| Clé | Description |
|---|---|
| allele | Individu ou souche apparenté contenant des formes stables différentes d'un même gène, qui se distingue de la séquence présentée à cet emplacement (et éventuellement à d'autres emplacements) |
| attenuator | 1) région d'ADN où se produit une régulation de la terminaison de la transcription qui contrôle l'expression de certains opérons bactériens; 2) segment de séquence situé entre le promoteur et le premier gène de structure, qui provoque une terminaison partielle de la transcription |
| C_region | Région constante de la chaîne lourde et de la chaîne légère de l'immunoglobuline et des chaînes alpha, bêta et gamma du récepteur d'un lymphocyte T; comprend un ou plusieurs exons, selon la chaîne |
| CAAT_signal | Séquence CAAT; partie d'une séquence conservée située environ 75 paires de bases en amont du site d'initiation des unités de transcription eucaryotes, qui peut jouer un rôle dans la fixation de l'ARN polymérase; consensus=GG (C ou T) CAATCT |
| CDS | Séquence codante ("coding sequence"); séquence de nucléotides correspondant à celle des acides aminés dans une protéine (l'emplacement comprend le codon d'arrêt); contient la traduction conceptuelle des acides aminés |
| conflict | les déterminations indépendantes de la "même" séquence diffèrent sur ce site ou dans cette région |
| D-loop | Boucle de déplacement ("displacement loop"); région au sein de l'ADN mitochondrial où une petite partie d'ARN est appariée à un brin d'ADN, entraînant le déplacement du brin original d'ADN dans cette région; désigne aussi le déplacement d'une région d'ADN double brin sous l'effet d'un envahisseur simple brin dans la réaction catalysée par la protéine RecA |
| D-segment | Segment de diversité ("diversity segment") de la chaîne lourde de l'immunoglobuline et de la chaîne bêta du récepteur d'un lymphocyte T |
| enhancer | Séquence en cis entraînant l'utilisation accrue de (certains) promoteurs eucaryotes et dont l'action s'exerce quelle que soit l'orientation et l'emplacement (en amont ou en aval) par rapport au promoteur |
| exon | Région du génome codant une partie de l'ARN messager épissé; peut contenir la région 5'UTR, tous les CDS et la région 3'UTR |
| GC_signal | Séquence GC; région conservée riche en GC, située en amont du site d'initiation des unités de transcription eucaryotes, qui peut prendre la forme de copies multiples et se produire dans les deux sens; consensus=GGGCGG |
| gene | Région présentant un intérêt biologique, identifiée comme étant un gène et à laquelle un nom a été attribué |
| iDNA | AND intercalaire; ADN éliminé par l'un des types de recombinaison. |
| intron | Segment d'ADN qui est transcrit, puis éliminé par aboutement des séquences (exons) situées de part et d'autre |
| J_segment | Segment de jonction ("joining segment") de la chaîne légère et de la chaîne lourde de l'immunoglobuline, ainsi que des chaînes alpha, bêta et gamma du récepteur d'un lymphocyte T |
| LTR | Répétition terminale longue ("long terminal repeat"); séquence directement répétée aux deux extrémités d'une séquence définie, du type de celle que l'on trouve dans les rétrovirus |
| mat_peptide | Séquence codante d'un peptide mature ou d'une protéine mature; séquence codante du peptide ou de la protéine à l'état mature ou final, qui suit la modification post-traductionnelle; l'emplacement ne comprend pas le codon d'arrêt (contrairement au CDS correspondant) |
| misc_binding | site d'un acide nucléique fixant, par covalence ou non, un autre fragment de molécule, qui ne peut être décrit par aucune autre clé de fixation (primer_bind ou protein_bind) |
| misc_difference | séquence de caractérisation différente de celle qui est présentée dans l'entrée et ne pouvant pas être décrite par une autre clé de différence (conflict, unsure, old_sequence, mutation, variation, allele ou modified_base) |
| misc_feature | région présentant un intérêt biologique, qui ne peut pas être décrite par une autre clé de caractérisation; nouvelle caractéristique ou caractéristique rare |
