Définitions de la CIB - 01 janvier 2012
G06F 19/10 - Définition
Le présent groupe couvre:
Les méthodes ou les systèmes de traitement de données génétiques ou protéiques en bio-informatique moléculaire.
Les méthodes ou les systèmes de bio-informatique où le traitement de données numériques est inhérent ou implicite, mais non mentionné explicitement.
Renvois influençant le classement dans le présent groupe
Le présent groupe ne couvre pas:
Méthodes de criblage par ordinateur (in silico) de chimiothèques virtuelles | C40B 30/02 |
Méthodes mathématiques ou par ordinateur (in silico) de création de chimiothèques virtuelles | C40B 50/02 |
Il est important de tenir compte des endroits suivants, qui peuvent présenter un intérêt pour la recherche:
Diagnostic médical | A61B 5/00 |
Fabrication de biopuces, de puces à ADN | B01J 19/00, C12M 1/34 |
Appareils d'amplification en chaîne par polymérase (PCR), en soi | B01L 7/00, C12M 1/38 |
Structures macromoléculaires cristallographiques obtenues par rayons X ou structures macromoléculaires obtenues par résonance magnétique nucléaire (RMN), en soi | C07K 14/00 |
Génie génétique faisant intervenir des acides nucléiques | C12N 15/00 |
Réactions chimiques impliquant l'utilisation de biopuces, de puces à ADN | C12Q 1/68 |
Séquençage utilisant l'amplification en chaîne par polymérase (PCR) | C12Q 1/68 |
Appareils d'électrophorèse sur gel, en soi | G01N 27/447 |
Séquençage utilisant l'électrophorèse | G01N 27/447 |
Séquençage utilisant la chromatographie | G01N 30/00 |
Séquençage utilisant la spectrométrie de masse | G01N 33/68 |
Reconnaissance de formes | G06K 9/00 |
Dispositions informatiques d'entrée/sortie | G06F 3/00 |
Architectures de calculateurs ou commandes par programmes | G06F 9/00 |
Recherche documentaire ; bases de données, en soi | G06F 17/30 |
Systèmes de calculateurs utilisant des modèles de réseaux neuronaux, en soi | G06N 3/02 |
Systèmes de calculateurs utilisant la représentation de la connaissance, en soi, p.ex. systèmes experts | G06N 5/02 |
Systèmes de calculateurs utilisant des modèles probabilistes, en soi | G06N 7/00 |
Détermination de positions et d'orientations dans des images de puces à ADN, par traitement d’image | G06T 7/00 |
Spectromètres de masse, en soi | H01J 49/00 |
Règles particulières de classement dans la présente sous-classe
Dans le présent groupe, la règle de la priorité à la première place s'applique, c. à d. qu'à chaque niveau hiérarchique, le classement s'effectue à la première place appropriée.
Dans le présent groupe, les termes (ou expressions) suivant(e)s ont la signification ci-dessous indiquée:
exploration de données | découverte et analyse de structures à l'intérieur d'une grande quantité de données génétiques ou protéiques |
visualisation de données | élaboration et/ou visualisation de représentations graphiques de données génétiques et protéiques |
domaine | le domaine d'une protéine est un élément de la structure moléculaire globale qui est autostabilisant et se replie souvent indépendamment du reste d'une chaîne polypeptidique |
ciblage de médicament | stratégie de conception d'un médicament, visant à optimiser les propriétés d'une préparation médicinale, basée sur la structure tridimensionnelle d'une cible, pour l'administrer à un tissu ou organe particulier du corps |
assemblage de fragments | méthode par laquelle des portions linéaires d'informations portées par la séquence sont assemblées pour obtenir des données sur la séquence du gène complet |
génomique fonctionnelle | analyses expérimentales visant à évaluer la fonction des gènes dans la détermination des traits, de la physiologie et/ou du développement d'un organisme, à l'aide de technologies informatiques haut débit |
expression génique | processus dans lequel les protéines sont fabriquées ou transcrites à partir des instructions codées dans l'ADN |
étude du profil d'expression génique | détermination du modèle des gènes exprimés, c.-à-d. transcrits, dans des circonstances spécifiques ou dans une lignée cellulaire spécifique |
recherche de gènes | méthode de recherche pour identifier dans des séquences d’ADN génomique des cadres de lecture ouverts (ORF) codant des protéines |
annotation des génomes | attribution de fonctions à des gènes particuliers dans le génome |
génotype | constitution ou profil génétique d'un organisme vis-à-vis d'un trait |
génotypage | analyse du génotype d'un organisme |
haplotype | ensemble d'un ou plusieurs polymorphismes (variations de séquence) qui peuvent se trouver à un emplacement génétique particulier sur le même chromosome |
