                                                                                           5140                 
101      C           256    339       714         714            0.620                                                                                           5142                 
101      T           458    375       714         714            1.620                                                                                           5142                 
101      C           324    395       714         714            0.670                                                                                           5143                 
101      A           390    319       714         714            1.490                                                                                           5143                 
101      T           541    501       714         714            1.330                                                                                           5144                 
101      C           173    213       714         714            0.750                                                                                           5144                 
101      C           350    413       714         714            0.700                                                                                           5145                 
101      T           364    301       714         714            1.430                                                                                           5145                 
101      C           492    546       714         714            0.680                                                                                           5146                 
101      T           222    168       714         714            1.470                                                                                           5146                 
101      T           58     43        714         714            1.380                                                                                           5147                 
101      C           656    671       714         714            0.720                                                                                           5147                 
101      A           117    152       714         714            0.720                                                                                           5148                 
101      G           597    562       714         714            1.380                                                                                           5148                 
101      A           540    518       714         714            1.170                                                                                           5150                 
101      G           174    196       714         714            0.850                                                                                           5150                 
101      G           257    292       714         714            0.810                                                                                           5151                 
101      T           457    422       714         714            1.230                                                                                           5151                 
101      T           410    383       714         714            1.170                                                                                           5152                 
101      C           304    331       714         714            0.860                                                                                           5152                 
97       ATA         33     44        714         714            0.740                                                                     5155                  5156                 5157                 
97       TAT         26     43        714         714            0.590                                                                     5156                  5157                 5158                 
97       TGC         187    164       714         714            1.190                                                                     5156                  5157                 5158                 
97       TGT         3      7         714         714            0.430                                                                     5156                  5157                 5158                 
97       T           29     50        714         714            0.560                                                                                           5158                 
97       C           685    664       714         714            1.780                                                                                           5158                 
97       TACTCCA     16     2         714         714            8.160                         5156                  5157                  5158                  5159                 5160                 5161                 5162                 
97       TGCTCCG     21     14        714         714            1.520                         5156                  5157                  5158                  5159                 5160                 5161                 5162                 
97       TGTTTCA     3      7         714         714            0.430                         5156                  5157                  5158                  5159                 5160                 5161                 5162                 
97       TACGCCG     30     41        714         714            0.720                         5156                  5157                  5158                  5159                 5160                 5161                 5162                 
97       TATTTCA     25     41        714         714            0.600                         5156                  5157                  5158                  5159                 5160                 5161                 5162                 
97       TACGCCA     9      15        714         714            0.590                         5156                  5157                  5158                  5159                 5160                 5161                 5162                 
97       TACTCCACA   16     2         714         714            8.160   5156                  5157                  5158                  5159                  5160                 5161                 5162                 5163                 5164                 
97       TACGCCACA   8      15        714         714            0.530   5156                  5157                  5158                  5159                  5160                 5161                 5162                 5163                 5164                 
97       TGTTTCACG   3      7         714         714            0.430   5156                  5157                  5158                  5159                  5160                 5161                 5162                 5163                 5164                 
97       TATTTCACG   25     41        714         714            0.600   5156                  5157                  5158                  5159                  5160                 5161                 5162                 5163                 5164                 
97       TACGCCGCA   30     41        714         714            0.720   5156                  5157                  5158                  5159                  5160                 5161                 5162                 5163                 5164                 
97       ACGCCGCAG   17     33        714         714            0.500   5157                  5158                  5159                  5160                  5161                 5162                 5163                 5164                 5165                 
97       ATTTCACGA   25     41        714         714            0.600   5157                  5158                  5159                  5160                  5161                 5162                 5163                 5164                 5165                 
97       GTTTCACGA   3      7         714         714            0.430   5157                  5158                  5159                  5160                  5161                 5162                 5163                 5164                 5165                 
97       ACTCCGCAG   283    246       714         714            1.250   5157                  5158                  5159                  5160                  5161                 5162                 5163                 5164                 5165                 
97       ACTCCACAA   16     2         714         714            8.160   5157                  5158                  5159                  5160                  5161                 5162                 5163                 5164                 5165                 
97       ACTCCGCAA   86     114       714         714            0.720   5157                  5158                  5159                  5160                  5161                 5162                 5163                 5164                 5165                 
97       TCCACAA     16     2         714         714            8.160                         5159                  5160                  5161                  5162                 5163                 5164                 5165                 
97       TCCGCAA     87     115       714         714            0.720                         5159                  5160                  5161                  5162                 5163                 5164                 5165                 