| misc_recomb | site de toute recombinaison généralisée, spécifique d'un site ou réplicative, où se produit la cassure et la réunion de l'ADN double brin et qui ne peut pas être décrite par une autre clé de recombinaison (iDNA ou virion) ou par un autre qualificateur de clé source (/insertion_seq, /transposon, /proviral) |
| misc_RNA | tout transcrit ou produit de l'ARN qui ne peut pas être défini par une autre clé de l'ARN (prim_transcript, precursor_RNA, mRNA, 5'clip, 3'clip, 5'UTR, 3'UTR, exon, CDS, sig_peptide, transit_peptide, mat_peptide, intron, polyA_site, rRNA, tRNA, scRNA ou snRNA) |
| misc_signal | toute région contenant un signal qui commande ou modifie une fonction ou l'expression d'un gène, qui ne peut pas être décrite par une autre clé de signal (promoter, CAAT_signal, TATA_signal, -35_signal, -10_signal, GC_signal, RBS, polyA_signal, enhancer, attenuator, terminator ou rep_origin) |
| misc_structure | toute structure ou conformation secondaire ou tertiaire qui ne peut pas être décrite par une autre clé de structure (stem_loop ou D-loop) |
| modified_base | le nucléotide indiqué est un nucléotide modifié, qui doit être remplacé par la molécule indiquée (donnée dans la valeur qualificative mod_base) |
| mRNA | ARN messager; comprend la région non traduite en 5' (5'UTR), les séquences codantes (CDS, exon) et la région non traduite en 3' (3'UTR) |
| mutation | la souche apparentée présente un changement brusque et transmissible dans la séquence, à cet emplacement |
| N_region | des nucléotides supplémentaires sont insérés entre des segments d'immunoglobuline réarrangés |
| old_sequence | la séquence présentée est la version modifiée d'une ancienne séquence à cet emplacement |
| polyA_signal | site de reconnaissance indispensable à la coupure d'un transcrit par endonucléase, suivie d'une polyadénylation; consensus=AATAAA |
| polyA_site | site d'un transcrit auquel sont ajoutés des résidus d'adénine par polyadénylation post-transcriptionnelle |
| precursor_RNA | ARN précurseur, c'est-à-dire tout type d'ARN qui n'est pas encore mature; peut comprendre la région coupée en 5' (5'clip), la région non traduite en 5' (5'UTR), les séquences codantes (CDS, exon), les séquences intercalaires (intron), la région non traduite en 3' (3'UTR) et la région coupée en 3' (3'clip) |
| prim_transcript | transcrit primaire (initial, non remanié); comprend la région coupée en 5' (5'clip), la région non traduite en 5' (5'UTR), les séquences codantes (CDS, exon), les séquences intercalaires (intron), la région non traduite en 3' (3'UTR) et la région coupée en 3' (3'clip) |
| primer_bind | site de fixation non covalent pour amorces dans l'initiation de la réplication, de la transcription ou de la transcription inverse; comprend les sites pour les éléments de synthèse, par exemple les amorces de l'amplification en chaîne par polymérase (PCR) |
| promoter | région d'une molécule d'ADN jouant un rôle dans la fixation de l'ARN polymérase en vue de l'initiation de la transcription |
| protein_bind | site de fixation non covalent des protéines sur un acide nucléique |
| RBS | site de fixation du ribosome ("ribosome binding site") |
| repeat_region | région du génome contenant des unités de répétition |
| repeat_unit | unité d'un élément de répétition |
| rep_origin | origine de la réplication; site de départ pour la duplication d'un acide nucléique en vue de l'obtention de deux copies identiques |
| rRNA | ARN ribosomique mature; molécule d'ARN de la particule ribonucléoprotéique (ribosome) qui assemble les acides aminés en protéines |
| S_region | région de commutation ("switch region") des chaînes lourdes de l'immunoglobuline; joue un rôle dans le réarrangement de la chaîne lourde de l'ADN, qui conduit à l'expression d'une classe d'immunoglobuline différente à partir du même lymphocyte B |
| satellite | nombreuses séquences répétées en tandem (identiques ou apparentées) d'une courte unité de répétition de base; nombre d'entre elles ont une composition de base ou une propriété différente de la moyenne du génome, qui leur permet d'être séparées du reste de l'ADN génomique (bande principale) |
| scRNA | petit ARN cytoplasmique ("small cytoplasmic RNA"); l'une des nombreuses petites molécules d'ARN cytoplasmique présentes dans le cytoplasme et (parfois) dans le noyau d'un eucaryote |