homologie | indication du degré de similitude entre deux séquences ; les déterminations de l'homologie peuvent prendre en considération des brèches, insertions, suppressions et mésappariements entre les séquences alignées |
déséquilibre de liaison | tendance qu'ont les allèles proches les uns des autres, sur le même chromosome, à être hérités ensemble |
puce à ADN, biopuce | pluralité de sondes moléculaires fixées sur un substrat et formant un motif ordonné |
structure moléculaire | disposition bidimensionnelle ou tridimensionnelle d'atomes, de groupes d'atomes ou de domaines dans des acides nucléiques, protéines, peptides et acides aminés |
motif | modèle spécifique d'une séquence nucléotidique ou d'une séquence d'acide aminé |
modèle de correction de bruit | modèle qui prend en considération les données non portées par un signal, comme, dans le cas des puces à ADN : le bruit optique, les problèmes de contrôle qualité et l'hybridation croisée |
ontologie | méthodologie de classement visant à formaliser les connaissances d'un sujet dans un vocabulaire structuré et contrôlé |
orthologue | séquence homologue trouvée dans différentes espèces et dérivée d'un ancêtre commun |
paralogue | séquence homologue dans le même organisme, dérivée d'une duplication génétique |
généalogie | arbre généalogique décrivant la présence de traits héréditaires à travers les générations |
arbre phylétique ou phylogénique | représentation graphique arborescente de relations phylétiques |
phylogénie | reconstruction de l'évolution et de l'histoire d'une espèce ou d'un groupe taxonomique supérieur d'organismes ; généralement représentée sous forme d'arbre phylétique ; méthodes de création d'arbres phylétiques |
génétique des populations | étude des variations génétiques et de l'évolution génétique des populations |
conception et optimisation de sondes pour puces à ADN | conception et sélection (i) de sondes optimales, hautement spécifiques, p.ex. oligonucléotides, ADNc (ADN complémentaire), fragments, pour des expériences d'hybridation avec des puces à ADN et (ii) d'ensembles optimaux de sondes, p.ex. oligonucléotides, ADNc, à fixer chimiquement sur un support solide pour constituer une puce |
outils de programmation ou systèmes de bases de données | logiciels destinés à assister les procédures de programmation en bio-informatique et systèmes de bases de données destinés à gérer les données génétiques/protéiques |
repliement d'une protéine | processus selon lequel une chaîne polypeptidique se replie pour former une structure tridimensionnelle spécifique |
protéomique | étude à grande échelle des fonctions des protéines et de leurs interactions avec d'autres entités moléculaires dans un système biologique |
comparaison de séquences | processus de comparaison de séquences d’acides nucléiques ou d'acides aminés, généralement par alignement linéaire, de telle sorte que des positions équivalentes, dans des séquences adjacentes, soient correctement alignées les unes avec les autres, en introduisant des insertions aux emplacements adaptés, afin d'identifier les similitudes et/ou les différences entre les séquences comparées |
séquençage par hybridation | technique de séquençage d'ADN dans laquelle une rangée de courtes séquences de nucléotides est amenée en contact avec une solution d'une séquence d'ADN cible ; une méthode biochimique détermine un sous-ensemble de sondes qui se lient à la séquence cible et une méthode combinatoire est ensuite appliquée pour reconstruire la séquence d'ADN à partir du spectre |
SNP | (single nucleotide polymorphism) polymorphisme mononucléotidique : variation de séquence d'ADN qui implique une modification d'un nucléotide unique et se rencontre fréquemment dans une partie d'une population |
alignement de structures | forme d'alignement visant à établir des équivalences structurelles et fonctionnelles entre deux ou plusieurs protéines, sur la base de leurs structures secondaires ou tertiaires |
régions synténiques | régions qui correspondent, dans une espèce, à un groupement observé de gènes du même ordre et présents sur le même chromosome, dans une autre espèce |
biologie des systèmes | simulation et modélisation mathématique des relations et interactions entre entités moléculaires dans des systèmes subcellulaires intégrant des données génétiques et/ou protéiques pour décrire le comportement dynamique d'interactions protéine-protéine/protéine-ligand, par exemple ; réseaux de régulation et réseaux métaboliques |
taxinomie, taxonomie | classement d'organismes pour mettre en évidence leurs rapports évolutifs avec d'autres organismes |