Table 12.2. List of significantly associated haplotypes based on the Endometriosis Disease results
using the Quebec Founder Population (QFP). Individual haplotypes with associated relative risks are
presented in each row of the table; these values were extracted from the associated marker
haplotype window with the most significant p value for each SNP in Table 12.1. The first column
lists the region ID as presented in Table 1. The Haplotype column lists the specific nucleotides
for the individual SNP alleles contributing to the haplotype reported. The Case and Control columns
correspond to the numbers of cases and controls, respectively, containing the haplotype variant
noted in the Haplotype column. The Total Case and Total Control columns list the total numbers of
cases and controls for which genotype data was available for the haplotype in question. The RR
column gives to the relative risk for each particular haplotype. The remainder of the columns lists
the SeqIDs for the SNPs contributing to the haplotype and their relative location with respect to
the central marker. The Central marker (0) column lists the SeqID for the central marker on which
the haplotype is based. Flanking markers are identified by minus (-) or plus (+) signs to indicate
the relative location of flanking SNPs.

Region   Haplotype   Case   Control   TotalCase   TotalControl   RR      Central Marker (0)   
183      A           519    497       658         658            1.210   4252                 
183      G           139    161       658         658            0.830   4252                 
183      G           212    189       658         658            1.180   4253                 
183      A           446    469       658         658            0.850   4253                 
183      T           360    390       658         658            0.830   4255                 
183      C           298    268       658         658            1.200   4255                 
183      C           173    148       658         658            1.230   4256                 
183      T           485    510       658         658            0.810   4256                 
183      G           191    144       658         658            1.460   4257                 
183      A           467    514       658         658            0.680   4257                 
183      G           367    393       658         658            0.850   4259                 
183      A           291    265       658         658            1.180   4259                 
183      G           573    594       658         658            0.730   4260                 
183      A           85     64        658         658            1.380   4260                 
183      T           538    514       658         658            1.260   4261                 
183      C           120    144       658         658            0.800   4261                 
183      A           425    378       658         658            1.350   4264                 
183      G           233    280       658         658            0.740   4264                 
183      T           472    544       658         658            0.530   4265                 
183      C           186    114       658         658            1.880   4265                 
183      C           359    303       658         658            1.410   4266                 
183      A           299    355       658         658            0.710   4266                 
183      C           420    480       658         658            0.650   4267                 
183      T           238    178       658         658            1.530   4267                 
183      T           397    368       658         658            1.200   4268                 
183      C           261    290       658         658            0.830   4268                 
183      G           270    316       658         658            0.750   4269                 
183      A           388    342       658         658            1.330   4269                 
183      C           287    324       658         658            0.800   4270                 
183      T           371    334       658         658            1.250   4270                 
183      A           186    151       658         658            1.320   4271                 
183      G           472    507       658         658            0.760   4271                 
183      T           186    151       658         658            1.320   4272                 
183      C           472    507       658         658            0.760   4272                 
183      G           175    125       658         658            1.540   4273                 
183      A           483    533       658         658            0.650   4273                 
183      A           555    604       658         658            0.480   4274                 
183      G           103    54        658         658            2.080   4274                 
183      A           201    232       658         658            0.810   4275                 
183      C           457    426       658         658            1.240   4275                 
183      C           105    54        658         658            2.120   4276                 
183      T           553    604       658         658            0.470   4276                 
184      A           330    259       658         658            1.550   4626                 
184      G           328    399       658         658            0.650   4626                 
184      T           593    575       658         658            1.320   4627                 
184      C           65     83        658         658            0.760   4627                 
184      T           65     83        658         658            0.760   4628                 
184      C           593    575       658         658            1.320   4628                 
184      C           449    428       658         658            1.150   4629                 
184      T           209    230       658         658            0.870   4629                 
185      G           256    217       658         658            1.290   4631                 
185      T           402    441       658         658            0.770   4631                 
185      A           165    230       658         658            0.620   4633                 
185      G           493    428       658         658            1.610   4633                 
185      G           599    582       658         658            1.330   4634                 
185      A           59     76        658         658            0.750   4634                 
185      G           381    332       658         658            1.350   4635                 
185      A           277    326       658         658            0.740   4635                 
185      T           279    328       658         658            0.740   4636                 
185      C           379    330       658         658            1.350   4636                 
185      C           411    443       658         658            0.810   4637                 
185      T           247    215       658         658            1.240   4637                 
185      G           623    608       658         658            1.460   4638                 
185      A           35     50        658         658            0.680   4638                 
186      A           260    285       658         658            0.850   4705                 
186      G           398    373       658         658            1.170   4705                 
186      T           260    285       658         658            0.850   4707                 
186      C           398    373       658         658            1.170   4707                 
186      G           176    125       658         658            1.560   4708                 
186      A           482    533       658         658            0.640   4708                 
186      T           547    595       658         658            0.520   4710                 
186      C           111    63        658         658            1.920   4710                 
186      A           234    191       658         658            1.350   4711                 
186      C           424    467       658         658            0.740   4711                 
187      G           379    340       658         658            1.270   4783                 
187      T           279    318       658         658            0.790   4783                 
187      T           410    436       658         658            0.840   4784                 