| sig_peptide | séquence codante d'un peptide-signal; séquence codante d'un N-terminal de protéine sécrétée; ce domaine joue un rôle dans l'intégration du polypeptide naissant dans la membrane; séquence leader |
| snRNA | petit ARN nucléaire ("small nuclear RNA"); l'une des nombreuses petites espèces d'ARN confinées au noyau; plusieurs snRNA jouent un rôle dans l'excision-épissage ou dans d'autres réactions de maturation moléculaire de l'ARN |
| source | permet d'identifier la source biologique de l'intervalle de séquence indiqué; cette clé est obligatoire; chaque entrée doit comporter, au minimum, une clé source unique couvrant la séquence tout entière; il est possible d'utiliser plus d'une clé source par séquence |
| stem_loop | épingle à cheveux; région d'une double hélice formée par l'appariement de bases entre des séquences contiguës (inversées) complémentaires appartenant à un même brin d'ARN ou d'ADN |
| STS | site de séquence étiqueté; séquence d'ADN courte et unique caractérisant un point de repère de la cartographie du génome et qui peut être détectée moyennant une amplification en chaîne par polymérase (PCR); la carte d'une région du génome peut être dressée par détermination de l'ordre d'une série de STS |
| TATA_signal | séquence TATA; séquence de Goldberg-Hogness; heptamère conservé, riche en A et T, situé environ 25 paires de bases en amont du site d'initiation de chaque unité transcrite par l'ARN polymérase II des eucaryotes, qui peut jouer un rôle dans le positionnement de l'enzyme aux fins d'une initiation correcte; consensus=TATA(A ou T)A(A ou T) |
| terminator | séquence d'ADN située soit à l'extrémité du transcrit, soit à côté d'un promoteur qui conduit l'ARN polymérase à terminer la transcription; peut aussi être le site de fixation d'un répresseur |
| transit_peptide | séquence codante d'un peptide-transit; séquence codante d'un N-terminal de protéine d'un organite codée par le noyau; ce domaine joue un rôle dans l'importation post-traductionnelle de la protéine dans l'organite |
| tRNA | ARN de transfert mature; courte molécule d'ARN (75-85 bases) qui permet la traduction d'une séquence d'acides nucléiques en une séquence d'acides aminés |
| unsure | l'auteur n'est pas certain de l'exactitude de la séquence dans cette région |
| V_region | région variable de la chaîne légère et de la chaîne lourde de l'immunoglobuline et des chaînes alpha, bêta et gamma du récepteur d'un lymphocyte T; codes applicables à la portion variable du terminal amino; peut être composée des segments suivants : V_segments, D_segments, N_régions et J_segments |
| V_segment | segment variable de la chaîne légère et de la chaîne lourde de l'immunoglobuline et des chaînes alpha, bêta et gamma du récepteur d'un lymphocyte T; codes applicables à la plus grande partie de la région variable (V_région) et aux quelques acides aminés du peptide leader qui subsistent |
| variation | souche apparentée contenant des mutations stables du même gène (par exemple : RFLP, polymorphismes, etc.) qui diffèrent de la séquence présentée à cet emplacement (et éventuellement à d'autres emplacements) |
| 3'clip | région d'un transcrit précurseur située en position 3', qui est coupée durant la maturation moléculaire |
| 3'UTR | région en position 3' à l'extrémité d'un transcrit mature (qui suit le codon de terminaison) qui n'est pas traduite en protéine |
| 5'clip | région en position 5' d'un transcrit précurseur qui est coupée durant la maturation moléculaire |
| 5'UTR | région en position 5' située à l'extrémité d'un transcrit mature (avant le codon d'initiation) qui n'est pas traduite en protéine |
| -10_signal | séquence de pribnow; région conservée située à environ 10 paires de bases en amont du site d'initiation des unités de transcription bactériennes, qui peut jouer un rôle dans la fixation de l'ARN polymérase; consensus=TAtAaT |
| -35_signal | hexamère conservé situé à environ 35 paires de bases en amont du site d'initiation des unités de transcription bactériennes; consensus=TTGACa [ ] ou TGTTGACA [ ] |