Clé | Description |
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CONFLICT | séquences différentes selon divers documents |
VARIANT | les auteurs signalent qu'il existe des variants de la séquence |
VARSPLIC | description des variants de la séquence produits par une excision–épissage différentielle |
MUTAGEN | site modifié à titre expérimental |
MOD_RES | modification post-traductionnelle d'un résidu |
ACETYLATION | N-terminal ou autre |
AMIDATION | en général, au C-terminal d'un peptide mature actif |
BLOCKED | groupe de blocage N- ou C-terminal indéterminé |
FORMYLATION | de la méthionine N-terminale |
GAMMA-CARBOXYGLUTAMIC ACID HYDROXYLATION |
de l'asparagine, de l'acide aspartique, de la proline ou de la lysine |
METHYLATION | en général, de la lysine ou de l'arginine |
PHOSPHORYLATION | de la sérine, de la thréonine, de la tyrosine, de l'acide aspartique ou de l'histidine |
PYRROLIDONE CARBOXYLIC ACID |
glutamate N-terminal ayant formé un lactame cyclique interne |
SULFATATION | en général, de la tyrosine |
LIPID | liaison covalente d'un fragment lipidique |
MYRISTATE | groupe myristate rattaché, par une liaison amide, au résidu N-terminal glycine de la forme mature d'une protéine ou à un résidu de lysine interne |
PALMITATE | groupe palmitate lié, par une liaison thioether, à un résidu de cystéine ou, par une liaison ester, à un résidu de sérine ou de thréonine |
FARNESYL | groupe farnésol rattaché, par une liaison thioether, à un résidu de cystéine |
GERANYL-GERANYL | groupe géranyl-géranyl rattaché, par une liaison thioether, à un résidu de cystéine |
GPI-ANCHOR | groupe glycosyl-phosphatidylinositol (GPI) lié au groupe alpha carboxyl du résidu C-terminal de la forme mature d'une protéine |
N-ACYL DIGLYCERIDE | cystéine N-terminale de la forme mature d'une lipoprotéine procaryote assortie d'un acide gras amidé et d'un groupe glycérile auquel deux acides gras sont rattachés par des liaisons ester |
DISULFID | liaison disulfure; les extrémités "FROM" et "TO" représentent les deux résidus qui sont liés par une liaison disulfure intrachaîne; si les extrémités "FROM" à "TO" sont identiques, la liaison disulfure est une liaison interchaîne et le champ de description donne la nature de la liaison réticulée |
THIOLEST | liaison thiolester; les extrémités "FROM" et "TO" représentent les deux résidus liés par la liaison thiolester |
THIOETH | liaison thio-éther; les extrémités "FROM" et "TO" représentent les deux résidus liés par la liaison thio-éther |
CARBOHYD | site de glycosylation; la nature de l'hydrate de carbone (lorsqu'elle est connue) est donnée dans le champ de description |
METAL | site de fixation pour un ion métallique; le champ de description donne la nature du métal |
BINDING | site de fixation pour tout groupe chimique (coenzyme, groupe prosthétique, etc.); la nature chimique du groupe est donnée dans le champ de description |
SIGNAL | séquence-signal (prépeptide) |
TRANSIT | peptide-transit (mitochondrial, chloroplastique ou destiné à un micro-organisme) |
PROPEP | propeptide |
CHAIN | chaîne polypeptidique dans la protéine mature |
PEPTIDE | peptide actif libéré |
DOMAIN | domaine d'intérêt dans la séquence; la nature de ce domaine est donnée dans le champ de description |
CA_BIND | région de fixation du calcium |
DNA_BIND | région de fixation de l'ADN |
NP_BIND | région de fixation d'un phosphate nucléotidique; la nature du phosphate nucléotidique est donnée dans le champ de description |
TRANSMEM | région transmembranaire |
ZN_FING | région d'un doigt de zinc |
SIMILAR | similitude avec une autre séquence protéique; des informations détaillées sur cette séquence figurent dans le champ de description |
REPEAT | répétition de séquence interne |
HELIX | structure secondaire – Hélices, telles que les hélices alpha, les hélices 3-10 ou les hélices pi |
STRAND | structure secondaire – Brin bêta, tel que le brin bêta à liaison hydrogénée ou le résidu dans un brin isolé à pont bêta |
TURN | structure secondaire – Virages, tels que le virage à liaison H (virage 3, virage 4 ou virage 5) |
ACT_SITE | acides aminés jouant un rôle dans l'activité de l'enzyme |
SITE | tout autre site présentant un intérêt dans la séquence |
INIT_MET | la séquence commence par un initiateur méthionine |
NON_TER | le résidu situé à une extrémité de la séquence n'est pas le résidu terminal; appliqué à la position 1, cela signifie que la première position n'est pas la position N-terminale de la molécule complète; s'il est appliqué à la dernière position, cela signifie que cette position n'est pas la position C-terminale de la molécule complète; il n'y a pas de champ de description pour cette clé |
NON_CONS | résidus non consécutifs; indique que deux résidus dans une séquence ne sont pas consécutifs et qu'il existe un certain nombre de résidus non séquencés entre eux |
UNSURE | zones d'incertitude dans la séquence; sert à décrire les régions d'une séquence pour lesquelles les auteurs ne sont pas sûrs de la définition |