187      C           248    222       658         658            1.190   4784                 
187      T           554    536       658         658            1.210   4785                 
187      G           104    122       658         658            0.820   4785                 
187      G           67     40        658         658            1.750   4786                 
187      A           591    618       658         658            0.570   4786                 
187      C           519    557       658         658            0.680   4787                 
187      T           139    101       658         658            1.480   4787                 
187      C           361    414       658         658            0.720   4788                 
187      T           297    244       658         658            1.400   4788                 
187      T           452    518       658         658            0.590   4790                 
187      G           206    140       658         658            1.690   4790                 
187      A           362    415       658         658            0.720   4791                 
187      G           296    243       658         658            1.400   4791                 
187      T           80     61        658         658            1.350   4793                 
187      G           578    597       658         658            0.740   4793                 
187      A           80     60        658         658            1.380   4794                 
187      C           578    598       658         658            0.720   4794                 
187      A           223    194       658         658            1.230   4795                 
187      G           435    464       658         658            0.820   4795                 
188      C           245    317       658         658            0.640   4905                 
188      T           413    341       658         658            1.570   4905                 
188      T           242    296       658         658            0.710   4907                 
188      C           416    362       658         658            1.410   4907                 
188      A           475    507       658         658            0.770   4908                 
188      G           183    151       658         658            1.290   4908                 
189      C           149    131       658         658            1.180   5029                 
189      A           509    527       658         658            0.850   5029                 
189      T           507    525       658         658            0.850   5030                 
189      G           151    133       658         658            1.180   5030                 
189      A           574    612       658         658            0.510   5031                 
189      C           84     46        658         658            1.950   5031                 
189      C           470    531       658         658            0.600   5032                 
189      T           188    127       658         658            1.670   5032                 
189      T           84     46        658         658            1.950   5033                 
189      C           574    612       658         658            0.510   5033                 
189      T           227    254       658         658            0.840   5034                 
189      C           431    404       658         658            1.190   5034                 
189      G           542    581       658         658            0.620   5035                 
189      A           116    77        658         658            1.610   5035                 
189      G           470    445       658         658            1.200   5036                 
189      A           188    213       658         658            0.840   5036                 
189      A           473    450       658         658            1.180   5037                 
189      G           185    208       658         658            0.850   5037                 
189      T           185    208       658         658            0.850   5038                 
189      C           473    450       658         658            1.180   5038                 
189      A           473    450       658         658            1.180   5039                 
189      G           185    208       658         658            0.850   5039                 
189      C           425    403       658         658            1.150   5040                 
189      T           233    255       658         658            0.870   5040                 
190      G           589    557       658         658            1.550   5238                 
190      A           69     101       658         658            0.650   5238                 
190      A           608    563       658         658            2.050   5239                 
190      G           50     95        658         658            0.490   5239                 
191      G           582    622       658         658            0.440   5374                 
191      A           76     36        658         658            2.260   5374                 
191      A           602    626       658         658            0.550   5375                 
191      G           56     32        658         658            1.820   5375                 
191      A           510    547       658         658            0.700   5376                 
191      C           148    111       658         658            1.430   5376                 
192      A           128    74        658         658            1.910   5381                 
192      C           530    584       658         658            0.520   5381                 
192      A           535    505       658         658            1.320   5382                 
192      G           123    153       658         658            0.760   5382                 
192      T           72     102       658         658            0.670   5383                 
192      C           586    556       658         658            1.490   5383                 
193      A           589    569       658         658            1.340   5492                 
193      C           69     89        658         658            0.750   5492                 
193      A           62     82        658         658            0.730   5494                 
193      G           596    576       658         658            1.370   5494                 
193      C           463    416       658         658            1.380   5495                 
193      T           195    242       658         658            0.720   5495                 
193      G           133    160       658         658            0.790   5496                 
193      A           525    498       658         658            1.270   5496                 
193      C           570    542       658         658            1.390   5498                 
193      T           88     116       658         658            0.720   5498                 
193      C           476    423       658         658            1.450   5499                 
193      T           182    235       658         658            0.690   5499                 
193      T           559    502       658         658            1.750   5500                 
193      C           99     156       658         658            0.570   5500                 
193      T           207    264       658         658            0.680   5502                 
193      C           451    394       658         658            1.460   5502                 
193      T           288    365       658         658            0.620   5504                 
193      C           370    293       658         658            1.600   5504                 
193      G           78     58        658         658            1.390   5507                 
193      A           580    600       658         658            0.720   5507                 
194      G           321    347       658         658            0.850   5759                 
194      A           337    311       658         658            1.170   5759                 
194      G           385    423       658         658            0.780   5761                 
194      A           273    235       658         658            1.280   5761                 
194      T           43     88        658         658            0.450   5762                 
194      C           615    570       658         658            2.210   5762                 
194      C           609    579       658         658            1.700   5763                 
194      T           49     79        658         658            0.590   5763                 
