Définitions de la CIB - 01 janvier 2012

G06F 19/10 - Définition en

Énoncé de la définition

Le présent groupe couvre:

Les méthodes ou les systèmes de traitement de données génétiques ou protéiques en bio-informatique moléculaire.

Les méthodes ou les systèmes de bio-informatique où le traitement de données numériques est inhérent ou implicite, mais non mentionné explicitement.

Renvois influençant le classement dans le présent groupe

Le présent groupe ne couvre pas:

Méthodes de criblage par ordinateur (in silico) de chimiothèques virtuelles

C40B 30/02

Méthodes mathématiques ou par ordinateur (in silico) de création de chimiothèques virtuelles

C40B 50/02

Renvois indicatifs

Il est important de tenir compte des endroits suivants, qui peuvent présenter un intérêt pour la recherche:

Diagnostic médical

A61B 5/00

Fabrication de biopuces, de puces à ADN

B01J 19/00, C12M 1/34

Appareils d'amplification en chaîne par polymérase (PCR), en soi

B01L 7/00, C12M 1/38

Structures macromoléculaires cristallographiques obtenues par rayons X ou structures macromoléculaires obtenues par résonance magnétique nucléaire (RMN), en soi

C07K 14/00

Génie génétique faisant intervenir des acides nucléiques

C12N 15/00

Réactions chimiques impliquant l'utilisation de biopuces, de puces à ADN

C12Q 1/68

Séquençage utilisant l'amplification en chaîne par polymérase (PCR)

C12Q 1/68

Appareils d'électrophorèse sur gel, en soi

G01N 27/447

Séquençage utilisant l'électrophorèse

G01N 27/447

Séquençage utilisant la chromatographie

G01N 30/00

Séquençage utilisant la spectrométrie de masse

G01N 33/68

Reconnaissance de formes

G06K 9/00

Dispositions informatiques d'entrée/sortie

G06F 3/00

Architectures de calculateurs ou commandes par programmes

G06F 9/00

Recherche documentaire ; bases de données, en soi

G06F 17/30

Systèmes de calculateurs utilisant des modèles de réseaux neuronaux, en soi

G06N 3/02

Systèmes de calculateurs utilisant la représentation de la connaissance, en soi, p.ex. systèmes experts

G06N 5/02

Systèmes de calculateurs utilisant des modèles probabilistes, en soi

G06N 7/00

Détermination de positions et d'orientations dans des images de puces à ADN, par traitement d’image

G06T 7/00

Spectromètres de masse, en soi

H01J 49/00

Règles particulières de classement dans la présente sous-classe

Dans le présent groupe, la règle de la priorité à la première place s'applique, c. à d. qu'à chaque niveau hiérarchique, le classement s'effectue à la première place appropriée.

Glossaire

Dans le présent groupe, les termes (ou expressions) suivant(e)s ont la signification ci-dessous indiquée:

exploration de données

découverte et analyse de structures à l'intérieur d'une grande quantité de données génétiques ou protéiques

visualisation de données

élaboration et/ou visualisation de représentations graphiques de données génétiques et protéiques

domaine

le domaine d'une protéine est un élément de la structure moléculaire globale qui est autostabilisant et se replie souvent indépendamment du reste d'une chaîne polypeptidique

ciblage de médicament

stratégie de conception d'un médicament, visant à optimiser les propriétés d'une préparation médicinale, basée sur la structure tridimensionnelle d'une cible, pour l'administrer à un tissu ou organe particulier du corps

assemblage de fragments

méthode par laquelle des portions linéaires d'informations portées par la séquence sont assemblées pour obtenir des données sur la séquence du gène complet

génomique fonctionnelle

analyses expérimentales visant à évaluer la fonction des gènes dans la détermination des traits, de la physiologie et/ou du développement d'un organisme, à l'aide de technologies informatiques haut débit

expression génique

processus dans lequel les protéines sont fabriquées ou transcrites à partir des instructions codées dans l'ADN