97       GCCGCAG     17     34        714         714            0.490                         5159                  5160                  5161                  5162                 5163                 5164                 5165                 
97       TTCACGA     28     48        714         714            0.570                         5159                  5160                  5161                  5162                 5163                 5164                 5165                 
97       TCCGCAG     302    259       714         714            1.290                         5159                  5160                  5161                  5162                 5163                 5164                 5165                 
97       TCAATAGGC   196    176       714         714            1.160   5159                  5160                  5161                  5162                  5163                 5164                 5165                 5166                 5167                 
97       TCCGCAAGC   73     91        714         714            0.780   5159                  5160                  5161                  5162                  5163                 5164                 5165                 5166                 5167                 
97       TTCACGAGC   21     47        714         714            0.430   5159                  5160                  5161                  5162                  5163                 5164                 5165                 5166                 5167                 
97       GCCACAAAC   7      13        714         714            0.530   5159                  5160                  5161                  5162                  5163                 5164                 5165                 5166                 5167                 
97       TCCACAAGT   15     2         714         714            7.640   5159                  5160                  5161                  5162                  5163                 5164                 5165                 5166                 5167                 
97       GCCGCAGAC   15     30        714         714            0.490   5159                  5160                  5161                  5162                  5163                 5164                 5165                 5166                 5167                 
97       TCCGCAGGT   260    211       714         714            1.370   5159                  5160                  5161                  5162                  5163                 5164                 5165                 5166                 5167                 
97       GCCGCAAGC   14     8         714         714            1.760   5159                  5160                  5161                  5162                  5163                 5164                 5165                 5166                 5167                 
97       TCAATAGGT   3      10        714         714            0.300   5159                  5160                  5161                  5162                  5163                 5164                 5165                 5166                 5167                 
97       CACGAGC     22     49        714         714            0.430                         5161                  5162                  5163                  5164                 5165                 5166                 5167                 
97       CACAAAC     7      13        714         714            0.530                         5161                  5162                  5163                  5164                 5165                 5166                 5167                 
97       CGCAGGT     261    217       714         714            1.320                         5161                  5162                  5163                  5164                 5165                 5166                 5167                 
97       AATAGGC     196    176       714         714            1.160                         5161                  5162                  5163                  5164                 5165                 5166                 5167                 
97       AATAGGT     3      9         714         714            0.330                         5161                  5162                  5163                  5164                 5165                 5166                 5167                 
97       CACAAGT     15     2         714         714            7.640                         5161                  5162                  5163                  5164                 5165                 5166                 5167                 
97       CGCAGAC     37     59        714         714            0.610                         5161                  5162                  5163                  5164                 5165                 5166                 5167                 
97       GCAGACC     20     37        714         714            0.530                         5162                  5163                  5164                  5165                 5166                 5167                 5168                 
97       ACGAGCC     18     44        714         714            0.390                         5162                  5163                  5164                  5165                 5166                 5167                 5168                 
97       ACAAACC     7      13        714         714            0.530                         5162                  5163                  5164                  5165                 5166                 5167                 5168                 
97       GCAAGCA     70     91        714         714            0.740                         5162                  5163                  5164                  5165                 5166                 5167                 5168                 
97       GCAGGTA     260    219       714         714            1.290                         5162                  5163                  5164                  5165                 5166                 5167                 5168                 
97       GCAGGCA     9      4         714         714            2.270                         5162                  5163                  5164                  5165                 5166                 5167                 5168                 
97       ACAAGTA     16     3         714         714            5.430                         5162                  5163                  5164                  5165                 5166                 5167                 5168                 
97       ATAGGTA     3      9         714         714            0.330                         5162                  5163                  5164                  5165                 5166                 5167                 5168                 
97       GCAAGCC     16     9         714         714            1.800                         5162                  5163                  5164                  5165                 5166                 5167                 5168                 
97       CGAGCCT     8      14        714         714            0.570                         5163                  5164                  5165                  5166                 5167                 5168                 5169                 
97       CAAGCCT     16     9         714         714            1.800                         5163                  5164                  5165                  5166                 5167                 5168                 5169                 
97       CAAACCT     7      13        714         714            0.530                         5163                  5164                  5165                  5166                 5167                 5168                 5169                 
97       CAGACCT     20     37        714         714            0.530                         5163                  5164                  5165                  5166                 5167                 5168                 5169                 
97       TAGGTAG     3      8         714         714            0.370                         5163                  5164                  5165                  5166                 5167                 5168                 5169                 
97       CAGGTAG     249    211       714         714            1.280                         5163                  5164                  5165                  5166                 5167                 5168                 5169                 
97       CAAGTAT     15     3         714         714            5.090                         5163                  5164                  5165                  5166                 5167                 5168                 5169                 
97       CGAGCCG     10     30        714         714            0.320                         5163                  5164                  5165                  5166                 5167                 5168                 5169                 
97       GGTAG       250    217       714         714            1.230                                               5165                  5166                  5167                 5168                 5169                 
97       AACAG       6      11        714         714            0.540                                               5165                  5166                  5167                 5168                 5169                 
97       AGTAT       18     3         714         714            6.130                                               5165                  5166                  5167                 5168                 5169                 
97       GACCT       20     37        714         714            0.530                                               5165                  5166                  5167                 5168                 5169                 