195      C           531    509       658         658            1.220   5827                 
195      T           127    149       658         658            0.820   5827                 
195      G           531    552       658         658            0.800   5828                 
195      T           127    106       658         658            1.250   5828                 
195      A           544    481       658         658            1.760   5830                 
195      G           114    177       658         658            0.570   5830                 
195      T           557    500       658         658            1.740   5831                 
195      G           101    158       658         658            0.570   5831                 
195      G           143    188       658         658            0.690   5832                 
195      A           515    470       658         658            1.440   5832                 
195      A           101    157       658         658            0.580   5833                 
195      G           557    501       658         658            1.730   5833                 
195      T           164    139       658         658            1.240   5835                 
195      C           494    519       658         658            0.810   5835                 
195      A           573    519       658         658            1.810   5836                 
195      C           85     139       658         658            0.550   5836                 
195      C           152    199       658         658            0.690   5837                 
195      A           506    459       658         658            1.440   5837                 
195      C           153    198       658         658            0.700   5838                 
195      T           505    460       658         658            1.420   5838                 
195      T           199    224       658         658            0.840   5841                 
195      C           459    434       658         658            1.190   5841                 
195      T           597    577       658         658            1.370   5843                 
195      C           61     81        658         658            0.730   5843                 
195      T           109    137       658         658            0.760   5844                 
195      C           549    521       658         658            1.320   5844                 
195      C           460    435       658         658            1.190   5845                 
195      T           198    223       658         658            0.840   5845                 
195      A           605    581       658         658            1.510   5846                 
195      C           53     77        658         658            0.660   5846                 
195      G           605    581       658         658            1.510   5847                 
195      A           53     77        658         658            0.660   5847                 
196      T           468    438       658         658            1.240   5936                 
196      C           190    220       658         658            0.810   5936                 
196      G           32     70        658         658            0.430   5937                 
196      A           626    588       658         658            2.330   5937                 
197      C           247    221       658         658            1.190   5940                 
197      A           411    437       658         658            0.840   5940                 
197      C           354    378       658         658            0.860   5941                 
197      A           304    280       658         658            1.160   5941                 
197      C           426    403       658         658            1.160   5942                 
197      T           232    255       658         658            0.860   5942                 
197      T           565    609       658         658            0.490   5943                 
197      C           93     49        658         658            2.050   5943                 
197      T           247    214       658         658            1.250   5944                 
197      G           411    444       658         658            0.800   5944                 
198      C           60     80        658         658            0.720   5973                 
198      T           598    578       658         658            1.380   5973                 
198      A           608    620       658         658            0.750   5974                 
198      G           50     38        658         658            1.340   5974                 
198      G           578    562       658         658            1.230   5975                 
198      A           80     96        658         658            0.810   5975                 
198      C           546    518       658         658            1.320   5976                 
198      T           112    140       658         658            0.760   5976                 
198      T           161    217       658         658            0.660   5977                 
198      C           497    441       658         658            1.520   5977                 
198      T           164    219       658         658            0.670   5978                 
198      C           494    439       658         658            1.500   5978                 
198      A           229    300       658         658            0.640   5979                 
198      G           429    358       658         658            1.570   5979                 
198      A           327    355       658         658            0.840   5980                 
198      G           331    303       658         658            1.190   5980                 
198      G           629    618       658         658            1.400   5981                 
198      A           29     40        658         658            0.710   5981                 
198      C           384    340       658         658            1.310   5982                 
198      T           274    318       658         658            0.760   5982                 
199      T           316    293       658         658            1.150   6024                 
199      C           342    365       658         658            0.870   6024                 
199      C           196    266       658         658            0.630   6025                 
199      A           462    392       658         658            1.600   6025                 
200      C           117    153       658         658            0.710   6163                 
200      T           541    505       658         658            1.400   6163                 
200      T           99     129       658         658            0.730   6165                 
200      G           559    529       658         658            1.380   6165                 
200      A           210    281       658         658            0.630   6166                 
200      G           448    377       658         658            1.590   6166                 
200      A           587    602       658         658            0.770   6167                 
200      G           71     56        658         658            1.300   6167                 
200      G           445    375       658         658            1.580   6168                 
200      A           213    283       658         658            0.630   6168                 
200      T           538    502       658         658            1.390   6169                 
200      C           120    156       658         658            0.720   6169                 
200      G           113    157       658         658            0.660   6171                 
200      T           545    501       658         658            1.510   6171                 
200      T           86     105       658         658            0.790   6172                 
200      C           572    553       658         658            1.260   6172                 
200      G           312    348       658         658            0.800   6173                 
200      A           346    310       658         658            1.240   6173                 
200      T           460    427       658         658            1.260   6174                 
200      C           198    231       658         658            0.800   6174                 
200      T           112    129       658         658            0.840   6176                 
200      C           546    529       658         658            1.190   6176                 