étude du profil d'expression génique

détermination du modèle des gènes exprimés, c.-à-d. transcrits, dans des circonstances spécifiques ou dans une lignée cellulaire spécifique

recherche de gènes

méthode de recherche pour identifier dans des séquences d’ADN génomique des cadres de lecture ouverts (ORF) codant des protéines

annotation des génomes

attribution de fonctions à des gènes particuliers dans le génome

génotype

constitution ou profil génétique d'un organisme vis-à-vis d'un trait

génotypage

analyse du génotype d'un organisme

haplotype

ensemble d'un ou plusieurs polymorphismes (variations de séquence) qui peuvent se trouver à un emplacement génétique particulier sur le même chromosome

homologie

indication du degré de similitude entre deux séquences ; les déterminations de l'homologie peuvent prendre en considération des brèches, insertions, suppressions et mésappariements entre les séquences alignées

déséquilibre de liaison

tendance qu'ont les allèles proches les uns des autres, sur le même chromosome, à être hérités ensemble

puce à ADN, biopuce

pluralité de sondes moléculaires fixées sur un substrat et formant un motif ordonné

structure moléculaire

disposition bidimensionnelle ou tridimensionnelle d'atomes, de groupes d'atomes ou de domaines dans des acides nucléiques, protéines, peptides et acides aminés

motif

modèle spécifique d'une séquence nucléotidique ou d'une séquence d'acide aminé

modèle de correction de bruit

modèle qui prend en considération les données non portées par un signal, comme, dans le cas des puces à ADN : le bruit optique, les problèmes de contrôle qualité et l'hybridation croisée

ontologie

méthodologie de classement visant à formaliser les connaissances d'un sujet dans un vocabulaire structuré et contrôlé

orthologue

séquence homologue trouvée dans différentes espèces et dérivée d'un ancêtre commun

paralogue

séquence homologue dans le même organisme, dérivée d'une duplication génétique

généalogie

arbre généalogique décrivant la présence de traits héréditaires à travers les générations

arbre phylétique ou phylogénique

représentation graphique arborescente de relations phylétiques

phylogénie

reconstruction de l'évolution et de l'histoire d'une espèce ou d'un groupe taxonomique supérieur d'organismes ; généralement représentée sous forme d'arbre phylétique ; méthodes de création d'arbres phylétiques

génétique des populations

étude des variations génétiques et de l'évolution génétique des populations

conception et optimisation de sondes pour puces à ADN

conception et sélection (i) de sondes optimales, hautement spécifiques, p.ex. oligonucléotides, ADNc (ADN complémentaire), fragments, pour des expériences d'hybridation avec des puces à ADN et (ii) d'ensembles optimaux de sondes, p.ex. oligonucléotides, ADNc, à fixer chimiquement sur un support solide pour constituer une puce

outils de programmation ou systèmes de bases de données

logiciels destinés à assister les procédures de programmation en bio-informatique et systèmes de bases de données destinés à gérer les données génétiques/protéiques

repliement d'une protéine

processus selon lequel une chaîne polypeptidique se replie pour former une structure tridimensionnelle spécifique

protéomique

étude à grande échelle des fonctions des protéines et de leurs interactions avec d'autres entités moléculaires dans un système biologique

comparaison de séquences

processus de comparaison de séquences d’acides nucléiques ou d'acides aminés, généralement par alignement linéaire, de telle sorte que des positions équivalentes, dans des séquences adjacentes, soient correctement alignées les unes avec les autres, en introduisant des insertions aux emplacements adaptés, afin d'identifier les similitudes et/ou les différences entre les séquences comparées

séquençage par hybridation

technique de séquençage d'ADN dans laquelle une rangée de courtes séquences de nucléotides est amenée en contact avec une solution d'une séquence d'ADN cible ; une méthode biochimique détermine un sous-ensemble de sondes qui se lient à la séquence cible et une méthode combinatoire est ensuite appliquée pour reconstruire la séquence d'ADN à partir du spectre

SNP

(single nucleotide polymorphism) polymorphisme mononucléotidique : variation de séquence d'ADN qui implique une modification d'un nucléotide unique et se rencontre fréquemment dans une partie d'une population

alignement de structures

forme d'alignement visant à établir des équivalences structurelles et fonctionnelles entre deux ou plusieurs protéines, sur la base de leurs structures secondaires ou tertiaires

régions synténiques

régions qui correspondent, dans une espèce, à un groupement observé de gènes du même ordre et présents sur le même chromosome, dans une autre espèce

biologie des systèmes

simulation et modélisation mathématique des relations et interactions entre entités moléculaires dans des systèmes subcellulaires intégrant des données génétiques et/ou protéiques pour décrire le comportement dynamique d'interactions protéine-protéine/protéine-ligand, par exemple ; réseaux de régulation et réseaux métaboliques

taxinomie, taxonomie

classement d'organismes pour mettre en évidence leurs rapports évolutifs avec d'autres organismes