97       GGCAG       9      4         714         714            2.270                                               5165                  5166                  5167                 5168                 5169                 
97       AGCCG       10     31        714         714            0.310                                               5165                  5166                  5167                 5168                 5169                 
97       AACCT       7      13        714         714            0.530                                               5165                  5166                  5167                 5168                 5169                 
97       ACAGT       22     34        714         714            0.640                                               5166                  5167                  5168                 5169                 5170                 
97       GTAGC       240    216       714         714            1.170                                               5166                  5167                  5168                 5169                 5170                 
97       GTATC       24     12        714         714            2.030                                               5166                  5167                  5168                 5169                 5170                 
97       ACCTT       27     50        714         714            0.520                                               5166                  5167                  5168                 5169                 5170                 
97       GCCGC       28     44        714         714            0.620                                               5166                  5167                  5168                 5169                 5170                 
97       GTATT       7      3         714         714            2.350                                               5166                  5167                  5168                 5169                 5170                 
97       ATC         24     12        714         714            2.030                                                                     5168                  5169                 5170                 
97       CGC         28     44        714         714            0.620                                                                     5168                  5169                 5170                 
102      C           630    644       714         714            0.820                                                                                           5426                 
102      A           84     70        714         714            1.230                                                                                           5426                 
102      G           147    219       714         714            0.590                                                                                           5428                 
102      A           567    495       714         714            1.710                                                                                           5428                 
102      A           58     82        714         714            0.680                                                                                           5429                 
102      G           656    632       714         714            1.470                                                                                           5429                 
102      G           60     98        714         714            0.580                                                                                           5430                 
102      A           654    616       714         714            1.730                                                                                           5430                 
102      C           215    260       714         714            0.750                                                                                           5432                 
102      A           499    454       714         714            1.330                                                                                           5432                 
102      T           356    325       714         714            1.190                                                                                           5433                 
102      C           358    389       714         714            0.840                                                                                           5433                 
102      A           603    625       714         714            0.770                                                                                           5435                 
102      G           111    89        714         714            1.290                                                                                           5435                 
103      C           217    146       714         714            1.700                                                                                           5511                 
103      T           497    568       714         714            0.590                                                                                           5511                 
103      T           619    652       714         714            0.620                                                                                           5512                 
103      C           95     62        714         714            1.610                                                                                           5512                 
103      T           510    485       714         714            1.180                                                                                           5514                 
103      G           204    229       714         714            0.850                                                                                           5514                 
104      G           425    389       714         714            1.230                                                                                           5595                 
104      A           289    325       714         714            0.810                                                                                           5595                 
104      G           31     42        714         714            0.730                                                                                           5596                 
104      A           683    672       714         714            1.380                                                                                           5596                 
104      T           560    619       714         714            0.560                                                                                           5597                 
104      C           154    95        714         714            1.790                                                                                           5597                 
105      G           592    646       714         714            0.510                                                                                           5680                 
105      T           122    68        714         714            1.960                                                                                           5680                 
106      A           27     64        714         714            0.400                                                                                           6329                 
106      G           687    650       714         714            2.510                                                                                           6329                 
107      G           584    612       714         714            0.750                                                                                           6412                 
107      T           130    102       714         714            1.340                                                                                           6412                 
107      A           535    465       714         714            1.600                                                                                           6414                 
107      C           179    249       714         714            0.620                                                                                           6414                 
107      C           394    434       714         714            0.790                                                                                           6415                 
107      T           320    280       714         714            1.260                                                                                           6415                 
107      T           402    443       714         714            0.790                                                                                           6416                 
107      C           312    271       714         714            1.270                                                                                           6416                 
107      A           452    497       714         714            0.750                                                                                           6417                 
107      G           262    217       714         714            1.330                                                                                           6417                 
